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- PDB-8upl: Cryo-EM structure of a Clockwise locked form of the Salmonella en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8upl
タイトルCryo-EM structure of a Clockwise locked form of the Salmonella enterica Typhimurium flagellar C-ring, with C34 symmetry applied
要素
  • Flagellar M-ring protein
  • Flagellar motor switch protein FliG
  • Flagellar motor switch protein FliM
  • Flagellar motor switch protein FliN
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagella / Salmonella / C-ring / motor
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor switch protein FliN, N-terminal / Flagellar motor switch protein FliN N-terminal / : / Flagellar motor switch FliN / Flagellar motor switch FliN/Type III secretion HrcQb / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar motor switch protein FliG, alpha-helical / Flagellar motor switch protein FliG, C-terminal ...Flagellar motor switch protein FliN, N-terminal / Flagellar motor switch protein FliN N-terminal / : / Flagellar motor switch FliN / Flagellar motor switch FliN/Type III secretion HrcQb / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar motor switch protein FliG, alpha-helical / Flagellar motor switch protein FliG, C-terminal / Flagellar motor switch protein FliG, N-terminal domain / Flagellar motor switch protein FliG, middle domain / FliG C-terminal domain / FliG middle domain / FliG N-terminal domain / CheC-like superfamily / Flagellar motor switch protein FliN-like, C-terminal domain / SpoA-like superfamily / Type III flagellar switch regulator (C-ring) FliN C-term / Flagellar M-ring protein FliF / Flagellar M-ring C-terminal / Flagellar M-ring protein C-terminal / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar motor switch protein FliG / Flagellar M-ring protein / Flagellar motor switch protein FliM / Flagellar motor switch protein FliN
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Johnson, S. / Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 米国, 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
Wellcome Trust201536 英国
Wellcome Trust219477 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of directional switching by the bacterial flagellum.
著者: Steven Johnson / Justin C Deme / Emily J Furlong / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Kelly T Hughes / Susan M Lea /
要旨: The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that harvests energy from uni-directional ion flow across the inner membrane to power bacterial swimming via rotation of the flagellar ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that harvests energy from uni-directional ion flow across the inner membrane to power bacterial swimming via rotation of the flagellar filament. Rotation is bi-directional, with binding of a cytoplasmic chemotactic response regulator controlling reversal, though the structural and mechanistic bases for rotational switching are not well understood. Here we present cryoelectron microscopy structures of intact Salmonella flagellar basal bodies (3.2-5.5 Å), including the cytoplasmic C-ring complexes required for power transmission, in both counter-clockwise and clockwise rotational conformations. These reveal 180° movements of both the N- and C-terminal domains of the FliG protein, which, when combined with a high-resolution cryoelectron microscopy structure of the MotAB stator, show that the stator shifts from the outside to the inside of the C-ring. This enables rotational switching and reveals how uni-directional ion flow across the inner membrane is used to accomplish bi-directional rotation of the flagellum.
履歴
登録2023年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A1: Flagellar M-ring protein
B1: Flagellar motor switch protein FliG
C1: Flagellar motor switch protein FliM
D1: Flagellar motor switch protein FliN
E1: Flagellar motor switch protein FliN
F1: Flagellar motor switch protein FliN
A2: Flagellar M-ring protein
B2: Flagellar motor switch protein FliG
C2: Flagellar motor switch protein FliM
D2: Flagellar motor switch protein FliN
E2: Flagellar motor switch protein FliN
F2: Flagellar motor switch protein FliN
A3: Flagellar M-ring protein
B3: Flagellar motor switch protein FliG
C3: Flagellar motor switch protein FliM
D3: Flagellar motor switch protein FliN
E3: Flagellar motor switch protein FliN
