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Yorodumi- PDB-8scc: Crystal Structure of L-galactose 1-dehydrogenase de Myrciaria dubia -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8scc | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of L-galactose 1-dehydrogenase de Myrciaria dubia | ||||||||||||
Components | L-galactose dehydrogenase | ||||||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / L-galactose 1-dehydrogenase / Enzyme | ||||||||||||
Biological species | Myrciaria dubia (camu-camu) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09 Å | ||||||||||||
Authors | Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
Funding support | Peru, Brazil, 3items
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Citation | Journal: J.Exp.Bot. / Year: 2024 Title: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit camu-camu. Authors: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8scc.cif.gz | 249.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8scc.ent.gz | 200.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8scc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8scc_validation.pdf.gz | 429.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8scc_full_validation.pdf.gz | 431.1 KB | Display | |
Data in XML | 8scc_validation.xml.gz | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8scc_validation.cif.gz | 37.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/8scc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/8scc | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39347.012 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Myrciaria dubia (camu-camu) / Plasmid: pET151/D-TOPO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DE3 / References: EC: 1.1.1.316 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.5M Ammonium sulfate, 1.0M Lithium sulfate, 0.1M Sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS SIRIUS / Beamline: MANACA / Wavelength: 0.97718 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 28, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97718 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.09→101.23 Å / Num. obs: 41096 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.273 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 168734 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.2 Å / % possible obs: 87.1 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Num. measured all: 20450 / Num. unique obs: 5282 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.049 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09→101.23 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→101.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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