[日本語] English
万見
- PDB-8uta: yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with proflavine bou... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uta
タイトルyjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with proflavine bound to Fab BL3-6 S97N
要素
  • Fab BL3-6 S97N heavy chain
  • Fab BL3-6 S97N light chain
  • yjdF RNA (R. gauvreauii)
キーワードRNA / riboswitch / azaaromatic / translation / antibody
機能・相同性PROFLAVIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ruminococcus gauvreauii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Krochmal, D. / Lewicka, A. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149336 米国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural basis for promiscuity in ligand recognition by yjdF riboswitch.
著者: Krochmal, D. / Roman, C. / Lewicka, A. / Shao, Y. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2023年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
N: yjdF RNA (R. gauvreauii)
R: yjdF RNA (R. gauvreauii)
A: Fab BL3-6 S97N heavy chain
H: Fab BL3-6 S97N heavy chain
B: Fab BL3-6 S97N light chain
L: Fab BL3-6 S97N light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,17014
ポリマ－178,6066
非ポリマー5648
水00
1
N: yjdF RNA (R. gauvreauii)
H: Fab BL3-6 S97N heavy chain
L: Fab BL3-6 S97N light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5857
ポリマ－89,3033
非ポリマー2824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: yjdF RNA (R. gauvreauii)
A: Fab BL3-6 S97N heavy chain
B: Fab BL3-6 S97N light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5857
ポリマ－89,3033
非ポリマー2824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.873, 75.138, 95.727
Angle α, β, γ (deg.)87.250, 87.990, 87.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "H"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 108 or (resid 109...
d_2ens_2(chain "L" and (resid 1 through 108 or (resid 109...
d_1ens_3chain "N"
d_2ens_3(chain "R" and (resid 1 through 75 or resid 81 through 128))

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLUGLUCYSCYSAC4 - 2284 - 228
d_2ens_1GLUGLUCYSCYSHD4 - 2284 - 228
d_1ens_2SERSERCYSCYSBE1 - 2151 - 215
d_2ens_2SERSERCYSCYSLF1 - 2151 - 215
d_1ens_3GGCCNA1 - 41 - 4
d_2ens_3GGCCRB1 - 41 - 4

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.903085706845, 0.400426293739, -0.155225607988), (-0.4092115449, 0.912006792264, -0.0280984409733), (0.13031545424, 0.0888954112805, 0.987479360918)25.2278311429, 17.2708506104, -40.4229158065
2given(0.933719660376, 0.300199366327, -0.195058802118), (-0.320071803507, 0.944078314274, -0.0791844499775), (0.160379663381, 0.136368900324, 0.977589835564)27.5545981358, 21.7661928229, -40.0270725079
3given(0.978787517512, 0.135675452499, -0.153516015945), (-0.107823473365, 0.978265573508, 0.177117379951), (0.174209914051, -0.156807650574, 0.9721431307)-42.1703622262, -26.9651332742, 57.4012770352

-
要素

#1: RNA鎖 yjdF RNA (R. gauvreauii)


分子量: 41114.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ruminococcus gauvreauii (バクテリア)
#2: 抗体 Fab BL3-6 S97N heavy chain


分子量: 24766.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab BL3-6 S97N light chain


分子量: 23421.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PRL / PROFLAVIN / プロフラビン


