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- PDB-8usn: Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8usn
タイトルIntracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom
要素
  • Membrane-associated protein VP24
  • Nucleoprotein
  • Polymerase cofactor VP35
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleoprotein / nucleocapsid / Ebola virus / EBOV / filovirus / subtomogram averaging / cryo-ET / FIB / intracellular / in situ
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host immune response / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging ...symbiont-mediated suppression of host immune response / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral transcription / molecular sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral genome replication / viral budding from plasma membrane / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleoprotein / Polymerase cofactor VP35 / Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire (エボラウイルス)
1976
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Watanabe, R. / Zyla, D. / Saphire, E.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Intracellular Ebola virus nucleocapsid assembly revealed by in situ cryo-electron tomography.
著者: Reika Watanabe / Dawid Zyla / Diptiben Parekh / Connor Hong / Ying Jones / Sharon L Schendel / William Wan / Guillaume Castillon / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the ...Filoviruses, including the Ebola and Marburg viruses, cause hemorrhagic fevers with up to 90% lethality. The viral nucleocapsid is assembled by polymerization of the nucleoprotein (NP) along the viral genome, together with the viral proteins VP24 and VP35. We employed cryo-electron tomography of cells transfected with viral proteins and infected with model Ebola virus to illuminate assembly intermediates, as well as a 9 Å map of the complete intracellular assembly. This structure reveals a previously unresolved third and outer layer of NP complexed with VP35. The intrinsically disordered region, together with the C-terminal domain of this outer layer of NP, provides the constant width between intracellular nucleocapsid bundles and likely functions as a flexible tether to the viral matrix protein in the virion. A comparison of intracellular nucleocapsids with prior in-virion nucleocapsid structures reveals that the nucleocapsid further condenses vertically in the virion. The interfaces responsible for nucleocapsid assembly are highly conserved and offer targets for broadly effective antivirals.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_naturalsource
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_naturalsource.id
改定 2.02025年10月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update ..._atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 1.12025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / struct_ref_seq / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
E: Nucleoprotein
I: Membrane-associated protein VP24
J: Membrane-associated protein VP24
K: Polymerase cofactor VP35
F: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,3319
ポリマ－385,3319
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein


分子量: 83387.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N-terminal part of nucleoprotein
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293T / 参照: UniProt: P18272
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sample RNA sequence / 由来: (組換発現) Zaire (エボラウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293T
#3: タンパク質 Membrane-associated protein VP24 / Ebola VP24 / eVP24


分子量: 28250.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VP24
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: VP24 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293T / 参照: UniProt: Q05322
#4: タンパク質 Polymerase cofactor VP35


分子量: 37403.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain of VP35
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: VP35 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293T / 参照: UniProt: Q05127
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1ComplexVIRUS3 virus proteins were expressed from a plasmid in HEK 293T cellsall0RECOMBINANT
2NP core with RNACOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Outer NP with VP35 NP-binding peptideCOMPLEX#1, #41RECOMBINANT
4VP24 second layer of nucleocapsidCOMPLEX#31RECOMBINANT
5VP35 CTDCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
24
35
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)128952
22Homo sapiens (ヒト)9606
34Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)128952
45Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)128952
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293T
33Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293T
44Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293T
55Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293T
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NONOOTHERVIRUS-LIKE PARTICLE
24
35
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens9606
24Homo sapiens9606
35Homo sapiens9606
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: FIB-milled-plunge-frozen cell expressing EBOV NP(601-739 truncated), VP24 and VP35
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.5 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 160 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4WarpCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28000 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 25 / Num. of volumes extracted: 102000
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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