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- PDB-8uy1: Methylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uy1
タイトルMethylenetetrahydrofolate reductase from Chaetomium thermophilum DSM 1495, Active (R) State
要素Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / methylenetetrahydrofolate reductase / NADPH activity / oxidoreductase activity / acting on the CH-NH group of donors / NAD or NADP as acceptor cobalamin binding / one-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic-type methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase-like / Methylenetetrahydrofolate reductase / FAD-linked oxidoreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1945174 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of S-adenosylmethionine-dependent allosteric transition from active to inactive states in methylenetetrahydrofolate reductase.
著者: Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.
履歴
登録2023年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
A: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
B: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
C: Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,7738
ポリマ－281,6314
非ポリマー3,1424
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.972, 151.380, 188.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Methylenetetrahydrofolate reductase-like protein


分子量: 70407.742 Da / 分子数: 4 / 変異: E21Q,L393M,V516F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0033700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5U9
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1-1 ratio protein to reservoir solution Protein: 25 mM Tris, pH 7.4, 50 mM potassium chloride, 500 uM FAD, and 1 mM TCEP Reservoir Solution: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 mM potassium chloride, 20 ...詳細: 1-1 ratio protein to reservoir solution Protein: 25 mM Tris, pH 7.4, 50 mM potassium chloride, 500 uM FAD, and 1 mM TCEP Reservoir Solution: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 22% poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.41→52.04 Å / Num. obs: 46407 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.41→3.53 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.805 / Num. measured all: 32082 / Num. unique obs: 4499 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 1.122 / Rrim(I) all: 3.024 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.49→52.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 82.341 / SU ML: 0.527 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.623 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25564 2181 5 %RANDOM
Rwork0.21556 ---
obs0.21759 41089 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 157.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.35 Å20 Å2-0 Å2
2---3.86 Å20 Å2
3----3.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.49→52.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19085 0 212 4 19301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01219811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.01618293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.83826891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3821.7842105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.28652355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.6095160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56103309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.22790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0223838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.024760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.92910.6199444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.92910.6199444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.92119.11211791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.92119.11211792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.70610.96110367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.70510.96110364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.87520.00815101
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.568135.0390900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.568135.0390901
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 163 -
Rwork0.346 3001 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69280.50071.58592.00730.7462.48150.178-0.5941-0.40730.1659-0.21720.30580.1363-0.46940.03920.0912-0.05410.00120.18740.10090.208823.218918.508836.7847
22.24250.4034-0.47252.91450.50033.36820.0606-0.5770.3361-0.09060.0519-0.544-0.75710.5805-0.11250.183-0.1575-0.02450.34120.01110.294364.700542.96313.0952
32.05910.08290.54262.72511.14112.21090.10790.161-0.45110.16410.0738-0.72640.65450.3628-0.18180.5407-0.0866-0.10590.2706-0.01690.67882.829943.190366.5274
40.4497-0.5701-0.19133.08811.94692.46880.04-0.02990.13180.1176-0.16590.50440.138-0.73010.12590.2149-0.1262-0.01390.41780.01210.549735.55867.580874.3977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 701
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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