PDB-8uyn: Fundamental Characterization of Chelated and Crystallized Actiniu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uyn

タイトル

Fundamental Characterization of Chelated and Crystallized Actinium in a Macromolecular Host

要素

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Actinium chelation and crystallization in a macromolecular scaffold.
著者: Wacker, J.N. / Woods, J.J. / Rupert, P.B. / Peterson, A. / Allaire, M. / Lukens, W.W. / Gaiser, A.N. / Minasian, S.G. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.

履歴

登録	2023年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uyn.cif.gz	236.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uyn.ent.gz	188.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uyn_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uyn_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8uyn_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8uyn_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/8uyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/8uyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uz9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (8) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

64.7 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.148, 116.148, 117.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Neutrophil gelatinase-associated lipocalin 分子量: 20556.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物	ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン分子量: 138.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: La
#3: 化合物	ChemComp-4OL / N,N'-butane-1,4-diylbis[1-hydroxy-N-(3-{[(1-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-2-yl)carbonyl]amino}propyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-2-carboxamide] / HOPO 分子量: 750.712 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₈N₈O₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES 分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Acetate (pH 4), NaCl, Li2SO4, ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.031 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.031 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.441 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 634718

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	11.9	0.483	2710	0.947	0.986	0.146	0.505	0.675	100
2.03-2.07	11.7	0.523	2709	0.928	0.981	0.16	0.547	0.945	100
2.07-2.11	11.6	0.46	2703	0.936	0.983	0.142	0.481	1.253	100
2.11-2.15	11.7	0.351	2732	0.967	0.992	0.107	0.368	0.918	100
2.15-2.2	11.6	0.31	2702	0.972	0.993	0.095	0.324	0.888	100
2.2-2.25	10.8	0.415	2709	0.959	0.989	0.135	0.437	1.559	100
2.25-2.31	9.6	0.353	2737	0.964	0.991	0.122	0.375	1.764	99.5
2.31-2.37	11.3	0.213	2715	0.985	0.996	0.066	0.223	0.992	100
2.37-2.44	12.3	0.189	2729	0.988	0.997	0.056	0.197	1.078	100
2.44-2.52	12.2	0.169	2726	0.99	0.997	0.05	0.176	1.169	100
2.52-2.61	12.1	0.15	2743	0.991	0.998	0.045	0.157	1.237	100
2.61-2.71	11.9	0.142	2753	0.992	0.998	0.043	0.148	1.464	100
2.71-2.84	11.7	0.116	2740	0.995	0.999	0.035	0.121	1.487	100
2.84-2.99	10.7	0.098	2745	0.996	0.999	0.031	0.103	1.596	100
2.99-3.17	12	0.084	2778	0.997	0.999	0.025	0.088	1.82	100
3.17-3.42	12.3	0.073	2763	0.998	0.999	0.022	0.076	2.001	100
3.42-3.76	11.5	0.069	2801	0.997	0.999	0.021	0.072	2.583	100
3.76-4.31	10.5	0.056	2796	0.998	1	0.018	0.059	2.331	100
4.31-5.43	11.8	0.044	2846	0.999	1	0.013	0.046	1.691	99.9
5.43-50	11	0.037	3022	0.999	1	0.012	0.039	1.473	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→47.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.296 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22718	2714	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20376	-	-	-
obs	0.20496	52322	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4132	0	188	167	4487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.704	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.248	1.615	9614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.864	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.248	23.288	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.995	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.127	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.375	2.449	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.364	2.448	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.232	3.654	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.232	3.655	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.62	2.767	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.62	2.762	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.66	4.069	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.546	28.649	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.492	28.499	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5304	0.08
1	2	B	5304	0.08
2	1	A	5329	0.09
2	2	C	5329	0.09
3	1	B	5227	0.09
3	2	C	5227	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2→2.048 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	184	-
R_work	0.211	3763	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3183	-0.7594	0.2179	3.1097	0.6917	2.1195	0.0529	-0.0075	-0.0685	0.0731	-0.1361	-0.0197	-0.0789	-0.3712	0.0832	0.0259	0.0312	0.0054	0.0975	-0.004	0.0472	30.4297	75.421	57.1945
2	1.7735	0.0608	0.084	1.5126	-0.7166	3.1366	0.0962	0.11	-0.0925	-0.0754	-0.0395	-0.01	0.1288	0.1182	-0.0567	0.0493	0.0455	-0.0298	0.0429	-0.029	0.0207	52.2475	100.15	35.4187
3	1.6799	0.1021	0.3576	1.2841	-0.3213	1.8346	-0.0018	0.0881	-0.0509	-0.0058	-0.0145	-0.0461	0.151	0.0027	0.0163	0.0164	-0.007	-0.0001	0.0175	0.0092	0.0257	47.2339	46.9763	41.4308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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