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- PDB-8urq: Spo11 core complex with gapped DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8urq
タイトルSpo11 core complex with gapped DNA
要素
  • (Meiotic recombination protein ...) x 2
  • Antiviral protein SKI8
  • Meiosis-specific protein SPO11
  • gapped DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Spo11 / Rec102 / Rec104 / Ski8 / DNA binding / Cross over.
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA double-strand break processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / meiotic DNA double-strand break formation / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / DNA end binding / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis ...meiotic DNA double-strand break processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / meiotic DNA double-strand break formation / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / DNA end binding / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / meiosis I / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / reciprocal meiotic recombination / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / sporulation resulting in formation of a cellular spore / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / condensed nuclear chromosome / site of double-strand break / protein-containing complex assembly / defense response to virus / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Meiotic recombination protein Rec104 / : / Meiotic recombination protein REC104 / REC102 protein / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A, N-terminal / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, TOPRIM domain / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A superfamily / Type IIB DNA topoisomerase / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, Toprim domain ...Meiotic recombination protein Rec104 / : / Meiotic recombination protein REC104 / REC102 protein / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A / Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A, N-terminal / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, TOPRIM domain / Spo11/DNA topoisomerase VI subunit A superfamily / Type IIB DNA topoisomerase / Topoisomerase 6 subunit A/Spo11, Toprim domain / Topoisomerase (Topo) IIB-type catalytic domain profile. / : / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Meiosis-specific protein SPO11 / Meiotic recombination protein REC104 / Meiotic recombination protein REC102 / Antiviral protein SKI8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yu, Y. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01 HD110120 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of the Spo11 core complex bound to DNA.
著者: You Yu / Juncheng Wang / Kaixian Liu / Zhi Zheng / Meret Arter / Corentin Claeys Bouuaert / Stephen Pu / Dinshaw J Patel / Scott Keeney /
要旨: DNA double-strand breaks that initiate meiotic recombination are formed by the topoisomerase-relative enzyme Spo11, supported by conserved auxiliary factors. Because high-resolution structural data ...DNA double-strand breaks that initiate meiotic recombination are formed by the topoisomerase-relative enzyme Spo11, supported by conserved auxiliary factors. Because high-resolution structural data have not been available, many questions remain about the architecture of Spo11 and its partners and how they engage with DNA. We report cryo-electron microscopy structures at up to 3.3-Å resolution of DNA-bound core complexes of Saccharomyces cerevisiae Spo11 with Rec102, Rec104 and Ski8. In these structures, monomeric core complexes make extensive contacts with the DNA backbone and with the recessed 3'-OH and first 5' overhanging nucleotide, establishing the molecular determinants of DNA end-binding specificity and providing insight into DNA cleavage preferences in vivo. The structures of individual subunits and their interfaces, supported by functional data in yeast, provide insight into the role of metal ions in DNA binding and uncover unexpected structural variation in homologs of the Top6BL component of the core complex.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年6月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Meiotic recombination protein REC104
B: Meiotic recombination protein REC102
A: Meiosis-specific protein SPO11
C: Antiviral protein SKI8
D: gapped DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3286
ポリマ－167,3045
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Meiotic recombination protein ... , 2種, 2分子 FB

#1: タンパク質 Meiotic recombination protein REC104


分子量: 20763.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: REC104, YHR157W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P33323
#2: タンパク質 Meiotic recombination protein REC102


分子量: 30263.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: REC102, YLR329W, L8543.17
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02721

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#3: タンパク質 Meiosis-specific protein SPO11


分子量: 50020.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SPO11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23179
#4: タンパク質 Antiviral protein SKI8


分子量: 44313.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SKI8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02793

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DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 D

#5: DNA鎖 gapped DNA


分子量: 21943.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spo11 core complex bound to gapped DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.14 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES, pH 7.4, 300 mM NaCl, 5 mM EDTA, 2 mM DTT
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 548674 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058855
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70812089
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.2851347
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441378
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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