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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uzw | ||||||||||||||||||
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タイトル | Selenocysteine synthase- SelA | ||||||||||||||||||
要素 | L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase | ||||||||||||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Selenocysteine / tRNASec / Sec-synthase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine biosynthetic process / selenocysteine incorporation / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Balasco Serrao, V.H. / Minari, K. / Pereira, H.M. / Thiemann, O.H. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ブラジル, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Bacterial selenocysteine synthase structure revealed by single-particle cryoEM. 著者: Vitor Hugo Balasco Serrão / Karine Minari / Humberto D'Muniz Pereira / Otavio Henrique Thiemann / 要旨: The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal ...The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal enzyme in the biosynthesis of Sec. The structural characterization of bacterial SelA is of paramount importance to decipher its catalytic mechanism and its role in the regulation of the Sec-synthesis pathway. Here, we present a comprehensive single-particle cryo-electron microscopy (SPA cryoEM) structure of the bacterial SelA with an overall resolution of 2.69 Å. Using recombinant SelA, we purified and prepared samples for single-particle cryoEM. The structural insights from SelA, combined with previous and knowledge, underscore the indispensable role of decamerization in SelA's function. Moreover, our structural analysis corroborates previous results that show that SelA adopts a pentamer of dimers configuration, and the active site architecture, substrate binding pocket, and key K295 catalytic residue are identified and described in detail. The differences in protein architecture and substrate coordination between the bacterial enzyme and its counterparts offer compelling structural evidence supporting the independent molecular evolution of the bacterial and archaea/eukarya Ser-Sec biosynthesis present in the natural world. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uzw.cif.gz | 689.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uzw.ent.gz | 570 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uzw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 42845MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-12043 / データの種類: EMPIAR |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50895.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: selA, fdhA, b3591, JW3564 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A821, L-seryl-tRNASec selenium transferase 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bacterial Selenocysteine Synthase / タイプ: COMPLEX 詳細: Heterologously expressed E. coli homodecameric Selenocysteine Synthase Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.51 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM potassium phosphate pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, and 10 uM pyridoxal 5-phosphate. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Monodisperse sample after size-exclusion chromatography | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: The sample was blotted for 2.5 seconds using a force of -10 and then swiftly plunged frozen into liquid ethane using the Vitrobot Mark IV - Thermo Fisher Scientific. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4592 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 688602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223410 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 95.2 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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