PDB-8uy2: Methylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uy2

タイトル

Methylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum DSM 1495, AdoMet-bound, Inhibited (T) State

要素

Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / methylenetetrahydrofolate reductase / NADPH activity / oxidoreductase activity / acting on the CH-NH group of donors / NAD or NADP as acceptor cobalamin binding / one-carbon metabolism / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of S-adenosylmethionine-dependent allosteric transition from active to inactive states in methylenetetrahydrofolate reductase.
著者: Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.

履歴

登録	2023年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8uy1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

B: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

C: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

D: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

ヘテロ分子

289 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.656, 149.948, 171.056
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 592
2	1	1	1	A	1 - 592
3	2	2	1	A	1 - 592
4	2	2	1	A	1 - 592
5	3	3	1	A	1 - 592
6	3	3	1	A	1 - 592
7	4	4	1	B	0 - 592
8	4	4	1	B	0 - 592
9	5	5	1	C	-2 - 593
10	5	5	1	C	-2 - 593
11	6	6	1	D	0 - 592
12	6	6	1	D	0 - 592

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein 分子量: 70256.531 Da / 分子数: 4 / 変異: R315A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0033700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G0S5U9, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]

#1: タンパク質

Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein

分子量: 70256.531 Da / 分子数: 4 / 変異: R315A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0033700 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G0S5U9, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 7種, 363分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 1-1 protein to reservoir solution, Protein: 50 mg/mL, 50 mM potassium phosphate buffer (KPB), pH 7.4, containing 500 uM AoMet and 250 uM FAD Reservoir Solution: 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, ...詳細: 1-1 protein to reservoir solution, Protein: 50 mg/mL, 50 mM potassium phosphate buffer (KPB), pH 7.4, containing 500 uM AoMet and 250 uM FAD Reservoir Solution: 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M ammonium sulfate, 6% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

結晶

マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1-1 protein to reservoir solution, Protein: 50 mg/mL, 50 mM potassium phosphate buffer (KPB), pH 7.4, containing 500 uM AoMet and 250 uM FAD Reservoir Solution: 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1271 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.83→75.087 Å / Num. obs: 80491 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
14.43-74.97	5.5	0.076	705	0.972	0.048	0.091
2.83-2.89	7.2	1.171	4556	0.672	0.724	1.383

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→74.974 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.188 / SU B: 24.002 / SU ML: 0.219 / Average fsc free: 0.9692 / Average fsc work: 0.975 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.779 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2027	3970	4.939 %	RANDOM
R_work	0.1873	76411	-	-
all	0.188	-	-	-
obs	-	80381	99.603 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.216 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.655 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.835 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→74.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17822	0	502	335	18659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	18812
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.016	17256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.835	25567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	1.776	39761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.807	5	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.794	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.724	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.838	10	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.565	10	921
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	22348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.141	0.2	16550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	9068
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	10385
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.092	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.894	5.098	8892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.892	5.098	8892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.466	9.177	11083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.465	9.178	11084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.377	5.687	9920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.341	5.673	9884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.835	10.157	14482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.79	10.133	14429
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.551	63.21	80793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.554	63.199	80709
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	18301
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.091	0.05	18392
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.094	0.05	18299
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.093	0.05	18265
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.092	0.05	18460
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.101	0.05	18172

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09284	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09284	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09077	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09077	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09432	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09432	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09281	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09281	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09201	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09201	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10101	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10101	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.83-2.903	0.319	289	0.287	5585	0.289	5879	0.935	0.949	99.9149	0.275
2.903-2.983	0.272	293	0.253	5439	0.254	5744	0.948	0.96	99.7911	0.233
2.983-3.069	0.255	272	0.238	5297	0.239	5574	0.962	0.965	99.9103	0.218
3.069-3.163	0.239	279	0.223	5173	0.224	5455	0.965	0.969	99.945	0.201
3.163-3.267	0.24	248	0.206	5023	0.208	5274	0.966	0.975	99.9431	0.185
3.267-3.381	0.212	241	0.188	4837	0.189	5080	0.972	0.979	99.9606	0.17
3.381-3.509	0.204	247	0.18	4689	0.181	4936	0.975	0.981	100	0.164
3.509-3.652	0.211	261	0.179	4473	0.181	4745	0.974	0.982	99.7682	0.165
3.652-3.814	0.198	213	0.175	4298	0.176	4561	0.976	0.982	98.9037	0.163
3.814-3.999	0.191	208	0.16	4079	0.161	4375	0.977	0.984	97.9886	0.151
3.999-4.215	0.16	204	0.145	3965	0.146	4172	0.984	0.987	99.9281	0.14
4.215-4.47	0.166	187	0.134	3739	0.135	3927	0.983	0.989	99.9745	0.134
4.47-4.777	0.175	181	0.149	3541	0.15	3723	0.982	0.987	99.9731	0.151
4.777-5.158	0.17	179	0.166	3296	0.166	3482	0.983	0.984	99.799	0.171
5.158-5.648	0.176	133	0.19	3062	0.189	3204	0.981	0.981	99.7191	0.193
5.648-6.31	0.238	133	0.203	2779	0.205	2931	0.969	0.978	99.3518	0.21
6.31-7.278	0.219	146	0.206	2418	0.207	2584	0.97	0.974	99.226	0.217
7.278-8.892	0.196	120	0.189	2059	0.189	2229	0.976	0.978	97.7568	0.212
8.892-12.488	0.151	93	0.174	1668	0.173	1762	0.987	0.984	99.9432	0.194
12.488-74.974	0.32	43	0.364	990	0.362	1057	0.94	0.921	97.7294	0.592

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6103	0.0012	-0.6712	0.5618	-0.181	2.2162	-0.0393	0.0444	-0.0132	-0.0345	0.0103	0.2447	0.1615	-0.2048	0.0289	0.0439	-0.0252	-0.009	0.0231	-0.0057	0.1131	-3.2728	-32.6125	4.0336
2	0.5827	0.5826	-0.1949	2.0413	-0.5548	0.6079	0.0527	-0.077	-0.0543	0.4553	-0.0686	-0.0421	-0.1002	-0.0299	0.016	0.2074	0.02	0.0752	0.0243	0.0295	0.0699	7.5108	-4.7754	44.4212
3	0.737	-1.1175	-0.1111	2.2335	0.3035	0.645	-0.084	-0.0048	0.0452	0.3629	-0.105	-0.1606	0.0336	0.2251	0.1891	0.2002	0.0221	-0.0071	0.2279	0.2106	0.3583	58.7959	-17.4314	27.6574
4	0.608	-0.244	0.6278	0.9708	-0.4691	1.4191	0.129	0.0214	-0.2058	-0.168	-0.083	-0.0768	0.6013	0.1562	-0.046	0.3288	0.0998	0.1044	0.0374	0.0661	0.2519	47.4786	-42.4267	-14.2727

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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