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万見
- PDB-8v2a: Cryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v2a
タイトルCryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for assembly core region
要素
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
  • Leukemia inhibitory factor receptor
  • Oncostatin-M
キーワードCYTOKINE/RECEPTOR / cytokine signaling / OSM / gp130 / LIFR / CYTOKINE / CYTOKINE-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M receptor binding / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / ciliary neurotrophic factor receptor binding ...oncostatin-M receptor binding / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of hormone secretion / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of platelet aggregation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Interleukin-6 signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / MAPK3 (ERK1) activation / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cell division / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to cytokine / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of MAPK cascade / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oncostatin-M / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family ...Oncostatin-M / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oncostatin-M / Interleukin-6 receptor subunit beta / Leukemia inhibitory factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Zhou, Y. / Franklin, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular assemblies of type I and type II Oncostatin M receptor complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / George Ehrlich / Jennifer Jones / Ashique Rafique / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: Oncostatin M (OSM) is a unique Interleukin 6 (IL-6) family cytokine that plays pivotal roles in numerous biological events by signaling via two types of receptor complexes. While type I OSM receptor ...Oncostatin M (OSM) is a unique Interleukin 6 (IL-6) family cytokine that plays pivotal roles in numerous biological events by signaling via two types of receptor complexes. While type I OSM receptor complex is formed by glycoprotein 130 (gp130) heterodimerization with Leukemia Inhibitory Factor receptor (LIFR), type II OSM receptor complex is composed of gp130 and OSM receptor (OSMR). OSM is an important contributor to multiple inflammatory diseases and cancers while OSM inhibition has been shown to be effective at reducing symptoms, making OSM an attractive therapeutic target. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we characterize full extracellular assemblies of human type I OSM receptor complex and mouse type II OSM receptor complex. The juxtamembrane domains of both complexes are situated in close proximity due to acute bends of the receptors. The rigid N-terminal extension of OSM contributes to gp130 binding and OSM signaling. Neither glycosylation nor pro-domain cleavage of OSM affects its activity. Mutagenesis identifies multiple OSM and OSMR residues crucial for complex formation and signaling. Our data reveal the structural basis for the assemblies of both type I and type II OSM receptor complexes and provide insights for modulation of OSM signaling in therapeutics.
履歴
登録2023年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oncostatin-M
B: Interleukin-6 receptor subunit beta
C: Leukemia inhibitory factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,41210
ポリマ－186,2543
非ポリマー2,1587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Oncostatin-M


分子量: 22186.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13725
#2: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta / IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 ...IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / Oncostatin-M receptor subunit alpha


分子量: 71233.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6ST
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P40189
#3: タンパク質 Leukemia inhibitory factor receptor / LIF receptor / LIF-R


分子量: 92834.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIFR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P42702
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human OSM in complex with gp130 and LIFRCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2gp130 and LIFRCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
3Human OSMCOMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
33Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219837 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0024617
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.476259
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.165655
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04729
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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