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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uxn | ||||||||||||||||||
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タイトル | Caulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized) | ||||||||||||||||||
要素 | Flagellin FljM | ||||||||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / flagellin / flagellar filament | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin FljM 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Direct evidence for multi-flagellin filament stabilization via atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments 著者: Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uxn.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uxn.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uxn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uxn_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uxn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uxn_validation.xml.gz | 233.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uxn_validation.cif.gz | 347.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/8uxn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42770MC 8uxkC 9cefC 9cejC 9cemC 9ceoC 9cepC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27950.240 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000 / 参照: UniProt: O52529 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: FljM flagellar filament (symmetrized) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.28 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 名称: phosphate buffered saline |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 65.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.73 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 248115 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 67 / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: O52529 / Source name: AlphaFold | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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