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万見
- PDB-8v33: Crystal structure of S. aureus TarL N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v33
タイトルCrystal structure of S. aureus TarL N-terminal domain
要素Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / immunoglobulin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-ribitol ribitolphosphotransferase / CDP-ribitol ribitolphosphotransferase activity / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM analysis of TarL, a polymerase in wall teichoic acid biogenesis central to virulence and antibiotic resistance.
著者: Franco K K Li / Liam J Worrall / Robert T Gale / Eric D Brown / Natalie C J Strynadka /
要旨: Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of ...Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of the WTA ribitol-phosphate chain is catalyzed by TarL, a member of the largely uncharacterized TagF-like family of membrane-associated enzymes. We report the cryo-electron microscopy structure of TarL, showing a tetramer that forms an extensive membrane-binding platform of monotopic helices. TarL is composed of an amino-terminal immunoglobulin-like domain and a carboxyl-terminal glycosyltransferase-B domain for ribitol-phosphate polymerization. The active site of the latter is complexed to donor substrate cytidine diphosphate-ribitol, providing mechanistic insights into the catalyzed phosphotransfer reaction. Furthermore, the active site is surrounded by electropositive residues that serve to retain the lipid-linked acceptor for polymerization. Our data advance general insight into the architecture and membrane association of the still poorly characterized monotopic membrane protein class and present molecular details of ribitol-phosphate polymerization that may aid in the design of new antimicrobials.
履歴
登録2023年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3122
ポリマ－22,1941
非ポリマー1181
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.634, 69.634, 66.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL


分子量: 22193.793 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G1B8
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.7 Å / Num. obs: 20949 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 39.6 % / Biso Wilson estimate: 24.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 2.02 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2053 / CC1/2: 0.718 / CC star: 0.914 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→44.7 Å / SU ML: 0.2273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1218 5.82 %
Rwork0.1802 19722 -
obs0.1825 20940 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 8 143 1465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00881343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08791821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9627175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.33751310.27752161X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.850.27991350.23082162X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.950.2611310.21892158X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.070.251350.19382156X-RAY DIFFRACTION99.91
2.07-2.230.22721350.18552187X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.450.21431350.18212186X-RAY DIFFRACTION99.96
2.45-2.810.22411370.18672186X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.540.20191370.17592215X-RAY DIFFRACTION99.96
3.54-44.70.20311420.15742311X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.732121391833.11239995032-1.647855980334.34830867633-0.6358965613151.92788515319-0.1764904639930.0480180425712-0.252274042152-0.05628323653720.0317270396992-0.1710768229190.1687288933320.04580180005890.08566067553140.1496917221710.007623450194690.0003827784734090.151351612055-0.007479880133430.16550187318545.38294185027.7481142882220.477031767
26.6579268877-4.38683648398-4.956002024855.482365097385.029293773086.854531307510.132487976127-0.4233937274930.3619143158670.1844995444430.0870719078211-0.2828545743260.01219370567610.388013185688-0.2432196599060.191302594768-0.0416494999391-0.003292338258810.170303302939-0.01548397672890.18885678441538.686785397813.257546703533.9313527016
35.718464191731.15158601978-4.028535858274.12622677052-1.67029129213.98158613415-0.4883013025250.020514720915-0.351686938932-0.2239277215880.0287354177401-0.4402605336130.591178067320.2512960968920.4051375078820.2094678895520.0161800365667-0.01192678124330.2260800634460.03381612125540.26235143643546.69854850762.8855955465226.7581689781
43.58528197483-0.0293423875499-1.661376195762.04815301690.3041698156591.87570515388-0.113419691387-0.168808210128-0.06872193448770.09187756041660.0540797038602-0.02998133031260.03392224615330.1334558642850.08274490675750.187113937739-0.00657567620036-0.008658199227380.1683410413790.006053197798790.14856321498736.88634710135.1425660556730.5029131827
56.380939103151.994077218175.203408328751.818112234482.148841192458.65924193306-0.05686473183660.460477293306-0.0584122671944-0.1814144510550.183639365361-0.095337469775-0.1465003306560.761324766048-0.1668787287690.1952654857640.003527363357950.01513240931660.183590653912-0.02488643577980.18373847397641.367122195513.408468498216.9460009735
68.89365906839-1.49603401594-0.4257422799191.981217960911.276454894675.553991066890.2898347492080.571887840745-0.774393876845-0.39747222419-0.4182559304410.7922670558030.374673998088-1.341801700410.1125354545410.286003031508-0.0472322492454-0.03872143568160.531493521198-0.03945722329220.35331043352221.844442113411.05748655565.47536915993
75.158055217870.347397755176-0.5468721549299.65903659719-1.678231416935.943514935470.138891456096-0.1213420677640.4693791455140.0988117581052-0.09130854958980.326470120282-0.310440205589-0.453811783197-0.03992545220330.1756658959020.01064830565610.002983039178620.284022930768-0.03808106472220.19769147916727.110464199617.004064831612.0184861511
82.398868210371.86237701376-1.030497151365.78589109803-1.234158553343.09996673428-0.1174514505970.1390519444760.103604720989-0.0329601911170.2297858999970.3261564066220.101512887169-0.334366384852-0.1246278892480.19787537131-0.0277813280623-0.004214215805940.237340801016-0.0008957591153080.21390290755326.96222773719.6096397299425.6369374525
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 33 )1 - 331 - 33
22chain 'A' and (resid 34 through 43 )34 - 4334 - 43
33chain 'A' and (resid 44 through 55 )44 - 5544 - 55
44chain 'A' and (resid 56 through 82 )56 - 8256 - 82
55chain 'A' and (resid 83 through 101 )83 - 10183 - 101
66chain 'A' and (resid 102 through 113 )102 - 113102 - 113
77chain 'A' and (resid 114 through 128 )114 - 128114 - 128
88chain 'A' and (resid 129 through 164 )129 - 164129 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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