F3: Flagellar motor switch protein FliN
A4: Flagellar M-ring protein
B4: Flagellar motor switch protein FliG
C4: Flagellar motor switch protein FliM
D4: Flagellar motor switch protein FliN
E4: Flagellar motor switch protein FliN
F4: Flagellar motor switch protein FliN
A5: Flagellar M-ring protein
B5: Flagellar motor switch protein FliG
C5: Flagellar motor switch protein FliM
D5: Flagellar motor switch protein FliN
E5: Flagellar motor switch protein FliN
F5: Flagellar motor switch protein FliN
A6: Flagellar M-ring protein
B6: Flagellar motor switch protein FliG
C6: Flagellar motor switch protein FliM
D6: Flagellar motor switch protein FliN
E6: Flagellar motor switch protein FliN
F6: Flagellar motor switch protein FliN
A7: Flagellar M-ring protein
B7: Flagellar motor switch protein FliG
C7: Flagellar motor switch protein FliM
D7: Flagellar motor switch protein FliN
E7: Flagellar motor switch protein FliN
F7: Flagellar motor switch protein FliN
A8: Flagellar M-ring protein
B8: Flagellar motor switch protein FliG
C8: Flagellar motor switch protein FliM
D8: Flagellar motor switch protein FliN
E8: Flagellar motor switch protein FliN
F8: Flagellar motor switch protein FliN
A9: Flagellar M-ring protein
B9: Flagellar motor switch protein FliG
C9: Flagellar motor switch protein FliM
D9: Flagellar motor switch protein FliN
E9: Flagellar motor switch protein FliN
F9: Flagellar motor switch protein FliN
AA: Flagellar M-ring protein
BA: Flagellar motor switch protein FliG
CA: Flagellar motor switch protein FliM
DA: Flagellar motor switch protein FliN
EA: Flagellar motor switch protein FliN
FA: Flagellar motor switch protein FliN
AB: Flagellar M-ring protein
BB: Flagellar motor switch protein FliG
CB: Flagellar motor switch protein FliM
DB: Flagellar motor switch protein FliN
EB: Flagellar motor switch protein FliN
FB: Flagellar motor switch protein FliN
AC: Flagellar M-ring protein
BC: Flagellar motor switch protein FliG
CC: Flagellar motor switch protein FliM
DC: Flagellar motor switch protein FliN
EC: Flagellar motor switch protein FliN
FC: Flagellar motor switch protein FliN
AD: Flagellar M-ring protein
BD: Flagellar motor switch protein FliG
CD: Flagellar motor switch protein FliM
DD: Flagellar motor switch protein FliN
ED: Flagellar motor switch protein FliN
FD: Flagellar motor switch protein FliN
AE: Flagellar M-ring protein
BE: Flagellar motor switch protein FliG
CE: Flagellar motor switch protein FliM
DE: Flagellar motor switch protein FliN
EE: Flagellar motor switch protein FliN
FE: Flagellar motor switch protein FliN
AF: Flagellar M-ring protein
BF: Flagellar motor switch protein FliG
CF: Flagellar motor switch protein FliM
DF: Flagellar motor switch protein FliN
EF: Flagellar motor switch protein FliN
FF: Flagellar motor switch protein FliN
AG: Flagellar M-ring protein
BG: Flagellar motor switch protein FliG
CG: Flagellar motor switch protein FliM
DG: Flagellar motor switch protein FliN
EG: Flagellar motor switch protein FliN
FG: Flagellar motor switch protein FliN
AH: Flagellar M-ring protein
BH: Flagellar motor switch protein FliG
CH: Flagellar motor switch protein FliM
DH: Flagellar motor switch protein FliN
EH: Flagellar motor switch protein FliN
FH: Flagellar motor switch protein FliN
AI: Flagellar M-ring protein
BI: Flagellar motor switch protein FliG
CI: Flagellar motor switch protein FliM
DI: Flagellar motor switch protein FliN
EI: Flagellar motor switch protein FliN
FI: Flagellar motor switch protein FliN
AJ: Flagellar M-ring protein
BJ: Flagellar motor switch protein FliG
CJ: Flagellar motor switch protein FliM
DJ: Flagellar motor switch protein FliN
EJ: Flagellar motor switch protein FliN
FJ: Flagellar motor switch protein FliN
AK: Flagellar M-ring protein
BK: Flagellar motor switch protein FliG
CK: Flagellar motor switch protein FliM
DK: Flagellar motor switch protein FliN
EK: Flagellar motor switch protein FliN
FK: Flagellar motor switch protein FliN
AL: Flagellar M-ring protein
BL: Flagellar motor switch protein FliG
CL: Flagellar motor switch protein FliM
DL: Flagellar motor switch protein FliN
EL: Flagellar motor switch protein FliN
FL: Flagellar motor switch protein FliN
AM: Flagellar M-ring protein
BM: Flagellar motor switch protein FliG
CM: Flagellar motor switch protein FliM
DM: Flagellar motor switch protein FliN
EM: Flagellar motor switch protein FliN