分子量: 209.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→95.56 Å / Num. obs: 32504 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 121.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 2.559 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4517 / CC1/2: 0.364 / Rpim(I) all: 1.364 / Rrim(I) all: 2.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→63.79 Å / SU ML: 0.6164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 39.0845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 2004 6.39 %
Rwork0.2243 29350 -
obs0.2272 31354 92.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 167.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→63.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6646 5340 38 0 12024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007612806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.191218585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08272291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01071435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.60453957
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.77907038844
ens_2d_2EBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.14357746712
ens_3d_2ANX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS4.22628665468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.120.4439870.43631204X-RAY DIFFRACTION53.41
3.12-3.210.37351350.41392041X-RAY DIFFRACTION89.25
3.21-3.30.40231340.37632065X-RAY DIFFRACTION92.12
3.3-3.410.39181460.36262208X-RAY DIFFRACTION96.99
3.41-3.530.37511540.31922199X-RAY DIFFRACTION97.23
3.53-3.670.35491480.32132180X-RAY DIFFRACTION96.96
3.67-3.840.35451470.31592218X-RAY DIFFRACTION97.21
3.84-4.040.34511540.29652203X-RAY DIFFRACTION96.8
4.04-4.30.28051520.25752167X-RAY DIFFRACTION96.83
4.3-4.630.26591410.21662198X-RAY DIFFRACTION96.33
4.63-5.090.23561580.21592099X-RAY DIFFRACTION93.42
5.09-5.830.27071480.20762243X-RAY DIFFRACTION98.23
5.83-7.340.28351560.21852170X-RAY DIFFRACTION96.59
7.35-63.790.19391440.14582155X-RAY DIFFRACTION94.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.597631021011.142243615-1.257968709181.07018004476-0.643009847370.733374180527-0.0351024624486-0.3700159490350.643145761956-0.2485651081650.539411071394-0.0244701011922-0.491181148544-0.5196082509640.006074287707781.266782106540.17347276594-0.1874189061620.867529293222-0.09417942866870.962580833919-43.528775668913.307753493215.3983918293
23.79210193142-0.5509091678240.232978569082.206099696270.6809491405121.40967601645-0.294740622927-0.72985237048-0.0907077069873-0.3382749376310.148103073214-0.112735619915-0.0588535079101-0.6342383419826.39444786565E-80.8010713210.147375877145-0.05420111578580.784881473381-0.00461204913970.885958421626-47.45996964255.2872279148514.2619547247
30.3116193297790.186100548084-0.3274708828570.5860671612770.4496174229890.749684990393-0.9129487870040.2904291956861.118781473890.0221285695581-0.0661748200248-0.07129375047332.245439082032.32481281349-0.01260286760521.4135801573-0.0125037906694-0.10115590061.023040188120.1390670313990.941889550299-34.16276763145.441602833532.80755529219
41.43918720352-0.5137131419130.1863890252123.14709002765-1.050322872984.30228321681-0.160313119763-0.08192478031850.5592038182141.612203091510.551631669522-0.613228695231-1.870093546-0.7300519661081.10293016931.420210086610.00257727207147-0.3600452056620.731231280661-0.2391653382751.11942627627-32.3031281585.2287677319242.9969151627
51.21901696282-1.43730774366-1.740728256771.602108231472.059184475952.36399128504-0.4035980217281.024176685330.1586072293221.308366471280.551981397396-0.712677378686-0.769867320881-0.5943390902720.03906359715411.318697675780.140665686945-0.3232661656810.9063517286190.08378859552421.56701876653-30.00516424545.5650901436639.1227877423
61.010485485280.928615130283-1.123347566970.785743344671-0.979791755371.15503837377-0.92067540767-1.154250718951.59382106323-0.02578945648380.378163174201-0.332867241629-1.92659317211-0.316738121819-2.9010503039E-62.066118925080.191061492583-0.1966983200111.44170234353-0.3069712691961.94554925282-24.944384188813.03374987446.8715232048
71.56999240277-0.770216577569-0.5018214355621.16302260891-1.299491133171.25787518169-0.266233719881-0.09512807982840.8855362665790.2076988490570.622562657139-0.0313717933413-0.223533799202-0.2416624200367.83355736292E-71.14397908776-0.0813322678737-0.03379490308730.9767840705820.06982462502930.947252409063-11.67981089647.3422274723-31.6640450952
