PDB-8uqx: Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uqx

タイトル

Round 18 Arylesterase Variant of Apo-Phosphotriesterase Measured at 9.5 keV

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R18

キーワード

HYDROLASE / Apo-Phosphotriesterase / 9.5 keV

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Breeze, C.W. / Frkic, R.L. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Mononuclear binding and catalytic activity of europium(III) and gadolinium(III) at the active site of the model metalloenzyme phosphotriesterase.
著者: Breeze, C.W. / Nakano, Y. / Campbell, E.C. / Frkic, R.L. / Lupton, D.W. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uqx.cif.gz	377.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uqx.ent.gz	313.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uqx_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uqx_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	8uqx_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	8uqx_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uqwC 8uqyC 8uqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R18

B: Phosphotriesterase variant PTE-R18

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.868, 86.498, 89.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R18 分子量: 36208.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS7
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium cacodylate, 14% (v/v) MPD, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.3051 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→44.65 Å / Num. obs: 101871 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 2660079
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 26.2 % / R_merge(I) obs: 3.407 / Num. measured all: 127877 / Num. unique obs: 4875 / CC_1/2: 0.475 / R_pim(I) all: 0.665 / R_rim(I) all: 3.473 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→42.93 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	5062	4.97 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.194	101761	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→42.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4887	0	18	341	5246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.118	708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	796
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.6549	162	0.5598	3115	X-RAY DIFFRACTION	96
1.54-1.56	0.5711	137	0.5013	3138	X-RAY DIFFRACTION	97
1.56-1.57	0.501	141	0.4474	3183	X-RAY DIFFRACTION	98
1.57-1.59	0.3995	146	0.403	3136	X-RAY DIFFRACTION	98
1.59-1.62	0.4218	171	0.3678	3146	X-RAY DIFFRACTION	98
1.62-1.64	0.3791	184	0.3443	3148	X-RAY DIFFRACTION	98
1.64-1.66	0.338	188	0.3347	3139	X-RAY DIFFRACTION	98
1.66-1.69	0.3225	148	0.303	3188	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.71	0.3581	216	0.2774	3107	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.74	0.2778	189	0.2621	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.77	0.2714	181	0.2458	3168	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8	0.262	186	0.2466	3200	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.84	0.2852	147	0.2391	3187	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.87	0.2435	181	0.2437	3207	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.92	0.2659	169	0.2531	3191	X-RAY DIFFRACTION	99
1.92-1.96	0.2796	149	0.2632	3228	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-2.01	0.2526	146	0.2313	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.06	0.2376	212	0.218	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.2376	150	0.2039	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.19	0.2243	158	0.1909	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.27	0.2072	168	0.1822	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.36	0.2007	166	0.1821	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.47	0.2059	218	0.1774	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.6	0.2057	158	0.1826	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.76	0.2321	197	0.18	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.98	0.1639	130	0.1761	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.27	0.184	178	0.1771	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.75	0.1726	201	0.1681	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.72	0.1698	102	0.1431	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-42.93	0.1845	183	0.1681	3490	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.5069 Å / Origin y: 22.8456 Å / Origin z: 21.8757 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.195 Å²	-0.0111 Å²	-0.0054 Å²	-	0.2088 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.2262 Å²
L	1.7076 °²	-0.135 °²	-0.3522 °²	-	0.3551 °²	-0.0466 °²	-	-	1.0731 °²
S	-0.0028 Å °	-0.4222 Å °	0.0478 Å °	-0.0256 Å °	0.0151 Å °	0.0158 Å °	-0.0216 Å °	0.0534 Å °	-0.0143 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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