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- PDB-8uyj: BtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uyj
タイトルBtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4
要素BtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4
キーワードRNA / SL5 / coronavirus / 5' UTR
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Kretsch, R.C. / Xu, L. / Zheludev, I.N. / Zhou, X. / Huang, R. / Nye, G. / Li, S. / Zhang, K. / Chiu, W. / Das, R.
資金援助 米国, 11件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122579 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129541 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFPDGE1656518 米国
Other governmentNational Key R&D Program of China 2022YFC2303700
Other governmentNational Key R&D Program of China 2022YFA1302700
Other privateBioX Bowes fellowship
Other privateBioX Interdisciplinary Initiative Program
Other privateChEM-H COVID-19 Drug and Vaccine Prototyping seed grant
Department of Energy (DOE, United States)Coronavirus CARES Act 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)#U19AI171421 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Tertiary folds of the SL5 RNA from the 5' proximal region of SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
著者: Rachael C Kretsch / Lily Xu / Ivan N Zheludev / Xueting Zhou / Rui Huang / Grace Nye / Shanshan Li / Kaiming Zhang / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to ...Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to contain a four-way junction of helical stems, some of which are capped with UUYYGU hexaloops. Here, using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and computational modeling with biochemically determined secondary structures, we present three-dimensional structures of SL5 from six coronaviruses. The SL5 domain of betacoronavirus severe-acute-respiratory-syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2), resolved at 4.7 Å resolution, exhibits a T-shaped structure, with its UUYYGU hexaloops at opposing ends of a coaxial stack, the T's "arms." Further analysis of SL5 domains from SARS-CoV-1 and MERS (7.1 and 6.4 to 6.9 Å resolution, respectively) indicate that the junction geometry and inter-hexaloop distances are conserved features across these human-infecting betacoronaviruses. The MERS SL5 domain displays an additional tertiary interaction, which is also observed in the non-human-infecting betacoronavirus BtCoV-HKU5 (5.9 to 8.0 Å resolution). SL5s from human-infecting alphacoronaviruses, HCoV-229E and HCoV-NL63 (6.5 and 8.4 to 9.0 Å resolution, respectively), exhibit the same coaxial stacks, including the UUYYGU-capped arms, but with a phylogenetically distinct crossing angle, an X-shape. As such, all SL5 domains studied herein fold into stable tertiary structures with cross-genus similarities and notable differences, with implications for potential protein-binding modes and therapeutic targets.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Tertiary folds of the SL5 RNA from the 5' proximal region of SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
著者: Rachael C Kretsch / Lily Xu / Ivan N Zheludev / Xueting Zhou / Rui Huang / Grace Nye / Shanshan Li / Kaiming Zhang / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to ...Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to contain a four-way junction of helical stems, some of which are capped with UUYYGU hexaloops. Here, using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and computational modeling with biochemically-determined secondary structures, we present three-dimensional structures of SL5 from six coronaviruses. The SL5 domain of betacoronavirus SARS-CoV-2, resolved at 4.7 Å resolution, exhibits a T-shaped structure, with its UUYYGU hexaloops at opposing ends of a coaxial stack, the T's "arms." Further analysis of SL5 domains from SARS-CoV-1 and MERS (7.1 and 6.4-6.9 Å resolution, respectively) indicate that the junction geometry and inter-hexaloop distances are conserved features across the studied human-infecting betacoronaviruses. The MERS SL5 domain displays an additional tertiary interaction, which is also observed in the non-human-infecting betacoronavirus BtCoV-HKU5 (5.9-8.0 Å resolution). SL5s from human-infecting alphacoronaviruses, HCoV-229E and HCoV-NL63 (6.5 and 8.4-9.0 Å resolution, respectively), exhibit the same coaxial stacks, including the UUYYGU-capped arms, but with a phylogenetically distinct crossing angle, an X-shape. As such, all SL5 domains studied herein fold into stable tertiary structures with cross-genus similarities, with implications for potential protein-binding modes and therapeutic targets.
履歴
登録2023年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5111
ポリマ－43,5111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 BtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4


分子量: 43510.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BtCoV-HKU5 5' proximal stem-loop 5, conformation 4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.04373 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMSodium HEPESNa-C8H18N2O4S1
210 mMMagnesium ChlorideMgCl21
試料濃度: 1.31 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 18139
詳細: Data was collected in two session, 5,728 images were collected with a 4.74s exposure time, 12,411 images where collected with a 3.81s exposure time.
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択Template
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.2.0CTF補正Patch CTF Estimation
7Rosetta2020.42モデルフィッティングauto-DRRAFTER
9ERRASER2モデル精密化phenix.real_space_refine
10cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当Ab initio reconstruction multi-class
11cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当Non-uniform Refinement
12cryoSPARC3.2.0分類3D variability
13cryoSPARC3.2.0３次元再構成Non-uniform Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5109283
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185489 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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