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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uwc | ||||||
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タイトル | Site-one protease without SPRING | ||||||
要素 | Membrane-bound transcription factor site-1 protease | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / serine protease cholesterol metabolism zymogen activation Protein complex glycoprotein secretory pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 site-1 protease / CREB3 factors activate genes / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) ...site-1 protease / CREB3 factors activate genes / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Golgi stack / lysosome organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein maturation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cholesterol metabolic process / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / protein processing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Kober, D.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: SPRING licenses S1P-mediated cleavage of SREBP2 by displacing an inhibitory pro-domain. 著者: Sebastian Hendrix / Vincent Dartigue / Hailee Hall / Shrankhla Bawaria / Jenina Kingma / Bilkish Bajaj / Noam Zelcer / Daniel L Kober / 要旨: Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also ...Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also required for a wide array of additional signaling pathways. A zymogen serine protease, S1P matures through autoproteolysis of two pro-domains, with one cleavage event in the endoplasmic reticulum (ER) and the other in the Golgi. We recently identified the SREBP regulating gene, (SPRING), which enhances S1P maturation and is necessary for SREBP signaling. Here, we report the cryo-EM structures of S1P and S1P-SPRING at sub-2.5 Å resolution. SPRING activates S1P by dislodging its inhibitory pro-domain and stabilizing intra-domain contacts. Functionally, SPRING licenses S1P to cleave its cognate substrate, SREBP2. Our findings reveal an activation mechanism for S1P and provide insights into how spatial control of S1P activity underpins cholesterol homeostasis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uwc.cif.gz | 184.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uwc.ent.gz | 139.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uwc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uwc_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uwc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uwc_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uwc_validation.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/8uwc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42661MC 8uw8C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113883.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBTPS1, KIAA0091, S1P, SKI1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14703, site-1 protease |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Matured site-1 protease / タイプ: COMPLEX 詳細: FLAG-S1P-His purified using NiNTA chromatography and gel filtration. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES-NaOH and 150 mM NaCl | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6139 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 5 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 659523 / 対称性のタイプ: POINT |