PDB-8usf: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG649 with bound transition s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8usf

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG649 with bound transition state analogue, 280 K

要素

Kemp eliminase

キーワード

HYDROLASE / De novo enzyme design / computational protein design / Kemp eliminases / biocatalysis / directed evolution / X-ray crystallography

機能・相同性

6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Seifinoferest, B.

資金援助

カナダ,

フランス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
Canada Foundation for Innovation		カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)		カナダ
Human Frontier Science Program (HFSP)		フランス
Department of Energy (DOE, United States)		米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling.
著者: Rakotoharisoa, R.V. / Seifinoferest, B. / Zarifi, N. / Miller, J.D.M. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8usf.cif.gz	478.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8usf.ent.gz	328.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8usf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8usf_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8usf_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8usf_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	8usf_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8usf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8useC 8usgC 8ushC 8usiC 8usjC 8uskC 8uslC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp eliminase

B: Kemp eliminase

ヘテロ分子

69.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kemp eliminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.072, 77.465, 93.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.276, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Kemp eliminase 分子量: 34402.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 12.5 mg/mL protein, 30% PEG4000, 0.3 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 280 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→90.5 Å / Num. obs: 124369 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.51 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6172 / CC_1/2: 0.452 / R_pim(I) all: 0.552 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.492	データ削減
DIALS	Xia2 0.5.492	データ削減
Aimless	Xia2 0.5.492	データスケーリング
Coot	0.8.9.236	モデル構築
PHASER	v1.13.2998	位相決定
PHENIX	v1.13.2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→90.5 Å / SU ML: 0.1482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.6664
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1567	6289	5.06 %
R_work	0.1373	118031	-
obs	0.1383	124320	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→90.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4574	0	24	670	5268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5462
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8853	7561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0711	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6976	2015

