PDB-8usg: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG630 in unbound state, 280 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8usg

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG630 in unbound state, 280 K

要素

Kemp eliminase

キーワード

HYDROLASE / De novo enzyme design / computational protein design / Kemp eliminases / biocatalysis / directed evolution / X-ray crystallography

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Seifinoferest, B.

資金援助

カナダ,

フランス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)		カナダ
Canada Foundation for Innovation		カナダ
Human Frontier Science Program (HFSP)		フランス
Department of Energy (DOE, United States)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling.
著者: Rakotoharisoa, R.V. / Seifinoferest, B. / Zarifi, N. / Miller, J.D.M. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8usg.cif.gz	462.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8usg.ent.gz	316.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8usg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8useC 8usfC 8ushC 8usiC 8usjC 8uskC 8uslC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp eliminase

B: Kemp eliminase

ヘテロ分子

68.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.116, 77.521, 93.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.444, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Kemp eliminase 分子量: 34252.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 10.6 mg/mL protein, 100 mM sodium acetate, pH 4.8, 1.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 280 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→90.6 Å / Num. obs: 164672 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.06 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8177 / CC_1/2: 0.477 / R_pim(I) all: 0.585 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.492	データ削減
DIALS	Xia2 0.5.492	データ削減
Aimless	Xia2 0.5.492	データスケーリング
Coot	0.8.9.236	モデル構築
PHASER	v1.13.2998	位相決定
PHENIX	v1.13-2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→45.24 Å / SU ML: 0.128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.4204
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1408	7216	4.92 %
R_work	0.1274	139565	-
obs	0.1281	146781	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→45.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4570	0	10	557	5137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	5330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0029	7376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0747	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0566	1960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.39	0.2824	255	0.2725	4243	X-RAY DIFFRACTION	90.25
1.39-1.4	0.257	201	0.2487	4511	X-RAY DIFFRACTION	97.07
1.4-1.42	0.2379	238	0.2232	4669	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.42-1.44	0.2307	244	0.2143	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.44-1.46	0.2215	244	0.204	4646	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.46-1.48	0.2016	200	0.1983	4674	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.48-1.5	0.2266	233	0.1864	4683	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.5-1.52	0.1848	273	0.1754	4579	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.52-1.54	0.2052	224	0.1707	4695	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.54-1.57	0.1754	251	0.1626	4607	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.57-1.6	0.1816	230	0.1591	4710	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.6-1.62	0.1834	264	0.1584	4634	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.62-1.66	0.1565	279	0.15	4622	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.66-1.69	0.1675	232	0.1444	4693	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.69-1.73	0.1711	259	0.14	4617	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.73-1.77	0.1582	227	0.1339	4700	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.77-1.81	0.1403	214	0.1274	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.81-1.86	0.1367	239	0.1188	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.86-1.91	0.1419	216	0.1141	4705	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.91-1.98	0.1287	271	0.1124	4665	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.98-2.05	0.1403	257	0.1161	4647	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.05-2.13	0.137	232	0.1117	4678	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.13-2.23	0.1107	266	0.1058	4643	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.23-2.34	0.1115	210	0.1067	4708	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.34-2.49	0.1245	257	0.1088	4657	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.49-2.68	0.1356	209	0.1209	4736	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.68-2.95	0.1335	223	0.1263	4707	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.95-3.38	0.1402	264	0.1309	4703	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.38-4.26	0.1117	249	0.1056	4727	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.26-45.24	0.1294	255	0.1188	4783	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.10940292452	0.180927144454	0.560146620398	1.3146489508	0.510441449902	2.3940234638	-0.0361693613676	0.0216096596241	0.0903663672804	-0.0457026995947	-0.0148128641698	-0.0565322226797	-0.0618643859823	0.052037849351	0.0439692952829	0.174175125029	0.00154966034676	0.00446858505773	0.141502624162	0.00900452960824	0.152732673792	4.83755411743	11.3989140596	6.26268931023
