PDB-8us8: Crystal structure of B1E11K malarial antibody in complex with RES...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8us8

タイトル

Crystal structure of B1E11K malarial antibody in complex with RESA repeat peptide

要素

(B1E11K Fab A ...) x 2
Ring-infected erythrocyte surface antigen peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria / antibody / homotypic

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Yoo, R. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Target-agnostic identification of human antibodies to Plasmodium falciparum sexual forms reveals cross-stage recognition of glutamate-rich repeats.
著者: Amen, A. / Yoo, R. / Fabra-Garcia, A. / Bolscher, J. / Stone, W.J.R. / Bally, I. / Dergan-Dylon, S. / Kucharska, I. / de Jong, R.M. / de Bruijni, M. / Bousema, T. / King, C.R. / MacGill, R.S. ...

履歴

登録	2023年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8us8.cif.gz	421 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8us8.ent.gz	287.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8us8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

H: B1E11K Fab A Heavy Chain

L: B1E11K Fab A Kappa Light Chain

A: B1E11K Fab A Heavy Chain

B: B1E11K Fab A Kappa Light Chain

R: Ring-infected erythrocyte surface antigen peptide

ヘテロ分子

96.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.704, 186.289, 131.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 R

#3: タンパク質・ペプチド	Ring-infected erythrocyte surface antigen peptide 分子量: 2131.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P13830

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	B1E11K Fab A Heavy Chain 分子量: 23365.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	B1E11K Fab A Kappa Light Chain 分子量: 23642.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 135分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.2, 0.1 M NH4)2SO4, 25% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→39.67 Å / Num. obs: 31520 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 65.06 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.56→2.65 Å / Num. unique obs: 3067 / CC_1/2: 0.365