81.89495489891-1.76933070617-0.4392448195392.104456507081.188934610431.05542804937-0.6028972124060.181599746112-0.5687205969350.227801880328-0.03751747314780.0847618254234-0.9122517292690.185514784731-0.0008349101439410.613259016248-0.1638937278880.02076913467320.9445496715770.1619106404990.857411852246-16.531154090237.8943051255-35.1549082169
91.61599897109-1.24371375904-0.6979883948461.33028514005-0.213353766591.509133596910.6400268897650.2288479963720.3530886246850.210031535596-0.8954746140090.64039482029-0.733895459236-0.4868875752350.02365602680850.601864873549-0.0184782002937-0.00596363229810.9545541953140.1759653165681.10141553901-19.916099875245.8762744415-33.8509081641
100.711667869304-0.740824467697-0.3426529138691.732978512920.04750951284270.176505713686-0.631935310455-0.487991157465-0.320997860476-0.5180232684110.4983542990420.1763970876180.346672382452-0.131871440072-0.1875443118580.420213709892-0.1965174409060.1944219063361.084362603570.1491207383330.927561230683-17.432137593439.2597457542-27.1125702988
110.0961907453480.35202583460.1646279655330.6040238085310.3515660485880.181045100377-0.7936813783430.596022942380.5349393354390.3617396835470.6052643795360.0778774379808-0.3148434778330.506975665275-3.95080721336E-71.19675319640.00410493134124-0.1722432531671.34748666647-0.04765418126551.06388525475-4.833425281836.3897639472-43.5759043134
120.3531651564040.5942099009670.489713016761.061011736881.560287440692.921169597870.297856187381-0.170671989399-0.745928464077-0.3391669349730.4523549530340.536087819597-1.532625182690.492519774716-0.1133169350920.9127890834340.1992812456130.4788759077861.024309881910.1099833158451.50480817956-15.561237631642.7092933189-13.8766873723
130.8302478630930.6716827629950.07664736811790.503890665587-0.08129037831231.195944302840.78516895105-1.97177990514-0.624738387355-1.521354283430.7995575001230.7884171969491.6414068632-0.9731852246470.0007957347017811.01535484271-0.115582471040.05641281358111.58930537529-0.3415932381221.50357728695-3.2825374324127.49172059179.0853133645
141.270052219940.306721582368-1.287680374331.73027696186-1.369225231071.77293841535-0.0507387576498-0.8275177089370.8000922628131.089177967020.864745032325-0.6624745355590.157081503326-0.9938244067690.1029219101830.779037346818-0.0965854099513-0.08559001855621.29024418773-0.2343772859171.16542609806-3.9971514306429.90632783282.28813226525
151.70081602559-1.65340141383-0.53737634421.93715523382.054587254492.734154523321.053354110330.8655996523760.5505396160210.0867217706317-0.179555252356-0.961258768505-0.155108318948-0.1311715271080.836739978270.532288114183-0.1098135658450.2818148349970.7939954236960.09129891432181.22644144318-3.4168823523333.5917817674-2.93922285156
162.8860255967-0.422215611510.5175499973192.04639054761.59935166161.30922164265-0.822393747197-1.281265413791.8701036785-0.08746220552281.46347290136-0.9340883798150.661105469146-0.2448785307170.09974709498881.18925903353-0.1983174233770.2247102980981.5139238637-0.3662823831821.67189944041-1.0296913923438.4051167446.17833151136
171.00604866730.640050484692-0.3560704023061.120535961180.3278202112860.9900570556110.463000955343-0.0441933943392-0.383119849792-0.084750721540.131332846001-0.564818883411-0.03318824890340.226108160463.23000715858E-71.48084795315-0.2007774690170.04210308788821.54551879342-0.08294889870271.3612486668-38.43315599426.7400690745-110.340574258
18-0.3275496484191.761149639021.22546517325-0.01757251409390.3955141357880.4587446718530.0529132826102-0.374860640234-0.631709370724-0.8575872358090.01503387023720.0686664765718-0.666659423768-0.07800196199546.49276375479E-81.692383962670.189632463228-0.2077766608351.81708807656-0.1242984969731.47795209486-22.736491705135.0469000059-68.7025303035
190.7436257028081.88576245082-1.056000634991.75678430946-1.93032131222.16138068351-0.110532629092-0.216421882267-0.5370419197830.179882430565-0.0121005327309-0.4822240929-0.633403980809-0.637398720951.41814943012E-92.402823196330.159940597053-0.159710929071.51237900608-0.03146883569931.59236045367-43.321232092926.8702329476-74.5665203446
200.804751941123-0.885879468992-0.02892184421291.124467023331.136057155071.50742241796-0.0207601847897-0.005829722457920.194646522387-0.2587732598690.080128903585-0.19725767909-0.188046289677-0.1145515937133.79331438548E-91.81305219463-0.00734495994537-0.03767807319871.46415899485-0.06668580789741.52689425565-48.126009235635.7487521272-99.0675763909
