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万見
- EMDB-42905: Cryo-EM structure of mouse type II OSM receptor complex: model fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42905
タイトルCryo-EM structure of mouse type II OSM receptor complex: model for assembly core region
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR
    • タンパク質・ペプチド: Oncostatin-M
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Oncostatin-M-specific receptor subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcytokine signaling / OSM / gp130 / OSMR / CYTOKINE / CYTOKINE-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M receptor binding / oncostatin-M receptor activity / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding ...oncostatin-M receptor binding / oncostatin-M receptor activity / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / oncostatin-M-mediated signaling pathway / negative regulation of meiotic nuclear division / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of hormone secretion / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / peripheral nervous system development / cell surface receptor signaling pathway via STAT / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / behavioral response to pain / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cell body / response to heat / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oncostatin-M / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor ...Oncostatin-M / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oncostatin-M-specific receptor subunit beta / Oncostatin-M / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Zhou Y / Franklin MC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular assemblies of type I and type II Oncostatin M receptor complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / George Ehrlich / Jennifer Jones / Ashique Rafique / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: Oncostatin M (OSM) is a unique Interleukin 6 (IL-6) family cytokine that plays pivotal roles in numerous biological events by signaling via two types of receptor complexes. While type I OSM receptor ...Oncostatin M (OSM) is a unique Interleukin 6 (IL-6) family cytokine that plays pivotal roles in numerous biological events by signaling via two types of receptor complexes. While type I OSM receptor complex is formed by glycoprotein 130 (gp130) heterodimerization with Leukemia Inhibitory Factor receptor (LIFR), type II OSM receptor complex is composed of gp130 and OSM receptor (OSMR). OSM is an important contributor to multiple inflammatory diseases and cancers while OSM inhibition has been shown to be effective at reducing symptoms, making OSM an attractive therapeutic target. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we characterize full extracellular assemblies of human type I OSM receptor complex and mouse type II OSM receptor complex. The juxtamembrane domains of both complexes are situated in close proximity due to acute bends of the receptors. The rigid N-terminal extension of OSM contributes to gp130 binding and OSM signaling. Neither glycosylation nor pro-domain cleavage of OSM affects its activity. Mutagenesis identifies multiple OSM and OSMR residues crucial for complex formation and signaling. Our data reveal the structural basis for the assemblies of both type I and type II OSM receptor complexes and provide insights for modulation of OSM signaling in therapeutics.
履歴
登録2023年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.3640255 - 0.94973284
平均 (標準偏差)-0.000011983255 (±0.016498465)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 309.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42905_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42905_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR

全体名称: Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR
要素
  • 複合体: Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR
    • タンパク質・ペプチド: Oncostatin-M
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Oncostatin-M-specific receptor subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR

超分子名称: Mouse OSM in complex with gp130 and OSMR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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分子 #1: Oncostatin-M

分子名称: Oncostatin-M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.645201 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ANRGCSNSSS QLLSQLQNQA NLTGNTESLL EPYIRLQNLN TPDLRAACTQ HSVAFPSEDT LRQLSKPHFL STVYTTLDRV LYQLDALRQ KFLKTPAFPK LDSARHNILG IRNNVFCMAR LLNHSLEIPE PTQTDSGASR STTTPDVFNT KIGSCGFLWG Y HRFMGSVG RVFREWDDGS TRSRR

UniProtKB: Oncostatin-M

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分子 #2: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 70.033594 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QLLEPCGYIY PEFPVVQRGS NFTAICVLKE ACLQHYYVNA SYIVWKTNHA AVPREQVTVI NRTTSSVTFT DVVLPSVQLT CNILSFGQI EQNVYGVTML SGFPPDKPTN LTCIVNEGKN MLCQWDPGRE TYLETNYTLK SEWATEKFPD CQSKHGTSCM V SYMPTYYV ...文字列:
QLLEPCGYIY PEFPVVQRGS NFTAICVLKE ACLQHYYVNA SYIVWKTNHA AVPREQVTVI NRTTSSVTFT DVVLPSVQLT CNILSFGQI EQNVYGVTML SGFPPDKPTN LTCIVNEGKN MLCQWDPGRE TYLETNYTLK SEWATEKFPD CQSKHGTSCM V SYMPTYYV NIEVWVEAEN ALGKVSSESI NFDPVDKVKP TPPYNLSVTN SEELSSILKL SWVSSGLGGL LDLKSDIQYR TK DASTWIQ VPLEDTMSPR TSFTVQDLKP FTEYVFRIRS IKDSGKGYWS DWSEEASGTT YEDRPSRPPS FWYKTNPSHG QEY RSVRLI WKALPLSEAN GKILDYEVIL TQSKSVSQTY TVTGTELTVN LTNDRYVASL AARNKVGKSA AAVLTIPSPH VTAA YSVVN LKAFPKDNLL WVEWTPPPKP VSKYILEWCV LSENAPCVED WQQEDATVNR THLRGRLLES KCYQITVTPV FATGP GGSE SLKAYLKQAA PARGPTVRTK KVGKNEAVLA WDQIPVDDQN GFIRNYSISY RTSVGKEMVV HVDSSHTEYT LSSLSS DTL YMVRMAAYTD EGGKDGPEFT FTTPKFAQGE IEEQKLISEE DLGGEQKLIS EEDLHHHHHH

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit beta

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分子 #3: Oncostatin-M-specific receptor subunit beta

分子名称: Oncostatin-M-specific receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 82.357742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVLEEPLPLT PEIHKVSFQL KLQEVNLEWT VPALTHEELN MIFQIEISRL NISNTIWVEN YSTTVKREEA VRWNWTSDIP LECVKHFIR IRALVDDTKS LPQSSWGNWS SWKEVNAKVS VEPDKSLIFP KDKVLEEGSN VTICLMYGQN VYNVSCKLQD E PIHGEQLD ...文字列:
EVLEEPLPLT PEIHKVSFQL KLQEVNLEWT VPALTHEELN MIFQIEISRL NISNTIWVEN YSTTVKREEA VRWNWTSDIP LECVKHFIR IRALVDDTKS LPQSSWGNWS SWKEVNAKVS VEPDKSLIFP KDKVLEEGSN VTICLMYGQN VYNVSCKLQD E PIHGEQLD SHVSLLKLNN VVFLSDTGTN INCQATKGPK RIFGTVLFVS KVLEEPKNVS CETRDFKTLD CSWEPGVDTT LT WRKQRFQ NYTLCESFSK RCEVSNYRNS YTWQITEGSQ EMYNFTLTAE NQLRKRSVNI NFNLTHRVHP KAPQDVTLKI IGA TKANMT WKVHSHGNNY TLLCQVKLQY GEVIHEHNVS VHMSANYLFS DLDPDTKYKA FVRCASANHF WKWSDWTQKE FSTP ETAPS QALDVWRQVW SENGRRIVTL FWKPLLKSQA NGKIISYNIV VENEAKPTES EHYCVWAPAL STNLSLDLQP YKIRI TTNN SMGASPESLM VLSNDSGHEE VKEKTIKGIK DAFNISWEPV SGDTMGYVVD WCAHSQDQRC DLQWKNLGPN TTSTTI TSD DFKPGVRYNF RIFERSVEHK ARLVEKQRGY TQELAPLVNP KVEIPYSTPN SFVLRWPDYD SDFQAGFIKG YLVYVKS KE MQCNQPWERT LLPDNSVLCK YDINGSETKT LTVENLQPES LYEFFVTPYT SAGPGPNETF TKVTTPDARS HML

UniProtKB: Oncostatin-M-specific receptor subunit beta

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270829
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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