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Yorodumi- PDB-8us0: Human antibody S8V1-157 in complex with the A/American black duck... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8us0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Human antibody S8V1-157 in complex with the A/American black duck/New Brunswick/00464/2010(H4N6) HA head domain | ||||||
Components |
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Keywords | Viral Protein/IMMUNE SYSTEM / virus / antibody / influenza / fab / fragment antigen-binding / protection / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7 Å | ||||||
Authors | McCarthy, K.R. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biorxiv / Year: 2024Title: A protective and broadly binding antibody class engages the influenza virus hemagglutinin head at its stem interface. Authors: Simmons, H.C. / Finney, J. / Kotaki, R. / Adachi, Y. / Park Moseman, A. / Watanabe, A. / Song, S. / Robinson-McCarthy, L.R. / Le Sage, V. / Kuraoka, M. / Moseman, E.A. / Kelsoe, G. / ...Authors: Simmons, H.C. / Finney, J. / Kotaki, R. / Adachi, Y. / Park Moseman, A. / Watanabe, A. / Song, S. / Robinson-McCarthy, L.R. / Le Sage, V. / Kuraoka, M. / Moseman, E.A. / Kelsoe, G. / Takahashi, Y. / McCarthy, K.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8us0.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8us0.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8us0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8us0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8us0_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8us0_validation.xml.gz | 156.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 8us0_validation.cif.gz | 197 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/8us0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 12 molecules OICRFLBHKNQE
| #2: Antibody | Mass: 24126.805 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Antibody | Mass: 24775.715 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Protein / Non-polymers , 2 types, 12 molecules ADGJMP

| #1: Protein | Mass: 32300.326 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: M1USN0#6: Chemical | ChemComp-MES / |
|---|
-Sugars , 3 types, 12 molecules 
| #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.48 Å3/Da / Density % sol: 72.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Lithium sulfate; 0.1 M Sodium chloride 0.1 M MES pH 6.5 30% (v/v) PEG 400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 11, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.7→49.33 Å / Num. obs: 89908 / % possible obs: 98.77 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 122.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7 |
| Reflection shell | Resolution: 3.704→3.836 Å / Redundancy: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8941 / CC1/2: 0.447 / CC star: 0.786 / % possible all: 98.49 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7→49.33 Å / SU ML: 0.7005 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.9236 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 144.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→49.33 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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