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万見
- PDB-8urv: Solution NMR structure of pro-IL-18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8urv
タイトルSolution NMR structure of pro-IL-18
要素Interleukin-18
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interleukin-18 / beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / negative regulation of myoblast differentiation / Interleukin-1 processing / positive regulation of NK T cell proliferation / sleep / triglyceride homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / type 2 immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / T-helper 1 type immune response / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of activated T cell proliferation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bonin, J.P. / Aramini, J.M. / Kay, L.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Structural transitions enable interleukin-18 maturation and signaling.
著者: Ying Dong / Jeffrey P Bonin / Pascal Devant / Zhuoyi Liang / Alexander I M Sever / Julian Mintseris / James M Aramini / Gang Du / Stephen P Gygi / Jonathan C Kagan / Lewis E Kay / Hao Wu /
要旨: Several interleukin-1 (IL-1) family members, including IL-1β and IL-18, require processing by inflammasome-associated caspases to unleash their activities. Here, we unveil, by cryoelectron ...Several interleukin-1 (IL-1) family members, including IL-1β and IL-18, require processing by inflammasome-associated caspases to unleash their activities. Here, we unveil, by cryoelectron microscopy (cryo-EM), two major conformations of the complex between caspase-1 and pro-IL-18. One conformation is similar to the complex of caspase-4 and pro-IL-18, with interactions at both the active site and an exosite (closed conformation), and the other only contains interactions at the active site (open conformation). Thus, pro-IL-18 recruitment and processing by caspase-1 is less dependent on the exosite than the active site, unlike caspase-4. Structure determination by nuclear magnetic resonance uncovers a compact fold of apo pro-IL-18, which is similar to caspase-1-bound pro-IL-18 but distinct from cleaved IL-18. Binding sites for IL-18 receptor and IL-18 binding protein are only formed upon conformational changes after pro-IL-18 cleavage. These studies show how pro-IL-18 is selected as a caspase-1 substrate, and why cleavage is necessary for its inflammatory activity.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3501
ポリマ－22,3501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-18


分子量: 22350.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14116

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic33D HCH NOESY
121isotropic33D HNH NOESY
131isotropic33D NNH NOESY
141isotropic12D NH HSQC
252isotropic32D CH HSQC
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D HNN
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic23D C(CO)NH TOCSY
1131isotropic23D H(CCO)NH TOCSY
1141isotropic23D C(CA)NH TOCSY
2152isotropic32D CB(CGCD)HD
2162isotropic32D CB(CGCDCE)HE
2172isotropic12D CBCG(CE)HE
1183isotropic32D CH CT-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 97% H2O/3% D2O15N, 13C in H2O97% H2O/3% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 100% D2O15N, 13C in D2O100% D2O
solution30.5 mM [5% U-13C; U-15N] pro-interleukin-18, 20 mM MES, 50 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 97% H2O/3% D2O15N, 5% 13C in H2O97% H2O/3% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMpro-interleukin-18[U-13C; U-15N]1
20 mMMESnatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMpro-interleukin-18[U-13C; U-15N]2
20 mMMESnatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
0.5 mMpro-interleukin-18[5% U-13C; U-15N]3
20 mMMESnatural abundance3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
10 mMDTTnatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMH2O6.51 atm298.1 K
250 mMD2O6.1 pD1 atm298.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD80015 mM TCI-XYZ
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD60025 mM TCI-XYZ
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO100035 mM TCI-XYZ

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
CYANA3.98.15Herrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
Rosetta3Leaver-Fay et al.精密化
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleypeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3 / 詳細: FastRelax with constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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