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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v0a | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the worst case of the reconstruction of the ancestral triosephosphate isomerase of the last opisthokont common ancestor obtained by maximum likelihood with PGH | |||||||||
要素 | Triosephosphate isomerase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / Triose phosphate isomerase / Ancestral sequence reconstruction | |||||||||
機能・相同性 | PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Perez-Nino, J.A. / Rodriguez-Romero, A. / Guerra-Borrego, Y. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||
資金援助 | メキシコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Stable monomers in the ancestral sequence reconstruction of the last opisthokont common ancestor of dimeric triosephosphate isomerase. 著者: Perez-Nino, J.A. / Guerra, Y. / Diaz-Salazar, A.J. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v0a.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v0a.ent.gz | 87 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v0a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v0a_validation.pdf.gz | 726.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v0a_full_validation.pdf.gz | 728.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8v0a_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v0a_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29384.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28T(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase #2: 化合物 | ChemComp-PGH / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium citrate dibasic, 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.046→39.183 Å / Num. obs: 32427 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.897 / Χ2: 6.046 / Net I/σ(I): 17.46 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1630 / CC1/2: 0.593 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→39.18 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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