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.3171	201	0.288	3942	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.47-1.48	0.315	184	0.2715	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.48-1.5	0.2409	189	0.2612	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.5-1.52	0.2563	232	0.24	3903	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.52-1.54	0.2773	193	0.2409	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.54-1.56	0.2731	226	0.228	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.56-1.58	0.2257	198	0.2057	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.58-1.61	0.2246	229	0.2115	3881	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.61-1.63	0.1918	229	0.1968	3875	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.63-1.66	0.2504	218	0.1962	3936	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.66-1.69	0.2064	212	0.1879	3942	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.69-1.72	0.1949	172	0.1807	3936	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.72-1.75	0.1905	182	0.1738	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.75-1.79	0.1954	209	0.172	3894	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.79-1.83	0.1801	236	0.1577	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.83-1.87	0.1719	218	0.1469	3894	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.87-1.92	0.1723	222	0.1395	3917	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.92-1.97	0.147	195	0.1278	3995	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.03	0.1531	199	0.1244	3888	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.03-2.09	0.1503	225	0.1217	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.09-2.17	0.1298	215	0.1165	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.17-2.25	0.1243	188	0.11	3969	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.25-2.36	0.132	215	0.1108	3951	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.36-2.48	0.1194	216	0.1089	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.48-2.63	0.1392	218	0.1149	3935	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.84	0.1416	208	0.1208	3993	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.84-3.12	0.1541	203	0.1218	3952	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.12-3.58	0.1229	186	0.1162	3972	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.58-4.51	0.1167	227	0.1015	3960	X-RAY DIFFRACTION	99.6
4.51-90.5	0.1465	244	0.1297	4025	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.13417864106	0.151006662504	0.480666470896	1.47715088044	0.611713438645	2.31559762734	0.0207391299463	0.0188345847974	-0.0710675096667	0.0156712905267	-0.0259256115333	-0.0808307080801	0.0554186558358	0.000567885908095	0.00757564850522	0.108648141925	-0.00820432928551	-0.0061814536508	0.0918664511413	0.00889651406795	0.121644111235	13.6942581385	4.77569979269	36.5639987906
2	0.895790033109	0.057897358435	0.0392694431911	0.804147502566	0.0421434801035	0.360536725028	0.0146781796154	0.0540621886611	0.0437672988643	-0.0207519266213	-0.0439973862667	0.143617355806	-0.0197629654255	-0.0624756591169	0.0266985488198	0.105934518195	0.00194096573735	-0.0162555212763	0.138988141473	-0.0103932270531	0.125364843419	-5.2968902199	11.9281544978	34.9688655419
3	1.60030170719	-0.196920724977	0.617214137593	1.0340882082	-0.283704866795	0.689514761006	0.0150691160321	-0.166699655768	0.0162922381621	0.0674292546233	-0.0183056219719	0.208661911978	0.0120022624731	-0.116013619841	0.0151244236808	0.0904731736422	-0.0123113993613	0.00799361414356	0.144461038303	-0.028205063371	0.126425389567	-8.77560343516	14.5608910435	43.9146235377
4	0.956598886873	0.490889884641	0.00138079360341	0.79156119624	0.0749839042703	0.523138605503	0.0275236259641	-0.12065442498	0.153083338953	0.0339140366574	-0.0700656034058	0.13246805769	-0.0384765489661	-0.0817133830146	0.0329959049971	0.115567437342	0.00533822457047	-0.00272066634476	0.149438764542	-0.0331270349484	0.144855217506	-0.710927563052	25.2125318223	44.7821534674
5	1.94824247163	0.88162469764	-1.69533979873	1.0789656822	-1.06402864996	2.99119840451	0.0488868921549	-0.216563691861	0.170935298173	0.201816726892	-0.111970767471	0.136210501289	-0.0060977910422	-0.00458288911597	0.0771161923212	0.151460699208	0.00187083600564	0.00214362350083	0.15764556913	-0.0589182041313	0.167400610035	5.0104293355	30.8222153554	50.8569107194
6	0.584109010746	-0.0135604889712	-0.119396646854	0.830627876506	0.446982112505	1.08624925439	0.0223991746066	-0.0173820619022	0.0017717757286	-0.00394547796489	-0.00541697975992	-0.0608812129887	-0.0439480107727	0.0370968006028	-0.0245719354837	0.0900767912521	-0.00195023343087	-0.0105421211296	0.0961166761972	-0.00221141847167	0.107230315359	17.5720330163	17.4526752219	38.1398714461
7	1.02291941253	0.225686952238	0.440606866992	1.47854018904	0.583161321836	2.75081439639	-0.0197148488692	0.0312901515723	0.0946833511133	-0.00545090171643	0.00431512311192	-0.0688678566199	-0.110600710315	0.0765464820619	0.0238115612832	0.151554811444	0.0067670776325	5.8677491456E-5	0.105898356783	0.0110553963152	0.124431559354	4.69723315309	11.3485777057	6.62398742209
8	0.974326669796	0.247135941635	-0.214111387042	1.06755578278	-0.11614819286	0.626046297352	0.0809006311317	-0.178609028837	0.070402599412	0.285252604328	-0.0583306351233	0.348953186647	0.0123879314849	-0.0954430876469	-0.0113888908784	0.232592498836	-0.00768966467258	0.0621553297239	0.185011975267	-0.0138691038178	0.175490079419	-10.7143828102	5.17888749811	18.4512887586
9	1.15644837568	0.323582328448	-0.690109935943	1.20697728321	-0.396629111171	1.43894050503	0.0187602176169	-0.0267236784781	0.0924836332718	0.0949141993824	0.00640381115246	0.460891516645	0.00224527576072	-0.184397406551	-0.0284872874528	0.154994090381	0.00297011483708	0.0403691895698	0.171900864291	-0.0192863255718	0.242457471842	-18.0614666679	2.89433504728	12.5068047918
10	1.11304289704	-0.293030082905	-0.295878843203	1.31922725189	0.25534481572	0.771961784134	-0.0391407300006	0.0362323068058	-0.0749070912113	0.110948788935	-0.0154694750479	0.296435456731	0.121776434771	-0.117107563295	0.0401672842182	0.172682028736	-0.0208829818976	0.0167712172481	0.154818322257	-0.0102778704316	0.189233657448	-12.455067112	-8.72246835084	8.48173783522
11	4.05033748314	-1.4914540167	1.33819893986	1.73720804146	-0.510228610463	1.10074447694	-0.0694691773379	0.155447064775	-0.106028294692	-0.227211325251	-0.0231636742609	0.313391375759	0.120051968774	-0.0490561975464	0.0893859224097	0.206197497783	-0.0152387186805	-0.0199356267686	0.151995971727	-0.0260613457999	0.191034320516	-11.293997961	-14.3152457414	0.535599647379
12	1.46497385587	0.209104718986	0.442908398411	0.88899917835	0.280235984289	0.766403261876	0.0382253162076	0.0303923477584	-0.0758511199156	-0.0871173985781	0.0142464552788	0.00477657432329	0.0626830331996	-0.0264623910909	-0.0325539478254	0.155023544319	-0.00147947485566	0.00132506441693	0.11656176075	-0.00551190322739	0.11159207452	0.971693459091	-6.39309141231	2.0773080608
13	1.4603874515	0.138268503347	0.0206095221909	1.6215800639	0.661807398691	1.09856692622	-0.00801060074453	0.171312618258	-0.0097008211924	-0.198308067834	0.0127623198564	0.00923903660344	-0.0432281282784	0.0818482785392	-0.0292072817279	0.175216862199	0.00045486879019	0.0189976035093	0.138788181903	0.00349351194873	0.114647291995	6.45987640338	-0.667356091284	-0.57727929684
14	1.75173782846	0.261605197331	0.819113135956	2.13177174798	-0.0404800824561	1.94160961775	0.0477129922935	0.0732909694312	0.0443469211354	0.000792817922895	0.0172929567756	-0.118425813118	0.041284197641	0.238979592696	-0.0399940119861	0.111097102079	0.00409862803378	0.0123527975971	0.104224878455	-0.013595420567	0.113263219396	14.9700890098	4.0659414189	8.70967416505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 303 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 182 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 244 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 245 through 270 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 271 through 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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