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.56→39.67 Å / SU ML: 0.3766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.5666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1575	5 %
R_work	0.2157	29939	-
obs	0.2173	31514	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→39.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6627	0	24	130	6781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	6796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4687	9233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0412	1031
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.1521	2437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.56-2.64	0.3551	139	0.3511	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.64-2.74	0.3455	142	0.3286	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.85	0.3083	140	0.3113	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.85-2.98	0.3822	143	0.3063	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.98-3.13	0.34	143	0.2839	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.13-3.33	0.305	141	0.2651	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.33-3.59	0.2679	143	0.239	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.95	0.2251	144	0.2032	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.95-4.52	0.2133	143	0.1726	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.52-5.69	0.1912	145	0.1686	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.69-39.67	0.221	152	0.19	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0576080192793	-0.022071670208	0.00070730838093	-0.00615858188571	-0.0296523175752	0.0312569769356	-0.00515301310575	0.0127902214778	-0.099452832235	0.12076178894	-0.0651226202113	-0.0164207717545	-0.0227594439959	-0.0198527191561	4.9365529284	0.621621639744	0.0230737129153	-0.024733392044	0.278898949287	0.0976762601046	0.267465293713	21.006	-16.639	24.051
2	0.00987662576522	0.0358568662032	-0.0588678240699	0.0177604724644	0.00361472775615	-0.0173448863189	0.190363661884	0.0518220386011	0.0171245106628	0.0865595738105	0.321027197595	-0.0292468207455	0.0127275885154	-0.111924336238	-3.08020676759	0.34630113987	0.163532728456	0.00431524731577	0.377437746754	-0.00273410514102	0.185328272005	15.695	-6.394	30.326
3	0.0713284138142	0.0207822930862	0.0881389218111	0.148707571618	-0.0678638436384	0.0180383225148	0.051450509063	0.144333692929	0.0387937514412	0.113954630193	-0.0186528120577	-0.1512426824	0.0199439378753	-0.0965377015304	7.44848308933	0.415491314084	0.0558177419935	0.00835579282561	0.377056886547	0.0127789569394	0.269652353457	15.625	-7.059	19.651
4	0.0113833954815	0.084604700073	-0.0521946786974	-0.0459194889385	-0.00319763874306	0.048665973735	-0.0818921382649	0.00411533732661	-0.059467338558	0.0721206505548	0.322423203926	-0.00559604605878	0.00820263247275	-0.0675258633123	-1.417076301	0.472483683501	0.0396379975385	-0.0787360555898	0.408173353781	-0.0496085143101	0.280709599689	22.523	-9.181	20.208
5	-0.00973669581456	-0.0175517582615	-0.0185097268248	-0.0948561233792	0.024241535235	-0.0263239161217	0.0956133681378	-0.120363425769	-0.281261789884	-0.116367930448	-0.244956708755	-0.409349244974	0.149067058045	-0.602845402058	-1.03493812866	0.513006855786	0.0863095144792	0.0469502582645	0.0544347127873	0.0379383736638	0.619201401871	41.236	-28.608	11.1
6	0.0224957798234	0.0683852627119	-0.0267070540015	0.148700659862	0.0883497949942	0.0601370398861	0.0769501113892	-0.0265979280511	0.0842829669262	-0.0883966098219	-0.310074494988	-0.454153099348	-0.0489144702597	-0.399024869577	4.60436595164	0.575420518307	0.0798789503802	-0.00905103913375	0.440365784745	0.0774874912317	0.873307277716	47.266	-26.265	14.506
7	0.00964332323825	-0.00125288163365	-0.0256144674554	0.0273951460817	-0.0037157971791	-0.037506404433	-0.0619338042807	-0.00819595997023	0.02525657445	-0.054027815523	-0.179488787638	-0.314860122446	0.139888411745	-0.281511130145	4.64680181663	0.612295284286	0.171168082619	0.0667448821638	0.403672941831	0.0459676694862	0.983164844576	46.404	-34.479	17.315
8	0.0897305136462	-0.159550294947	-0.135902354334	0.266198519248	0.0339242475994	0.253947524812	-0.0306144972411	0.00666642832008	0.0289665016885	-0.0281758299221	0.0124281881472	-0.23785445192	-0.0102059226632	-0.137962372973	1.87819133016	0.356347081881	0.0605843010146	-0.0563326768502	0.396749617945	-0.0646741082031	0.498254869591	33.679	6.327	17
9	-0.00624131125233	0.0226719532409	-0.0308235210101	0.0204547444712	0.0143627327648	-0.0170889855599	-0.275265659381	-0.0915358814232	0.108453479387	-0.203152517691	-0.117626592281	-0.0602208235582	0.0995047587497	-0.0705318821879	1.19270878128	-0.345482148115	0.309938630345	0.424367351684	0.201857530296	-0.0521835003454	1.10613291766	53.284	-5.306	9.784
10	0.0132319402185	-0.0147331759727	-0.0246363194777	0.0062370675197	0.0223551298948	-0.0361991163724	0.148909396117	-0.136434873601	0.190834821095	0.0259695664684	0.139614976837	-0.16528592754	0.325146226247	-0.299573699538	-1.13451131989	1.00121590214	0.248835064635	0.407459413581	0.505744463737	-0.203134343481	1.255386691	48.945	-34.217	2.053
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 18:33 )	A	18 - 33
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 34:51 )	A	34 - 51
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 52:106 )	A	52 - 106
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN A AND RESID 107:193 )	A	107 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 194:214 )	A	194 - 214
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 1:18 )	B	1 - 18
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 19:75 )	B	19 - 75
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 76:90 )	B	76 - 90
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 91:102 )	B	91 - 102
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 103:113 )	B	103 - 113
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 114:128 )	B	114 - 128
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 129:150 )	B	129 - 150
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 151:172 )	B	151 - 172
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 173:197 )	B	173 - 197
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 198:213 )	B	198 - 213
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN R AND RESID 1:10 )	R	1 - 10
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN R AND RESID 11:17 )	R	11 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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