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- PDB-8uuc: Crystal structure of a bacterial clusterless MutYX bound to an Ab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uuc
タイトルCrystal structure of a bacterial clusterless MutYX bound to an Abasic site analog (THF) opposite d(8-oxo-G)
要素
  • Adenine DNA glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA glycosylase / Base Excision Repair / DNA-protein complex / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/guanine mispair binding / adenine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III family signature. / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Eggerthella sp. YY7918 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Trasvina-Arenas, C.H. / David, S.S. / Fisher, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2204228 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of MutYX: A novel clusterless adenine DNA glycosylase with a distinct C-terminal domain and 8-Oxoguanine recognition sphere.
著者: Trasvina-Arenas, C.H. / Hashemian, M. / Malek, M. / Merrill, S. / Fisher, A.J. / David, S.S.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,23021
ポリマ－37,2603
非ポリマー97018
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.832, 84.137, 225.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenine DNA glycosylase


分子量: 30645.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eggerthella sp. YY7918 (バクテリア)
株: YY7918 / 遺伝子: MutY / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F7V0V1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3423.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3191.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 287分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % / 解説: long needle-like crystal
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM CAPS/Sodium hydroxide [pH 10.5], 1200 mM Sodium phosphate monobasic/800 mM Potassium phosphate dibasic, and 200 mM Lithium sulfate
PH範囲: 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 53001 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2535 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.607 / Rrim(I) all: 1.643 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→37.62 Å / SU ML: 0.1861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.6434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 5122 5.1 %
Rwork0.1762 95302 -
obs0.1773 53001 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 438 58 269 2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00692780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03533847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.793549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.570.40791710.35543107X-RAY DIFFRACTION96.7
1.57-1.590.38051430.35073183X-RAY DIFFRACTION96.07
1.59-1.610.35831780.31773161X-RAY DIFFRACTION95.73
1.61-1.630.34971430.31823204X-RAY DIFFRACTION96.87
1.63-1.650.30211730.30653144X-RAY DIFFRACTION96.54
1.65-1.670.31471650.28513136X-RAY DIFFRACTION95.52
1.67-1.690.29091870.27963147X-RAY DIFFRACTION96.05
1.69-1.720.28331690.27983265X-RAY DIFFRACTION97.95
1.72-1.750.31611390.26613081X-RAY DIFFRACTION94.82
1.75-1.770.2981850.26043096X-RAY DIFFRACTION93.96
1.77-1.80.26831570.23052950X-RAY DIFFRACTION91.65
1.8-1.840.21791870.22553184X-RAY DIFFRACTION95.2
1.84-1.870.22861530.20823210X-RAY DIFFRACTION98.25
1.87-1.910.24461640.19653197X-RAY DIFFRACTION97.62
1.91-1.950.23012050.19373135X-RAY DIFFRACTION96.25
1.95-20.20551650.19453278X-RAY DIFFRACTION99.48
2-2.050.22861870.18923106X-RAY DIFFRACTION95.34
2.05-2.10.23851770.18133282X-RAY DIFFRACTION99.86
2.1-2.170.24331830.18253135X-RAY DIFFRACTION96.06
2.17-2.240.17581740.17293258X-RAY DIFFRACTION99.85
2.24-2.320.21741670.1733207X-RAY DIFFRACTION96.34
2.32-2.410.1921640.17423192X-RAY DIFFRACTION97.59
2.41-2.520.21651450.16993061X-RAY DIFFRACTION94.13
2.52-2.650.19131830.16693206X-RAY DIFFRACTION97.33
2.65-2.820.22831910.18083208X-RAY DIFFRACTION98.66
2.82-3.030.17931820.17063255X-RAY DIFFRACTION98.96
3.03-3.340.16441730.15323244X-RAY DIFFRACTION98.87
3.34-3.820.1611870.14593251X-RAY DIFFRACTION98.91
3.82-4.810.14431770.13373148X-RAY DIFFRACTION96.32
4.81-37.620.16911480.15893271X-RAY DIFFRACTION98.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42825259018-0.3547851932460.6488103753331.08861019717-0.6129143380063.364348514717.78191468811E-50.119698726317-0.0454118040999-0.0851788115363-0.02459294522380.02792136378620.1934461922490.07336426259230.01803139182660.1740970211360.01274448508920.01228165886930.17065429305-0.005094759349030.2200331025226.28213.48318.341
24.55089412622-0.5678837134360.5052133888943.402142534310.6182367492956.16457865667-0.00738780535651-0.2608374903990.08580142836390.369104831516-0.0399198166827-0.0370758588271-0.2395710995210.2716674584350.06421333910610.263338915251-0.01042025060060.02014331214950.2187735143010.00506394926050.1510538609545.87621.14847.748
38.11439057039-6.093880281030.8386961070667.01166329613-0.7259337356774.38118239752-0.380767281465-1.1006413521-1.96155060534-0.2148941186390.468055622593-1.61227610929-0.107204333963-0.208677808201-0.07342020465930.292641302088-0.06574630513790.01610750406770.776387891842-0.1551556887160.790703552526-13.08219.0627.379
42.950291031792.230762259022.957811376494.99378296294-0.6230546124545.6639901356-0.10672625223-0.3656640542970.285462102975-0.186060299083-0.1129661416910.27563133531-0.270404283102-0.3115084535810.1779955503140.2408286506550.0755291234837-0.01338569456440.179733386804-0.02716577546850.2403159869713.5224.21131.903
52.00011853539-6.91463492837-3.380212260284.712052104632.602970190196.266779814711.6616488759-0.790945907385.76198358185-0.947609480070.332033177489-3.21014105872-5.317379368192.51955404447-1.961730003411.0464531825-0.2019797993530.2055719888240.691062793839-0.1071264243981.2173622963510.88841.05827.936
64.462879277043.9162661232-0.6907214603718.40463333438-1.20974761152.052154018290.020442948889-0.09412237676460.163991247718-0.0248261105072-0.02712584413070.226376325562-0.219754794628-0.03761822652290.01315476340790.1874161046820.0455585796246-0.01091385482210.182612055940.005769834175230.1679480602413.24925.82824.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:198 )A1 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 199:273 )A199 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:2 )B1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 3:9 )B3 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 1:2 )C1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 3:9 )C3 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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