PDB-8usu: Crystal Structure of L-galactose 1-dehydrogenase of Myrciaria dub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8usu

タイトル

Crystal Structure of L-galactose 1-dehydrogenase of Myrciaria dubia in complex with NAD

要素

L-galactose dehydrogenase isoform X1

キーワード

PLANT PROTEIN / L-galactose 1-dehydrogenase / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

L-galactose dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Myrciaria dubia (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C.

資金援助

Peru,

ブラジル, 3件

引用

ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit camu-camu.
著者: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8usu.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8usu.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8usu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7smlC 8sccC 8sg0C 8skbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: L-galactose dehydrogenase isoform X1

B: L-galactose dehydrogenase isoform X1

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-galactose dehydrogenase isoform X1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-galactose dehydrogenase isoform X1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.899, 56.460, 107.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	L-galactose dehydrogenase isoform X1 分子量: 39347.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myrciaria dubia (植物) / 遺伝子: LOC115746657 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B8PVT3, EC: 1.1.1.316
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97718 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.97→48.4 Å / Num. obs: 14789 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.29 % / CC_1/2: 0.959 / R_merge(I) obs: 0.519 / R_rim(I) all: 0.569 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.97-3.15	1.971	2323	0.433	2.154	1
3.15-3.36	1.469	2227	0.588	1.603	1
3.36-3.63	1.025	2091	0.773	1.119	1
3.63-3.97	0.759	1907	0.836	0.835	1
3.97-4.44	0.525	1722	0.886	0.579	1
4.44-5.12	0.362	1561	0.924	0.402	1
5.12-6.25	0.401	1325	0.936	0.439	1
6.25-8.77	0.23	1023	0.986	0.248	1
8.77-48.4	0.125	610	0.988	0.136	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.97→48.4 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	740	5 %
R_work	0.2305	-	-
obs	0.2312	14787	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4621	0	106	0	4727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4821
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	6564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.946	1715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	835

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.97-3.2	0.342	145	0.3061	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2-3.52	0.3059	147	0.2781	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-4.03	0.244	148	0.2509	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-5.07	0.1909	147	0.2029	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-48.4	0.2205	153	0.1851	2901	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1623	0.2554	-1.1803	4.0347	2.4451	3.4822	0.3662	0.0781	0.2285	-0.1482	-0.333	-0.5278	0.3641	-0.0182	0.0344	0.2625	0.0622	-0.0836	0.3502	0.0928	0.2499	30.9017	0.4318	39.8572
2	7.8985	3.5468	-2.5722	2.925	-3.0784	5.8915	-0.2581	0.3593	-0.7982	-1.1849	-0.0155	-0.4511	1.4515	0.0755	0.1831	0.4683	0.0592	0.0011	0.3558	0	0.3325	36.7463	-11.8516	35.037
3	1.486	0.6137	-0.5663	0.9197	-0.4869	2.0013	-0.0685	0.127	-0.1732	-0.1347	0.1116	0.0565	0.1246	-0.0215	-0.0949	0.1496	0.0373	-0.0795	0.3112	-0.039	0.2693	29.5261	-7.933	47.7912
4	2.1949	-0.8113	0.3348	2.4682	-0.1408	1.2159	0.0669	-0.1905	-0.0156	-0.0738	-0.0599	0.0092	-0.231	-0.0802	-0.0095	0.0918	-0.005	-0.0623	0.2548	-0.0055	0.3512	21.6632	2.6787	52.0682
5	2.5577	2.0555	-0.1743	4.0457	-1.978	3.573	-0.3011	0.2956	-0.2131	-1.1317	-0.0347	-0.2058	0.5044	-0.4486	0.1124	0.9164	-0.1381	-0.2168	0.4466	0.0496	0.3599	8.9974	-4.3731	27.8296
6	3.1525	-0.2812	-0.5988	2.2807	-1.1158	0.7027	0.3957	0.2514	-0.0872	-0.7549	-0.3198	-0.4374	0.1022	0.2898	-0.1071	0.3369	0.1105	-0.0036	0.4388	0.0043	0.2784	23.25	3.1854	30.4875
7	2.6247	-0.0007	-1.1905	2.4251	-0.9377	0.8519	0.4449	0.5106	0.1331	-0.2678	-0.055	0.3049	-0.1732	-0.1686	-0.3645	0.2435	0.0401	-0.0707	0.428	-0.0253	0.3589	17.9763	3.9961	28.2108
8	8.1701	0.1729	1.5017	9.7106	-5.5433	3.478	-0.035	-0.0235	-0.006	0.0505	-0.0674	-0.1199	-0.0508	0.0545	0.0919	1.2456	-0.5488	-0.2682	0.7926	0.2455	1.3258	2.5237	-0.4989	55.5808
9	1.7432	1.6022	-0.3251	6.1063	0.56	0.5392	0.0378	-0.1461	-0.2197	-0.467	-0.2761	-0.2682	-0.039	0.011	0.1722	0.5011	0.0318	-0.0641	0.3829	-0.0181	0.3463	40.0497	-23.6091	21.8029
10	2.584	1.6873	-0.1711	1.5013	1.0404	4.4756	-0.0583	-0.054	-0.2984	-0.4116	0.0044	-0.9772	-0.54	0.4994	0.035	0.5835	0.053	0.0642	0.3088	0.0882	0.6818	43.9716	-19.2208	9.8361
11	1.4573	-0.3253	-1.5747	2.5668	-0.215	2.1889	-0.301	0.2575	-0.1453	-1.2098	-0.1057	-0.8298	0.3185	0.214	0.2508	0.8962	0.1064	0.3123	0.3745	0.0654	0.5801	41.8934	-30.7062	1.5574
12	2.5072	0.6449	-0.5674	3.6295	-1.4997	3.1883	-0.098	0.0769	-0.1146	-0.3731	0.09	0.3804	-0.0959	-0.3032	-0.0003	0.3862	0.0459	-0.058	0.2944	-0.0142	0.2917	24.0735	-31.5385	17.8632

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 251 through 278 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 279 through 321 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 322 through 322 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 53 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 54 through 118 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 119 through 187 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 188 through 321 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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