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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uvs | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with spectinomycin derivative 2694, mRNA, deacylated A- and E-site tRNAphe, and deacylated P-site tRNAmet at 2.75A resolution | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/INHIBITOR / Spectinomycin / aminomethyl spectinomycin / antibiotic / 70S ribosome / X-ray structure / inhibition of translation / infectious diseases / antimicrobial drug discovery / semisynthetic chemistry / drug development / RIBOSOME / RIBOSOME-INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) Escherichia phage T4 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Killam, B.Y. / Phelps, G.A. / Lee, R.E. / Polikanov, Y.S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Development of 2nd generation aminomethyl spectinomycins that overcome native efflux in Mycobacterium abscessus. 著者: Phelps, G.A. / Cheramie, M.N. / Fernando, D.M. / Selchow, P. / Meyer, C.J. / Waidyarachchi, S.L. / Dharuman, S. / Liu, J. / Meuli, M. / Molin, M.D. / Killam, B.Y. / Murphy, P.A. / Reeve, S.M. ...著者: Phelps, G.A. / Cheramie, M.N. / Fernando, D.M. / Selchow, P. / Meyer, C.J. / Waidyarachchi, S.L. / Dharuman, S. / Liu, J. / Meuli, M. / Molin, M.D. / Killam, B.Y. / Murphy, P.A. / Reeve, S.M. / Wilt, L.A. / Anderson, S.M. / Yang, L. / Lee, R.B. / Temrikar, Z.H. / Lukka, P.B. / Meibohm, B. / Polikanov, Y.S. / Hobbie, S.N. / Bottger, E.C. / Sander, P. / Lee, R.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uvs.cif.gz | 7.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uvs.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8uvs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uvs_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uvs_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uvs_validation.xml.gz | 656.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uvs_validation.cif.gz | 1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/8uvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/8uvs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uvrC 6xhwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 1A2A1B2B1a2a1v2v1w1y2w2y1x2x
#1: RNA鎖 | 分子量: 948007.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382 #2: RNA鎖 | 分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: AP008226.1 #32: RNA鎖 | 分子量: 493863.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382 #53: RNA鎖 | 分子量: 7804.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) Escherichia phage T4 (ファージ) #54: RNA鎖 | 分子量: 24644.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated phenylalanine-specific tRNAphe / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 / 参照: GenBank: 1850831943 #55: RNA鎖 | 分子量: 24846.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated initiator formyl-methionyl-tRNAmet / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 / 参照: GenBank: 732678099 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...
#33: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371 #34: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372 #35: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 #36: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #37: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8 #38: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 #39: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY9 #40: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374 #41: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7 #42: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376 #43: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3 #44: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377 #45: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY6 #46: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76 #47: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3 #48: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY7 #49: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #50: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2 #51: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380 #52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-非ポリマー , 6種, 7745分子
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-ZN / #58: 化合物 | 分子量: 475.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H41N3O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #59: 化合物 | #60: 化合物 | #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 % / 解説: Long needles |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日 / 詳細: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→121.84 Å / Num. obs: 1483558 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.428 % / Biso Wilson estimate: 60.724 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 7.42 / Num. measured all: 5085095 / Scaling rejects: 5441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6XHW 解像度: 2.75→121.84 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.67 Å2 / Biso mean: 61.8085 Å2 / Biso min: 11.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.75→121.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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