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- PDB-8v05: Crystal structure of mouse PLD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v05
タイトルCrystal structure of mouse PLD3
要素5'-3' exonuclease PLD3
キーワードHYDROLASE / PLD3 / phospholipase / phosphohistidine / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


spleen exonuclease / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response ...spleen exonuclease / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / Role of phospholipids in phagocytosis / phospholipase D activity / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response / lysosomal membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
: / PLD-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYSTEINE / L(+)-TARTARIC ACID / 5'-3' exonuclease PLD3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI142945 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG070775 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into disease-associated endolysosomal exonucleases PLD3 and PLD4.
著者: Yuan, M. / Peng, L. / Huang, D. / Gavin, A. / Luan, F. / Tran, J. / Feng, Z. / Zhu, X. / Matteson, J. / Wilson, I.A. / Nemazee, D.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,61910
ポリマ－51,8561
非ポリマー2,7639
水3,585199
1
A: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子

A: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,23720
ポリマ－103,7122
非ポリマー5,52518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)94.163, 94.163, 109.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-3' exonuclease PLD3


分子量: 51856.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pld3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35405, 加水分解酵素

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 205分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#8: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H6O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG3350, 0.5 mM magnesium chloride, 0.133 M di-ammonium tartrate, pH 6.6, 15% w/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 34162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.08-2.12130.64416740.940.9840.1760.6690.4599.8
2.12-2.1514.70.60717030.9450.9860.1590.6290.4399.9
2.15-2.2160.56716610.9650.9910.1440.5850.433100
2.2-2.2416.60.57417030.9740.9930.1440.5920.475100
2.24-2.2918.70.53917050.9640.9910.1280.5540.709100
2.29-2.34190.38116490.9890.9970.0890.3920.44100
2.34-2.419.20.32917100.9890.9970.0770.3380.45100
2.4-2.4720.50.30116760.9920.9980.0680.3080.448100
2.47-2.5420.30.24916970.9950.9990.0560.2560.463100
2.54-2.6220.20.20117100.9960.9990.0460.2060.468100
2.62-2.7120.10.18416710.9970.9990.0420.1880.561100
2.71-2.8219.20.13616940.9980.9990.0320.140.509100
2.82-2.9519.40.10817100.99810.0250.1110.537100
2.95-3.1119.20.08617030.99910.020.0880.558100
3.11-3.320.70.0716950.99910.0160.0720.611100
3.3-3.5620.40.05917210.99910.0130.0610.718100
3.56-3.9119.80.05317380.99910.0120.0540.851100
3.91-4.4818.80.04117390.99910.010.0420.739100
4.48-5.6419.80.0351749110.0080.0360.66100
5.64-5018.50.03418540.99910.0080.0350.704100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→47.08 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1679 4.92 %
Rwork0.2063 --
obs0.2081 34106 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 183 199 3712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5644958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.513575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.140.29661760.28972607X-RAY DIFFRACTION99
2.14-2.210.36211310.27192653X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.31181440.30862700X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.380.29921300.24182635X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.490.32971430.25262697X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.30211540.23482677X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.790.24921150.25562701X-RAY DIFFRACTION100
2.79-30.30011370.22972677X-RAY DIFFRACTION100
3-3.30.23811280.21982719X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.780.24561340.20352756X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.760.19481250.15752753X-RAY DIFFRACTION100
4.76-47.080.20281620.17432852X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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