PDB-8usi: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG198 in unbound state, 280 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8usi

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG198 in unbound state, 280 K

要素

Kemp eliminase

キーワード

HYDROLASE / De novo enzyme design / computational protein design / Kemp eliminases / biocatalysis / directed evolution / X-ray crystallography

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seifinoferest, B.

資金援助

カナダ,

フランス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)		カナダ
Canada Foundation for Innovation		カナダ
Human Frontier Science Program (HFSP)		フランス
Department of Energy (DOE, United States)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling.
著者: Rakotoharisoa, R.V. / Seifinoferest, B. / Zarifi, N. / Miller, J.D.M. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8usi.cif.gz	225.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8usi.ent.gz	149.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8usi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8useC 8usfC 8usgC 8ushC 8usjC 8uskC 8uslC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp eliminase

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.677, 58.715, 51.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Kemp eliminase 分子量: 34339.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 6 mg/mL protein, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 1.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 280 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→58.72 Å / Num. obs: 21360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 9.58 Å² / CC_1/2: 0.955 / R_merge(I) obs: 0.264 / R_pim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1030 / CC_1/2: 0.493 / R_pim(I) all: 0.517 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.492	データ削減
DIALS	Xia2 0.5.492	データ削減
Aimless	Xia2 0.5.492	データスケーリング
Coot	0.8.9.236	モデル構築
PHASER	v1.13.2998	位相決定
PHENIX	v1.13.2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→51.08 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8074
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	1023	4.8 %
R_work	0.1585	20311	-
obs	0.1604	21334	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→51.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	0	294	2596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	2473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6068	3397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7214	887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-2	0.2827	143	0.2486	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2-2.13	0.244	164	0.2105	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.13-2.29	0.2474	144	0.1905	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.52	0.2314	154	0.1751	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.52-2.88	0.2012	141	0.1603	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.88-3.63	0.1888	136	0.1294	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.63-51.08	0.125	141	0.1094	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6507480411	2.5094421665	-1.49439114585	2.97355391697	-1.12090645175	1.52736216447	-0.0383585497376	-0.109955255304	-0.0150555825427	-0.0165382713664	0.0219307052354	0.0169481135598	0.0975132048401	0.20716647111	0.0301917851309	0.0863962619568	0.0266808672771	-0.00235432475657	0.0929553401693	-0.0147455993247	0.0992468677652	16.0483338022	-12.6176776103	26.7013068608
2	0.364735525899	-0.0132593998191	0.500021897894	0.138643740709	-0.243036996492	1.83989948314	0.0433109363479	0.000974083501655	0.0343099693933	-0.0032495367706	-0.0176047239325	-0.0204295392392	-0.0135797721699	0.104542511577	-0.0162410876553	0.112609782742	-0.00142192629009	0.00252671188847	0.113269759734	-0.0036866983258	0.120681626249	13.861433291	-7.10237855538	9.25011898725
3	0.526330549832	-0.208460022673	-0.215418118833	0.8542893813	-0.728096118107	2.11958186733	0.0400261049185	-0.0123918735534	-0.00344019891182	-0.094571778511	-0.0151461782064	-0.0305763891623	0.157907524797	0.0933043640754	-0.0190027602824	0.096579797889	-0.00704297154015	0.000343314875604	0.100972410805	-0.0114270409323	0.0926861025441	7.14452576464	-13.1753689123	2.59555133816
4	0.394801807805	-0.264400290075	-0.502331276754	0.77454097559	0.334722712191	1.38397705442	-0.000640773964125	0.0510909169213	0.00980370988745	-0.0269414755604	-0.0191699175382	0.00470241522063	-0.0358056814535	-0.0913048587438	0.00252049470447	0.1037324205	-0.00527246379191	-0.00446503877614	0.102656971856	-0.00822434239624	0.0961140980774	-3.38665009473	-8.12024105384	9.26443499662
5	0.674148520594	-1.09280664322	-1.23888688745	4.34840564855	2.56243079942	2.87463408135	-0.0101958797401	0.120848559418	-0.0552432155366	0.0490517360319	-0.0750223837663	0.206665395688	0.125897233638	-0.150730570833	0.138947523008	0.0880947066811	-0.0190258082358	-0.0364795851013	0.149696360835	-0.00695815693246	0.125636164248	-11.6100002934	-11.0361985958	14.492100809
6	0.719062331966	0.565266119044	0.310595525249	0.729559631504	0.677264992377	0.997759454033	0.00824764320074	-0.0328508740721	0.0123854245788	0.0283826994697	-0.0159515639604	0.0127924598546	0.028768260698	-0.0194091200191	0.00952431939145	0.0971018570103	0.00156266575971	0.00687760071704	0.0834724678559	0.000966401823207	0.101155049331	0.946333226144	-8.7360282301	25.7259380246
7	2.75086767571	0.365917533839	-0.799796604588	3.24686089146	-0.164727737389	1.47189222938	0.116150888258	0.0384546050718	0.18814244381	0.00506107906294	-0.140871224521	-0.170333892633	-0.127676985747	0.192701377333	-0.0510963040791	0.0647056545901	-0.0029175776018	0.0104020668046	0.14572939228	-0.0106378510999	0.0780206849327	13.7045269727	-1.94622151242	32.9026171577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 271 through 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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