2	1.13134757306	0.265075490479	-0.203016882839	1.14927515241	-0.105396398144	0.671155553593	0.056364875044	-0.180539718854	-0.0191105368218	0.192931027568	-0.0721137521457	0.231929258444	0.0314695350025	-0.0571114235463	0.0233014891698	0.232185098817	-0.00131987462774	0.0467261643746	0.205525145076	-0.00832547026467	0.193705456136	-10.8274479423	5.0746455097	18.5664731707
3	1.13155322075	-0.247971367479	-0.53014876336	1.00760556475	0.350425018194	0.996024542959	-0.031788299001	0.0384371113256	-0.0197112405971	0.0455008297271	-0.0028872213195	0.283655205418	0.0434448702855	-0.135705489503	0.0271807557936	0.168041368727	-0.00830453100322	0.00843322770185	0.179309451222	-0.0119673313559	0.198572057574	-14.3750518866	-4.08520910087	9.5922887343
4	4.62286148474	-1.54726982863	1.45668898357	2.03323898479	-0.777645782219	2.4830940479	0.0328806764278	0.269049650504	-0.185106953449	-0.302590563955	-0.108849651589	0.293106575777	0.277562576546	-0.0505366422549	0.129730922396	0.249990814787	-0.022170547186	-0.015219418729	0.191359901769	-0.0384080437686	0.210551034846	-11.2313553913	-14.4688159757	-0.150632637975
5	1.08223545033	0.42905618243	0.329937229807	0.972435843849	0.283651893871	0.668287131092	0.00831065508052	0.0651289043271	-0.080623194717	-0.115563868592	0.0274027075911	-0.0191690041594	0.0235187859537	0.0114505382214	-0.0257977397252	0.174435679947	0.00566776623924	0.00645967755838	0.149528583988	-0.0102052575083	0.131749319411	3.01226246784	-4.14681514209	1.75526579533
6	1.5761343871	0.18219982797	0.339884005268	2.04328551396	0.614175143012	2.37997425749	0.0391829983676	0.0750812316178	0.0547241715569	-0.0281627386098	0.0268614172416	-0.131128490774	0.00610268421039	0.224883748688	-0.0622536928085	0.137338566981	0.00132757076767	0.0175015824775	0.157864061561	-0.0169066182698	0.150957565145	15.1639839239	4.50399983906	7.95738208094
7	1.05570905159	0.227173838049	0.472492320454	1.53063267029	0.643081127612	2.29434348355	0.029077077287	-0.0146490646016	-0.0351660902629	0.0512710738918	-0.0463635493553	-0.0870275003757	0.0347717494904	-0.0356077124916	0.00222211965851	0.132708805043	-0.00405198057577	-0.00657083225012	0.122876718493	0.0068929522311	0.146086238996	13.8281896477	4.79060321788	36.935832588
8	1.1598389248	-0.114730531946	0.0161623930566	0.701977563952	0.0600345743494	0.342765944379	0.0290367776678	0.0596111714854	0.0642337551025	-0.0318305240915	-0.0518620619167	0.102819338584	-0.0321621592718	-0.0476068804347	0.0234793794404	0.133328154337	-0.000235038457144	-0.0143805644504	0.15940395964	-0.0091835337952	0.160161852818	-5.06677188055	11.6518646279	35.0456185624
9	1.36325388032	-0.0173655208816	0.611802246143	1.12954555151	-0.208337121751	0.743403173716	0.0157273777561	-0.11644865964	-0.00303437046019	0.080300011753	-0.0358632051589	0.202958717246	0.0336670715164	-0.0905839796235	0.0355357481019	0.115440624098	-0.0141406775143	0.0108218981636	0.157593219722	-0.0318912939806	0.140420613605	-8.07430422884	13.85070418	44.1288992345
10	1.31480395999	0.505807249223	0.0345155655887	1.15592484939	0.0169188816518	0.414840097251	0.0261140142877	-0.105620911312	0.171046741022	0.0445643341166	-0.0727673025554	0.143557930227	-0.0376025607136	-0.0382143564856	0.0407170055661	0.143944447554	0.00148349321174	0.000871758310368	0.163306069951	-0.0392825156945	0.163063739331	-0.809184160929	25.310815252	44.7616129953
11	1.69245844995	0.823676106125	-1.23107017433	1.11999447256	-0.649947543388	2.89647503466	0.00495195090347	-0.18320285813	0.180713341012	0.171330987825	-0.0889754664782	0.0725921789901	-0.00320858279433	0.000237951262289	0.054278028764	0.177895664403	0.00332464871899	0.00430563557763	0.199311848232	-0.048797703563	0.189402664424	5.33372462965	30.8585340236	49.9323384241
12	0.630985330415	-0.000529934483609	-0.0593358998307	0.915706462203	0.520475218399	0.980733762895	0.024826094814	-0.00782636622661	0.00393237391166	-0.00947777880921	-0.00176296648273	-0.0556257562676	-0.0436355401822	0.0266186391523	-0.0195798546074	0.115800335947	-0.00151671279289	-0.0084451804427	0.124502101063	-0.00473933816998	0.130629930272	17.247995514	17.2977177302	37.8686783874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 197 through 270 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 271 through 303 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 182 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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