FM: Flagellar motor switch protein FliN
AN: Flagellar M-ring protein
BN: Flagellar motor switch protein FliG
CN: Flagellar motor switch protein FliM
DN: Flagellar motor switch protein FliN
EN: Flagellar motor switch protein FliN
FN: Flagellar motor switch protein FliN
AO: Flagellar M-ring protein
BO: Flagellar motor switch protein FliG
CO: Flagellar motor switch protein FliM
DO: Flagellar motor switch protein FliN
EO: Flagellar motor switch protein FliN
FO: Flagellar motor switch protein FliN
AP: Flagellar M-ring protein
BP: Flagellar motor switch protein FliG
CP: Flagellar motor switch protein FliM
DP: Flagellar motor switch protein FliN
EP: Flagellar motor switch protein FliN
FP: Flagellar motor switch protein FliN
AQ: Flagellar M-ring protein
BQ: Flagellar motor switch protein FliG
CQ: Flagellar motor switch protein FliM
DQ: Flagellar motor switch protein FliN
EQ: Flagellar motor switch protein FliN
FQ: Flagellar motor switch protein FliN
AR: Flagellar M-ring protein
BR: Flagellar motor switch protein FliG
CR: Flagellar motor switch protein FliM
DR: Flagellar motor switch protein FliN
ER: Flagellar motor switch protein FliN
FR: Flagellar motor switch protein FliN
AS: Flagellar M-ring protein
BS: Flagellar motor switch protein FliG
CS: Flagellar motor switch protein FliM
DS: Flagellar motor switch protein FliN
ES: Flagellar motor switch protein FliN
FS: Flagellar motor switch protein FliN
AT: Flagellar M-ring protein
BT: Flagellar motor switch protein FliG
CT: Flagellar motor switch protein FliM
DT: Flagellar motor switch protein FliN
ET: Flagellar motor switch protein FliN
FT: Flagellar motor switch protein FliN
AU: Flagellar M-ring protein
BU: Flagellar motor switch protein FliG
CU: Flagellar motor switch protein FliM
DU: Flagellar motor switch protein FliN
EU: Flagellar motor switch protein FliN
FU: Flagellar motor switch protein FliN
AV: Flagellar M-ring protein
BV: Flagellar motor switch protein FliG
CV: Flagellar motor switch protein FliM
DV: Flagellar motor switch protein FliN
EV: Flagellar motor switch protein FliN
FV: Flagellar motor switch protein FliN
AW: Flagellar M-ring protein
BW: Flagellar motor switch protein FliG
CW: Flagellar motor switch protein FliM
DW: Flagellar motor switch protein FliN
EW: Flagellar motor switch protein FliN
FW: Flagellar motor switch protein FliN
AX: Flagellar M-ring protein
BX: Flagellar motor switch protein FliG
CX: Flagellar motor switch protein FliM
DX: Flagellar motor switch protein FliN
EX: Flagellar motor switch protein FliN
FX: Flagellar motor switch protein FliN
AY: Flagellar M-ring protein
BY: Flagellar motor switch protein FliG
CY: Flagellar motor switch protein FliM
DY: Flagellar motor switch protein FliN
EY: Flagellar motor switch protein FliN
FY: Flagellar motor switch protein FliN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,128,632204
ポリマ－6,128,632204
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellar M-ring protein


分子量: 61295.645 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P15928
#2: タンパク質 ...
Flagellar motor switch protein FliG


分子量: 36651.688 Da / 分子数: 34 / Mutation: delta169-171 (PAA) / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 169-171 (PAA) were deleted on the chromosome.
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P0A1J9
#3: タンパク質 ...
Flagellar motor switch protein FliM


分子量: 37901.066 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P26418
#4: タンパク質 ...
Flagellar motor switch protein FliN


分子量: 14801.823 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P26419

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Intact C34 flagellar C-ring from purified basal bodies, clockwise locked.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 58.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5084 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19363 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 404.63 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029246602
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6706333642
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044639814
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004343588
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.557533830

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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