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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v2w | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the ancestral triosephosphate isomerase reconstruction of the last opisthokont common ancestor obtained by Bayesian inference | |||||||||
要素 | Triosephosphate isomerase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / Triose phosphate isomerase / Ancestral sequence reconstruction | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Perez-Nino, J.A. / Rodriguez-Romero, A. / Guerra, Y. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||
資金援助 | メキシコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Stable monomers in the ancestral sequence reconstruction of the last opisthokont common ancestor of dimeric triosephosphate isomerase. 著者: Perez-Nino, J.A. / Guerra, Y. / Diaz-Salazar, A.J. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v2w.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v2w.ent.gz | 51.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v2w_validation.pdf.gz | 422.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v2w_full_validation.pdf.gz | 422.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8v2w_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v2w_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29406.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28T(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M BICINE pH 8.5, 15 % w/v PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→31.912 Å / Num. obs: 46451 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.91 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 2.242 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2219 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→31.91 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→31.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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