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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uvv | ||||||
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タイトル | The NanJ sialidase catalytic domain in complex with Neu5Ac | ||||||
要素 | Exo-alpha-sialidase NanJ | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Sialidase / sialic acid | ||||||
機能・相同性 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Medley, B.J. / Boraston, A.B. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: A "terminal" case of glycan catabolism: structural and enzymatic characterization of the sialidases of Clostridium perfringens. 著者: Medley, B.J. / Low, K.E. / Irungu, J.D.W. / Kipchumba, L. / Daneshgar, P. / Liu, L. / Garber, J.M. / Klassen, L. / Inglis, G.D. / Boons, G.J. / Zandberg, W.F. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uvv.cif.gz | 126.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uvv.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uvv_validation.pdf.gz | 796.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uvv_full_validation.pdf.gz | 798.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8uvv_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uvv_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/8uvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/8uvv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50047.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: nanJ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-SIA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M (NH4)2S04 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 28058 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 28058 / CC1/2: 0.878 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.67 Å / SU ML: 0.344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4477 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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