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- PDB-8v04: High resolution TMPRSS2 structure following acylation by nafamostat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v04
タイトルHigh resolution TMPRSS2 structure following acylation by nafamostat
要素(Transmembrane protease serine ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor complex / protease / viral entry / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Fraser, B.J. / Dong, A. / Kutera, M. / Seitova, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Edwards, A. / Benard, F. / Levon, H. / Arrowsmith, C.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN154328 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution TMPRSS2 structure following acylation by nafamostat
著者: Fraser, B.J. / Dong, A. / Kutera, M. / Seitova, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Edwards, A. / Benard, F. / Levon, H. / Arrowsmith, C.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain
B: Transmembrane protease serine 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,23817
ポリマ－40,1212
非ポリマー2,11715
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.757, 50.502, 64.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Transmembrane protease serine ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 non-catalytic chain


分子量: 12264.598 Da / 分子数: 1 / 変異: S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 / プラスミド: pFHMSP-LIC-C
詳細 (発現宿主): baculovirus donor vector for secreted protein production
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393
#2: タンパク質 Transmembrane protease serine 2


分子量: 27856.742 Da / 分子数: 1 / Fragment: Peptidase S1 domain residues 256-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2 / プラスミド: pFHMSP-LIC-C
詳細 (発現宿主): baculovirus donor vector for secreted protein production
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15393

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 773.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-1-2/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 334分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 179.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-GBS / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Nafamostat, bound form / 4-グアニジノ安息香酸


分子量: 179.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / 解説: Hexagonal plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer ...詳細: 3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer containing 25 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, and 2 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo cooled / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→40 Å / Num. obs: 94364 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 2.246 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 212101
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.612.20.66345570.6250.8770.5280.8510.48191.6
1.61-1.642.20.62746670.6640.8930.50.8050.48591.6
1.64-1.672.20.54846940.7430.9230.4360.7030.4891.9
1.67-1.72.20.49246480.7640.9310.3920.6310.5191.7
1.7-1.742.20.41246900.8170.9480.3270.5280.54891.7
1.74-1.782.20.34646160.8610.9620.2760.4440.54991.2
1.78-1.822.20.29746040.890.970.2360.3810.64390.8
1.82-1.872.20.25646130.9070.9750.2040.3280.78790.5
1.87-1.932.10.21944860.930.9820.1780.2830.81288.5
1.93-1.992.10.1844100.9410.9850.1450.2321.10186.6
1.99-2.062.30.15947640.9570.9890.1270.2041.16293.9
2.06-2.142.30.13348770.9680.9920.1050.171.52695.5
2.14-2.242.30.1248080.9710.9930.0950.1541.78195.1
2.24-2.362.30.10348960.9790.9950.0820.1332.06595.8
2.36-2.512.30.10248750.9740.9930.0820.1322.61695.5
2.51-2.72.30.09348820.9780.9940.0750.123.24495.8
2.7-2.972.30.08848270.980.9950.070.1134.29994.7
2.97-3.42.20.07547420.9820.9960.0590.0966.16493.3
3.4-4.292.20.05547460.990.9980.0430.077.59493.2
4.29-402.40.04749620.9940.9990.0350.0596.23197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.615 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18084 2463 4.8 %RANDOM
Rwork0.15571 ---
obs0.15695 49216 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å2-0 Å20.88 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 0 128 320 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.6484108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5961.5586264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7325403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.446512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82410464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0791.9711430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0771.971430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1232.9431801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1252.9451802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1132.3871571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1122.3881572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.643.4132276
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.88930.8643611
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.88730.8623611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.619 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 157 -
Rwork0.228 3491 -
obs--95.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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