PDB-8v0c: Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB06

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v0c

タイトル

Structure of TDP1 catalytic domain complexed with compound IB06

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / phosphodiesterase / drug target / cancer / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of TDP1 complexed with inhibitors
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Barakat, I. / Wang, W. / Agama, K. / Al Mahmud, M.R. / Pommier, Y. / Burke Jr., T.R.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v0c.cif.gz	393.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v0c.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.020, 105.183, 193.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1

分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 734分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-YE3 / (8M)-8-(2-{[2-(fluorosulfonyl)ethyl]amino}phenyl)-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid 分子量: 390.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅FN₂O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 123313 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_pim(I) all: 0.031 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5958 / CC_1/2: 0.802 / CC star: 0.943 / R_pim(I) all: 0.299 / R_sym value: 0.666 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→45.172 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	2000	1.62 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1722	123227	94.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→45.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7017	0	104	721	7842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	10588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.547	6099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6201-1.6606	0.243	137	0.2179	8300	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6606-1.7055	0.2413	136	0.1977	8296	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7055-1.7557	0.2321	138	0.1952	8316	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7557-1.8124	0.2376	137	0.1913	8338	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8124-1.8771	0.2319	138	0.1812	8308	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8771-1.9523	0.2059	136	0.1789	8291	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9523-2.0412	0.2062	139	0.1741	8386	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0412-2.1488	0.2235	139	0.1734	8424	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1488-2.2834	0.2187	142	0.1718	8648	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2834-2.4597	0.1966	146	0.1718	8788	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4597-2.7072	0.1962	148	0.1772	9020	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7072-3.0988	0.2342	152	0.1784	9179	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0988-3.9039	0.1851	153	0.1602	9254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9039-45.1	0.1687	159	0.1553	9679	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5739	-0.2109	0.2227	1.3321	-0.2325	1.4607	-0.075	-0.2365	0.111	0.0799	0.0169	0.0961	-0.1184	-0.1941	0.0398	0.1144	0.0279	-0.0057	0.0979	-0.012	0.1081	1.3864	0.3917	-35.9892
2	1.0544	-0.1579	0.3099	1.0637	-0.4151	2.0691	-0.1388	-0.0284	0.2156	-0.0236	0.016	0.0947	-0.3065	-0.2576	0.0712	0.1018	0.0129	-0.025	0.0768	0.0041	0.1452	5.247	3.5081	-47.6645
3	1.8637	-0.2436	-0.2886	1.2085	-0.201	1.6426	0.0213	0.1387	-0.1112	-0.1177	-0.0411	0.0861	0.1529	-0.1378	0.0249	0.105	-0.0229	-0.032	0.0755	0.0047	0.1039	1.6139	-8.4653	-54.1054
4	1.5371	0.3222	0.5983	1.554	-0.16	0.3355	0.0218	0.1267	-0.2357	-0.1522	-0.028	-0.0544	0.3859	0.1759	0.0413	0.1458	0.0332	0.0046	0.096	0.0072	0.164	21.4869	-18.5126	-45.4158
5	1.0345	0.0818	0.1939	0.3417	0.0312	0.8956	0.0459	-0.0672	-0.1465	0.0263	-0.0393	-0.008	0.221	0.0383	0.0165	0.1296	-0.0054	-0.01	0.065	0.0294	0.1287	16.8319	-15.0843	-42.1959
6	2.1068	-0.2929	0.1372	0.3923	0.1626	3.5623	0.0386	-0.1116	0.0495	0.1471	-0.0704	-0.0364	-0.1423	0.1825	0.024	0.0949	-0.0163	-0.0064	0.1055	0.0083	0.1456	24.3679	-8.8782	-35.365
7	1.0872	0.4425	0.5013	0.4942	0.7905	1.3473	-0.1061	0.0917	0.4029	0.0044	-0.2319	-0.1278	-0.5024	0.1286	0.0847	0.255	-0.0245	-0.0357	0.2447	0.1537	0.255	5.2027	16.4651	-86.3451
8	0.4905	0.0314	0.0958	0.5361	-0.4495	1.1848	-0.0744	0.4084	0.1694	-0.058	-0.1877	-0.2981	-0.1262	0.6954	0.0463	0.152	-0.0172	0.0364	0.4834	0.2585	0.2251	16.24	8.658	-88.0046
9	2.3996	0.4387	0.1856	0.514	0.6296	1.2316	0.0818	0.1272	-0.1707	0.1109	-0.1412	-0.1661	0.2841	0.3968	0.0232	0.1832	0.0747	-0.0057	0.2686	0.1182	0.1669	14.0462	-3.6634	-76.4759
10	1.863	-0.2766	-0.2245	1.5514	-0.1754	2.7144	0.0299	-0.0628	-0.3133	-0.0299	0.0094	0.0763	0.7445	-0.2377	-0.0288	0.2626	-0.0533	-0.0118	0.2226	0.023	0.1687	-6.0207	-10.0338	-88.2075
11	1.0584	0.181	0.5836	0.6467	-0.571	2.094	0.0834	0.1385	-0.1663	-0.1617	-0.053	-0.0501	0.4509	-0.0187	-0.0365	0.202	0.0413	0.0154	0.1899	0.0279	0.1413	-1.3062	-5.7223	-90.0811
12	1.7734	0.5128	-0.412	0.7862	-1.3743	5.4936	-0.0237	0.0159	0.0223	-0.0682	0.0188	0.0435	-0.1171	-0.4449	0.0176	0.0931	0.0337	0.0003	0.2089	0.0369	0.1532	-8.7344	2.4737	-94.3989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 285 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 318 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 319 through 382 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 383 through 452 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 453 through 548 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 202 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 318 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 319 through 382 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 383 through 452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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