210.3218928226650.07036730176250.9790802693731.88687617196-1.014053597292.65134824849-0.335873691777-0.85507909598-0.1621317630521.625377239920.549047819293-0.1310624967762.094158592560.2702165119950.1403352691651.890511789180.57331554034-0.1215206318450.974167047649-0.1213914428821.07403915228-30.4288536682-13.970676957313.5198765744
222.3300850559-2.197183212380.8172248986853.27210088058-1.875996527271.33842795149-0.381463783139-0.157546552935-0.03019149835420.08425392400530.2229428130110.1661742496020.8207400152290.6264852551725.22149108524E-80.9382075664560.2942415444580.07348732687190.844514703457-0.01176757811370.98038018507-30.3396019277-5.760064461989.23573210198
230.0185012230142-0.123744260649-0.007774289521720.3934543345890.2656283480060.2449444952880.4347076300820.286490219831.36665612441-0.2894759760920.134692326363-0.873149445111-0.9277844630340.3862829490891.05539607753E-52.249628325250.408380571566-0.307308204961.65913412049-0.2601370342141.83435130537-17.9747324346-10.516234430628.4315484349
241.701490865571.0349270690.9872219989221.934101122290.2590842798980.989271460495-0.42755214082-0.840372960784-0.2428980642311.010042876521.6427309002-0.6974505679921.171408531340.2177939547230.04669598201842.066163498240.579150591264-0.4070778424211.559736475150.02262342575031.40296659983-27.3261983662-5.0146736895247.9884442755
250.1298143782310.0336932404996-0.08797740110670.3353267016170.1168038789720.1101944637691.84575139845-0.960497349430.4786362662781.244116234360.03707916888471.08045883873-0.528149804241.243034622650.02258458317241.57254541826-0.0690633868372-0.2390048038930.9700998186350.1724115463271.15428507071-33.5444711517-11.657679671749.2717647046
260.18379131156-1.35034242105-1.430486632879.350745077659.715729812281.97952114929-1.093432135270.4303100456132.11475565313-0.0121080446856-1.626908545620.5852141283940.2059104895340.787570851794-3.980866323461.330757358560.375095435959-0.5410151580711.165862436520.4911399169892.34052718777-19.695495319-3.3544488284330.9144803606
272.38233565923-0.0933302222561-1.423469871570.1127623132870.421596533073.35619747127-1.00138084381-0.147282272744-0.09445429861271.097603662710.914679433675-0.4079816582341.43690711695-0.521565270398-0.8881732583342.118113064110.782961819594-0.5003694156731.00015082577-0.0115493426670.952785159435-27.4649942071-8.6565825738254.1133599961
281.48614306108-0.621920770588-2.206132484130.2287518999310.7313855864453.00523501820.3889850243210.429669666877-1.890089042790.27899695605-0.004611133298280.6251601562241.004173930580.254220612756-3.02105520011E-61.204166503390.0303463079492-0.03173085269830.976476233843-0.1186079263971.14985009477-7.1050465789617.5365669598-32.2216273766
291.01580423797-1.439341617730.6796117605632.38130323541-0.7646767055892.388963523080.2255065776420.298333631235-0.1237483636570.152357522094-0.2795102658220.00175486743190.1435983106450.5658092143059.36839950251E-70.607403615109-0.0145411072518-0.01930899606620.981066214931-0.0518438039560.71363600028-2.97508083427.7765704347-37.5523952616
302.021983159841.644199036290.0539483542321.93582100485-1.224805476681.685780363420.08809740562680.1328311134160.2304627485170.03606064786490.03737654692240.4466984440120.730263110970.408414406578-1.70136581142E-61.043809253070.079568373262-0.05618759871540.894652516168-0.1375869563670.90447683114-5.4689639163123.0791179369-35.7206151309
310.0631011413037-0.0407852050688-0.1911703943760.446481959606-0.08183575489980.2769092599161.3502513905-0.583290467568-0.905980575869-0.03670412139930.4273465716630.4230450205690.9462606368850.800227554511-5.1052224833E-71.10007810115-0.0540507004388-0.1175087140361.30100941575-0.01918511610671.070335770312.6242780407615.3251253296-15.6659170448
322.85417066628-0.7286322363111.085605809220.5188018482960.7744071176632.24738378340.689589909432-1.12643052801-0.786154301137-0.5066686829440.272377578510.1059949345640.373753923518-0.7892841362770.1978902061020.8931651147140.1433594856040.06563225498111.19943744027-0.03236466823571.05797954899-7.5237237845423.93995546272.0901936681
330.04416571186550.0368127841572-0.1613816088050.126417104059-0.1349961625460.199594489459-0.4434267525940.426579799639-0.5761347528131.656849894240.117041655993-0.04378092554260.2291497197010.5176158898323.05900262149E-51.60588837535-0.368957445261-0.1338669950031.292346111060.05562709533541.59846374708-15.82101965313.91782051332.72688612028
