PDB-8v2x: Crystal Structure of the reconstruction of the worst case of the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v2x

タイトル

Crystal Structure of the reconstruction of the worst case of the ancestral triosephosphate isomerase of the last opisthokont common ancestor obtained by bayesian inference

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Triose phosphate isomerase / Ancestral sequence reconstruction

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Perez-Nino, J.A. / Rodriguez-Romero, A. / Guerra-Borrego, Y. / Fernandez-Velasco, D.A.

資金援助

メキシコ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Stable monomers in the ancestral sequence reconstruction of the last opisthokont common ancestor of dimeric triosephosphate isomerase.
著者: Perez-Nino, J.A. / Guerra, Y. / Diaz-Salazar, A.J. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2023年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v2x.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v2x.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8v2x_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v2x_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	8v2x_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8v2x_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v09C 8v0aC 8v2wC 8w05C 8w06C 8w08C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.205, 59.535, 114.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 29421.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28T(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Triosephosphate isomerase

分子量: 29421.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28T(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 , 0.2 M NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→46.2 Å / Num. obs: 58029 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.997 / Χ²: 0.71 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2619 / CC_1/2: 0.86 / Χ²: 0.42 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→36.5 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1793	2917	5.03 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1784	58029	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→36.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	0	330	2232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	2857
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.63	798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	379

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.45	0.2156	131	0.2312	2377	X-RAY DIFFRACTION	90
1.45-1.48	0.2391	132	0.2193	2477	X-RAY DIFFRACTION	94
1.48-1.51	0.2031	116	0.2199	2496	X-RAY DIFFRACTION	94
1.51-1.53	0.2319	144	0.2177	2508	X-RAY DIFFRACTION	95
1.53-1.57	0.2184	138	0.2004	2529	X-RAY DIFFRACTION	95
1.57-1.6	0.2146	128	0.198	2554	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6-1.64	0.1855	142	0.1962	2573	X-RAY DIFFRACTION	97
1.64-1.68	0.2223	119	0.1968	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
1.68-1.72	0.214	148	0.1924	2600	X-RAY DIFFRACTION	98
1.72-1.77	0.1981	141	0.1969	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
1.77-1.83	0.1942	146	0.2067	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.9	0.2045	144	0.1954	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.97	0.188	125	0.1787	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.1962	138	0.1841	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.1988	137	0.1817	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.31	0.1815	142	0.1731	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.49	0.1736	152	0.175	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.74	0.1596	165	0.1764	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.13	0.1768	150	0.1699	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.94	0.151	132	0.155	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-36.5	0.1363	147	0.1527	2907	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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