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- PDB-8uoz: EmrE structure in the TPP-bound state (WT/E14Q heterodimer) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uoz
タイトルEmrE structure in the TPP-bound state (WT/E14Q heterodimer)
要素(SMR family multidrug efflux protein EmrE) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Multidrug transporter / efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / antiporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / SMR family multidrug efflux protein EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 個体NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Li, J. / Sae Her, A. / Besch, A. / Ramirez, B. / Crames, M. / Banigan, J.R. / Mueller, C. / Marsiglia, W.M. / Zhang, Y. / Traaseth, N.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI108889 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Dynamics underlie the drug recognition mechanism by the efflux transporter EmrE.
著者: Li, J. / Her, A.S. / Besch, A. / Ramirez-Cordero, B. / Crames, M. / Banigan, J.R. / Mueller, C. / Marsiglia, W.M. / Zhang, Y. / Traaseth, N.J.
履歴
登録2023年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMR family multidrug efflux protein EmrE
B: SMR family multidrug efflux protein EmrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2653
ポリマ－23,9262
非ポリマー3391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100000back calculated data agree with experimental NMR data
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 SMR family multidrug efflux protein EmrE


分子量: 11963.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: emrE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X7QID6
#2: タンパク質 SMR family multidrug efflux protein EmrE


分子量: 11962.293 Da / 分子数: 1 / Mutation: E14Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: emrE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X7QID6
#3: 化合物 ChemComp-P4P / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / テトラフェニルホスホニウム


分子量: 339.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20P
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験
手法
溶液NMR
個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N TROSY
132isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic12D 1H-15N TROSY
153isotropic12D 1H-13C HSQC
163isotropic12D 1H-15N TROSY
174isotropic12D 1H-13C HSQC
184isotropic12D 1H-15N TROSY
195isotropic12D 1H-13C HSQC
1105isotropic12D 1H-15N TROSY
1116isotropic12D 1H-13C HSQC
1126isotropic12D 1H-15N TROSY
1137isotropic12D 1H-13C HSQC
1147isotropic12D 1H-15N TROSY
1158isotropic12D 1H-13C HSQC
1168isotropic12D 1H-15N TROSY
1179isotropic12D 1H-13C HSQC
1189isotropic12D 1H-15N TROSY
11910isotropic12D 1H-13C HSQC
12010isotropic12D 1H-15N TROSY
12111isotropic12D 1H-13C HSQC
12211isotropic12D 1H-15N TROSY
12312isotropic12D 1H-13C HSQC
12412isotropic12D 1H-15N TROSY
12513isotropic12D 1H-13C HSQC
12613isotropic12D 1H-15N TROSY
12716isotropic12D 1H-13C HSQC
12816isotropic12D 1H-15N TROSY
12915isotropic23D HNCA
13017isotropic23D HNCA
13115isotropic23D HNCO
13217isotropic23D HNCO
13315isotropic23D HN(CO)CA
13417isotropic23D HN(CO)CA
13525isotropic13D 1H-13C NOESY
13624isotropic13D 1H-13C NOESY
23718isotropic33D NCACX
23819isotropic33D NCACX
23918isotropic33D NCOCX
24019isotropic33D NCOCX
24118isotropic33D CANCOCX
24219isotropic33D CANCOCX
24318isotropic33D CANCO
24419isotropic33D CANCO
24518isotropic32D 13C/13C DARR
24619isotropic32D 13C/13C DARR
24720isotropic32D 13C/13C PDSD
24821isotropic32D 13C/13C PDSD
24922isotropic32D 13C/13C PDSD
25023isotropic32D 13C/13C PDSD
35126anisotropic32D 1H/15N PISEMA