340.0386415787924-0.218071697515-0.2015226765080.7721637852120.8094122001120.7790918445831.47575936080.0965151969267-0.694626735386-0.139456333655-0.7642735473540.330904109354-0.8132991490460.2793995051694.5080275945E-60.880441532196-0.05341950899560.09081411061220.8694445628380.1966655673721.27392958185-3.9379728311822.4700775226-9.46054345458
352.175447190620.498323926971.69939486733.80635035464-0.8272069135242.25855257581-1.55454199720.235054596183-0.1623316623841.569347052460.2307719528190.3554987982190.331538166864-0.852664724705-2.803628380110.918928172591-0.3990752870390.552987099240.5585352103550.29283834160.757627480237-12.13108298317.71128834756.38182354692
36-1.32431342697-0.07666241985621.086835717220.580953960312-0.08604113529670.9983094188220.3405964267480.106605161598-0.103505355090.191646574807-0.136005635454-0.5261299841540.709375023540.1246023951721.45639312298E-91.93164920992-0.2066769991030.08263578121052.4145730672-0.2743266781851.69680747608-55.4250993399-10.3834998044-44.5888581604
37-0.8035162188631.637620057231.438080998290.2459389717621.355398206291.54228916635-0.3611089775360.710580231027-0.0902363027244-0.2738087081970.689847858078-0.0403220266891-0.2991871193880.8668531656020.008409726133430.931483140058-0.237611248751-0.1344044246611.31008908396-0.1327557711520.985798844657-52.9473456622-3.51056519159-23.5641744038
380.2829392269050.3355576121990.752714744763.81890227334-0.7123322360121.750267381041.120998223570.600562119398-0.2196020538880.9095199033930.3357995555620.0103369565062-0.2277532490990.1869905779110.2708560910961.80693300349-0.156411284905-0.002736041852851.757045916680.09553286613761.41095193562-67.808970689-11.0097831474-36.2878166137
390.568707987415-0.1546732070161.028285922071.25970769923-0.1250131052121.13879361481-0.370555187391-0.0132917241978-0.03539456239930.03001605774740.04866885728160.345415550581-0.0533139357331-0.1659905427624.05847352492E-92.612685066380.327515427920.137024752042.30226967774-0.1049011847622.06232426467-68.9149306762-5.38790590003-39.1818415205
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 36 )AI4 - 361 - 33
22chain 'A' and (resid 37 through 102 )AI37 - 10234 - 99
33chain 'A' and (resid 103 through 115 )AI103 - 115100 - 112
44chain 'A' and (resid 116 through 157 )AI116 - 157113 - 154
55chain 'A' and (resid 158 through 196 )AI158 - 196155 - 193
66chain 'A' and (resid 197 through 228 )AI197 - 228194 - 225
77chain 'H' and (resid 4 through 36 )HJ4 - 361 - 33
88chain 'H' and (resid 37 through 63 )HJ37 - 6334 - 60
99chain 'H' and (resid 64 through 86 )HJ64 - 8661 - 83
1010chain 'H' and (resid 87 through 102 )HJ87 - 10284 - 99
1111chain 'H' and (resid 103 through 115 )HJ103 - 115100 - 112
1212chain 'H' and (resid 116 through 131 )HJ116 - 131113 - 128
1313chain 'H' and (resid 132 through 143 )HJ132 - 143129 - 140
1414chain 'H' and (resid 144 through 157 )HJ144 - 157141 - 154
1515chain 'H' and (resid 158 through 200 )HJ158 - 200155 - 197
1616chain 'H' and (resid 201 through 228 )HJ201 - 228198 - 225
1717chain 'N' and (resid 1 through 20 )NG1 - 20
1818chain 'N' and (resid 21 through 50 )NG21 - 50
1919chain 'N' and (resid 51 through 85 )NG51 - 85
2020chain 'N' and (resid 86 through 128 )NG86 - 128
2121chain 'B' and (resid 1 through 26 )BK1 - 261 - 26
2222chain 'B' and (resid 27 through 103 )BK27 - 10327 - 103
2323chain 'B' and (resid 104 through 114 )BK104 - 114104 - 114
2424chain 'B' and (resid 115 through 151 )BK115 - 151115 - 151
2525chain 'B' and (resid 152 through 164 )BK152 - 164152 - 164
2626chain 'B' and (resid 165 through 175 )BK165 - 175165 - 175
2727chain 'B' and (resid 176 through 215 )BK176 - 215176 - 215
2828chain 'L' and (resid 1 through 26 )LL1 - 261 - 26
2929chain 'L' and (resid 27 through 62 )LL27 - 6227 - 62
3030chain 'L' and (resid 63 through 103 )LL63 - 10363 - 103
3131chain 'L' and (resid 104 through 114 )LL104 - 114104 - 114
3232chain 'L' and (resid 115 through 144 )LL115 - 144115 - 144
3333chain 'L' and (resid 145 through 156 )LL145 - 156145 - 156
3434chain 'L' and (resid 157 through 175 )LL157 - 175157 - 175
3535chain 'L' and (resid 176 through 215 )LL176 - 215176 - 215
3636chain 'R' and (resid 1 through 30 )RH1 - 30
3737chain 'R' and (resid 31 through 50 )RH31 - 50
3838chain 'R' and (resid 51 through 70 )RH51 - 70
3939chain 'R' and (resid 71 through 128 )RH71 - 128

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る