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- PDB-8v2f: Crystal structure of IRAK4 kinase domain with compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v2f
タイトルCrystal structure of IRAK4 kinase domain with compound 9
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Kinase important for immune response. ProTAC design
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Weiss, M.M. / Zheng, X. / Browne, C.M. / Campbell, V. / Chen, D. / Enerson, B. / Fei, X. / Huang, X. / Klaus, C.R. / Li, H. ...Weiss, M.M. / Zheng, X. / Browne, C.M. / Campbell, V. / Chen, D. / Enerson, B. / Fei, X. / Huang, X. / Klaus, C.R. / Li, H. / Mayo, M. / McDonald, A.A. / Paul, A. / Sharma, K. / Shi, Y. / Slavin, A. / Walter, D.M. / Yuan, K. / Zhang, Y. / Zhu, X. / Kelleher, J. / Ji, N. / Walker, D. / Mainolfi, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of KT-413, a Targeted Protein Degrader of IRAK4 and IMiD Substrates Targeting MYD88 Mutant Diffuse Large B-Cell Lymphoma.
著者: Weiss, M.M. / Zheng, X. / Ji, N. / Browne, C.M. / Campbell, V. / Chen, D. / Enerson, B. / Fei, X. / Huang, X. / Klaus, C.R. / Li, H. / Mayo, M. / McDonald, A.A. / Paul, A. / Rong, H. / ...著者: Weiss, M.M. / Zheng, X. / Ji, N. / Browne, C.M. / Campbell, V. / Chen, D. / Enerson, B. / Fei, X. / Huang, X. / Klaus, C.R. / Li, H. / Mayo, M. / McDonald, A.A. / Paul, A. / Rong, H. / Sharma, K. / Shi, Y. / Slavin, A. / Walther, D.M. / Yuan, K. / Zhang, Y. / Zhu, X. / Kelleher, J. / Walker, D. / Mainolfi, N.
履歴
登録2023年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,37217
ポリマ－148,8074
非ポリマー2,56513
水11,151619
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8985
ポリマ－37,2021
非ポリマー6964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8985
ポリマ－37,2021
非ポリマー6964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8064
ポリマ－37,2021
非ポリマー6043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7703
ポリマ－37,2021
非ポリマー5692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.870, 140.680, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

HOH

21D-606-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 37201.680 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / プラスミド: pFastbac1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-YJU / N-{2-[(1r,4r)-4-(hydroxymethyl)cyclohexyl]-6-(2-hydroxypropan-2-yl)-2H-indazol-5-yl}-6-(trifluoromethyl)pyridine-2-carboxamide


分子量: 476.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27F3N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M ammonium citrate, 1.75mM compound (1.8% DMSO)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→49.14 Å / Num. obs: 85963 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1389 / Rpim(I) all: 0.0578 / Rrim(I) all: 0.1507 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル解像度: 2.09→2.165 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 8596 / CC1/2: 0.668 / CC star: 0.895 / Rpim(I) all: 0.477 / Rrim(I) all: 1.265 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.519 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20754 4334 5 %RANDOM
Rwork0.16814 ---
obs0.17014 81617 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.936 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å2-0 Å20.83 Å2
2---3.12 Å2-0 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9397 0 175 619 10191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.66313242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.341.59421083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30451202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43124.153484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.026151759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4281540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1464.3574781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1464.3564780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1176.5085968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1166.5095969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.435.0035004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.435.0045005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2677.2397267
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.80852.05110871
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.81951.82710738
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A9173
12B9173
21A9176
22C9176
31A9186
32D9186
41B9239
42C9239
51B9125
52D9125
61C9085
62D9085
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 303 -
Rwork0.277 6002 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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