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万見
- PDB-8uzw: Selenocysteine synthase- SelA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uzw
タイトルSelenocysteine synthase- SelA
要素L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Selenocysteine (セレノシステイン) / tRNASec / Sec-synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine biosynthetic process / selenocysteine incorporation / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
L-seryl-tRNA selenium transferase N-terminal domain / Selenocysteine synthase N terminal / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Balasco Serrao, V.H. / Minari, K. / Pereira, H.M. / Thiemann, O.H.
資金援助 ブラジル, 米国, 5件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)12/23730-1 ブラジル
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD02509 米国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)232251/2014-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)140636/2013-7 ブラジル
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Bacterial selenocysteine synthase structure revealed by single-particle cryoEM.
著者: Vitor Hugo Balasco Serrão / Karine Minari / Humberto D'Muniz Pereira / Otavio Henrique Thiemann /
要旨: The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal ...The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal enzyme in the biosynthesis of Sec. The structural characterization of bacterial SelA is of paramount importance to decipher its catalytic mechanism and its role in the regulation of the Sec-synthesis pathway. Here, we present a comprehensive single-particle cryo-electron microscopy (SPA cryoEM) structure of the bacterial SelA with an overall resolution of 2.69 Å. Using recombinant SelA, we purified and prepared samples for single-particle cryoEM. The structural insights from SelA, combined with previous and knowledge, underscore the indispensable role of decamerization in SelA's function. Moreover, our structural analysis corroborates previous results that show that SelA adopts a pentamer of dimers configuration, and the active site architecture, substrate binding pocket, and key K295 catalytic residue are identified and described in detail. The differences in protein architecture and substrate coordination between the bacterial enzyme and its counterparts offer compelling structural evidence supporting the independent molecular evolution of the bacterial and archaea/eukarya Ser-Sec biosynthesis present in the natural world.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: citation / em_sample_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_sample_support.grid_type
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
F: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
G: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
H: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
I: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
J: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,95210
ポリマ－508,95210
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase


分子量: 50895.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: selA, fdhA, b3591, JW3564 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A821, L-seryl-tRNASec selenium transferase
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial Selenocysteine Synthase / タイプ: COMPLEX
詳細: Heterologously expressed E. coli homodecameric Selenocysteine Synthase
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.51 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM potassium phosphate pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, and 10 uM pyridoxal 5-phosphate.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMPotassium PhosphateKH2PO41
2100 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mM2-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール1
410 uMpyridoxal 5-phosphateピリドキサールリン酸1
試料濃度: 3.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Monodisperse sample after size-exclusion chromatography
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: The sample was blotted for 2.5 seconds using a force of -10 and then swiftly plunged frozen into liquid ethane using the Vitrobot Mark IV - Thermo Fisher Scientific.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 45.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4592

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7Coot0.9.4モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 688602
対称性点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223410 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 95.2 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01128655
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76738884
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.5294089
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414651
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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