PDB-8uqf: Crystal structure of designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uqf

タイトル

Crystal structure of designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

要素

designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

キーワード

DE NOVO PROTEIN / NTF2 / cortisol binding

機能・相同性

Chem-HCY

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Pellock, S.J. / Bera, A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small molecule binding and sensing with a designed protein family
著者: Lee, G.R. / Pellock, S.J. / Norn, C. / Tischer, D. / Dauparas, J. / Anischenko, I. / Mercer, J.A.M. / Kang, A. / Bera, A. / Nguyen, H. / Goreshnik, I. / Vafeados, D. / Roullier, N. / Han, H.L. ...

履歴

登録	2023年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uqf.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uqf.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uqf_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uqf_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8uqf_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	8uqf_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

B: designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.016, 48.609, 56.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	designed cortisol-binding protein hcy129_mpnn5 分子量: 15406.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL 分子量: 362.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→47.9 Å / Num. obs: 59774 / % possible obs: 90.28 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0617 / R_pim(I) all: 0.04351 / R_rim(I) all: 0.07593 / Net I/σ(I): 11.73
反射シェル	解像度: 1.52→1.574 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.8317 / Num. unique obs: 3628 / CC_1/2: 0.613 / CC star: 0.872 / R_pim(I) all: 0.5868 / R_rim(I) all: 1.024 / % possible all: 91.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→47.9 Å / SU ML: 0.2328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	3305	5.53 %
R_work	0.2268	56469	-
obs	0.2277	59774	76.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2000	0	57	76	2133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0237	2110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.9725	2859
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.3318	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	357
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8095	809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.3734	126	0.3473	2270	X-RAY DIFFRACTION	75.87
1.54-1.56	0.3362	127	0.333	2389	X-RAY DIFFRACTION	75.56
1.56-1.59	0.3057	144	0.3225	2349	X-RAY DIFFRACTION	76.4
1.59-1.61	0.3405	144	0.314	2333	X-RAY DIFFRACTION	75.36
1.61-1.64	0.3404	144	0.3155	2292	X-RAY DIFFRACTION	76.41
1.64-1.67	0.3412	153	0.3164	2424	X-RAY DIFFRACTION	77.71
1.67-1.7	0.319	142	0.2964	2370	X-RAY DIFFRACTION	77.36
1.7-1.74	0.3663	167	0.2899	2346	X-RAY DIFFRACTION	76.85
1.74-1.78	0.2891	93	0.2685	2348	X-RAY DIFFRACTION	74.19
1.78-1.82	0.2815	154	0.2695	2338	X-RAY DIFFRACTION	76.14
1.82-1.86	0.2561	123	0.2515	2462	X-RAY DIFFRACTION	79.78
1.86-1.91	0.2495	145	0.2264	2477	X-RAY DIFFRACTION	80.36
1.91-1.97	0.2461	140	0.24	2437	X-RAY DIFFRACTION	78.88
1.97-2.03	0.2774	156	0.2373	2373	X-RAY DIFFRACTION	77.86
2.03-2.11	0.2499	126	0.2323	2440	X-RAY DIFFRACTION	77.38
2.11-2.19	0.2427	141	0.2171	2342	X-RAY DIFFRACTION	76.12
2.19-2.29	0.2764	136	0.215	2349	X-RAY DIFFRACTION	76.27
2.29-2.41	0.3327	122	0.2227	2295	X-RAY DIFFRACTION	73.82
2.41-2.56	0.232	137	0.2413	2271	X-RAY DIFFRACTION	73.3
2.56-2.76	0.2479	133	0.2336	2354	X-RAY DIFFRACTION	76.81
2.76-3.04	0.2386	127	0.2281	2356	X-RAY DIFFRACTION	76.05
3.04-3.48	0.221	130	0.2101	2321	X-RAY DIFFRACTION	74.66
3.48-4.38	0.1974	165	0.1975	2245	X-RAY DIFFRACTION	73.99
4.38-47.9	0.2237	130	0.2073	2288	X-RAY DIFFRACTION	74.01

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)