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.5 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 0.8 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 37.2 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 112.7 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 10.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at I5C of EmrE. EmrE mutations: I5C/C39S/C41S/C95SEmrE-I5C intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle20.4 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 0.7 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 30.8 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 93.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 8.8 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C39 of EmrE. EmrE mutations: C41S/C95S.EmrE-C39 intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle30.76 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 1.24 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 63.7 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 198.5 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 16 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C41 of EmrE. EmrE mutations: C39S/C95S.EmrE-C41 intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle40.6 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 0.4 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 25.7 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 78.0 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 8.0 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C95 of EmrE. EmrE mutations: C39S/C41S.EmrE-C95 intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle50.5 mM [U-2H] EmrE, 0.3 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 20 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 60.7 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 6.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C39 of E14Q. E14Q mutations: C41S/C95S.E14Q-C39 intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle60.5 mM [U-2H] EmrE, 0.3 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 28.8 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 90.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 6.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at I5C of E14Q. E14Q mutations: I5C/C39S/C41S/C95S.E14Q-I5C intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle70.7 mM [U-2H] EmrE, 0.45 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 34.9 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 108.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 9.2 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C95 of E14Q. E14Q mutations: C39S/C41S.E14Q-C95 intramolecular90% H2O/10% D2O
bicelle80.5 mM [U-2H] EmrE, 0.3 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 22.2 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 67.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 6.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C39 of EmrE. EmrE mutations: C41S/C95S.EmrE-C39 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle90.83 mM [U-2H] EmrE, 0.51 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 55.0 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 171.1 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 10.72 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C41 of EmrE. EmrE mutations: C39S/C95S.EmrE-C41 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle100.72 mM [U-2H] EmrE, 0.43 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 34.9 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 108.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 9.2 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C95 of EmrE. EmrE mutations: C39S/C41S.EmrE-C95 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle110.4 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 0.7 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 30.8 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 93.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 8.8 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at L30C of E14Q. E14Q mutations: L30C/C39S/C41S/C95S.E14Q-L30C intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle120.3 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 0.5 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 22.2 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 67.2 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 6.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C39 of E14Q. E14Q mutations: C41S/C95S.E14Q-C39 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle130.67 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 1.2 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 55.0 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 194.0 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 14.96 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C41 of E14Q. E14Q mutations: C39S/C95S.E14Q-C41 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle160.87 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 1.57 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 72.4 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 225.5 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 19.5 mM TPP, 90% H2O/10% D2OMTSL labeled at C95 of E14Q. E14Q mutations: C39S/C41S.E14Q-C95 intermolecular90% H2O/10% D2O
bicelle150.5 mM U-15N, U-2H, U-13C EmrE, 0.8 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 35.8 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 108.3 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 10.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OU-15N, U-2H, U-13C_EmrE90% H2O/10% D2O
bicelle170.8 mM [U-2H] EmrE, 0.5 mM U-15N, U-2H, U-13C EmrE(E14Q), 35.8 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 108.3 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 10.4 mM TPP, 90% H2O/10% D2OU-15N, U-2H, U-13C_E14Q90% H2O/10% D2O
membrane1810.7 mM U-15N, U-13C EmrE, 16 mM EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, U-13C_EmrE100% H2O
membrane1916 mM EmrE, 10.7 mM U-15N, U-13C EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, U-13C_E14Q100% H2O
membrane2010.7 mM U-15N, 1,3-13C glycerol EmrE, 16 mM nature abundance EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, 1,3-13C glycerol_EmrE100% H2O
membrane2116 mM nature abundance EmrE, 10.7 mM U-15N, 1,3-13C glycerol EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, 1,3-13C glycerol_E14Q100% H2O
membrane2210.7 mM U-15N, 2-13C glycerol EmrE, 16 mM nature abundance EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, 2-13C glycerol_EmrE100% H2O
membrane2316 mM nature abundance EmrE, 10.7 mM U-15N, 2-13C glycerol EmrE(E14Q), 491.7 mM nature abundance 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 213.6 mM TPP, 100% H2OU-15N, 2-13C glycerol_E14Q100% H2O
bicelle241.47 mM [U-2H] EmrE, 0.89 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE(E14Q), 63.4 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 197.4 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 18.9 mM TPP, 100% H2OU-15N, U-2H, 13CH3-ILV-E14Q100% H2O
bicelle250.74 mM U-15N, U-2H, 13CH3-ILV EmrE, 1.45 mM [U-2H] EmrE(E14Q), 57.5 mM 2H-54 1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine, 178.6 mM 2H-22 1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine, 20 mM sodium chloride, 150 mM Na2HPO4, 18.9 mM TPP, 100% H2OU-15N, U-2H, 13CH3-ILV-EmrE100% H2O
bicelle262 mM [U-15N]-amino acid EmrE, 321 mM 1,2-di-O-tetradecyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 91.6 mM 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 8 mM YbCl3, 20 mM sodium chloride, 80 mM HEPES, 16 mM TPP, 100% H2O15N selectively labeled amino acids were prepared for the following amino acids: Ile, Leu, Met, Phe, Thr, Trp, Tyr, and Val.15N amino acids100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV1
0.8 mMEmrE(E14Q)[U-2H]1
37.2 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-541
112.7 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-221
20 mMsodium chloridenatural abundance1
150 mMNa2HPO4natural abundance1
10.4 mMTPPnatural abundance1
0.4 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV2
0.7 mMEmrE(E14Q)[U-2H]2
30.8 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-542
93.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-222
20 mMsodium chloridenatural abundance2
150 mMNa2HPO4natural abundance2
8.8 mMTPPnatural abundance2
0.76 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV3
1.24 mMEmrE(E14Q)[U-2H]3
63.7 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-543
198.5 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-223
20 mMsodium chloridenatural abundance3
150 mMNa2HPO4natural abundance3
16 mMTPPnatural abundance3
0.6 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV4
0.4 mMEmrE(E14Q)[U-2H]4
25.7 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-544
78.0 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-224
20 mMsodium chloridenatural abundance4
150 mMNa2HPO4natural abundance4
8.0 mMTPPnatural abundance4
0.5 mMEmrE[U-2H]5
0.3 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV5
20 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-545
60.7 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-225
20 mMsodium chloridenatural abundance5
150 mMNa2HPO4natural abundance5
6.4 mMTPPnatural abundance5
0.5 mMEmrE[U-2H]6
0.3 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV6
28.8 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-546
90.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-226
20 mMsodium chloridenatural abundance6
150 mMNa2HPO4natural abundance6
6.4 mMTPPnatural abundance6
0.7 mMEmrE[U-2H]7
0.45 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV7
34.9 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-547
108.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-227
20 mMsodium chloridenatural abundance7
150 mMNa2HPO4natural abundance7
9.2 mMTPPnatural abundance7
0.5 mMEmrE[U-2H]8
0.3 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV8
22.2 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-548
67.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-228
20 mMsodium chloridenatural abundance8
150 mMNa2HPO4natural abundance8
6.4 mMTPPnatural abundance8
0.83 mMEmrE[U-2H]9
0.51 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV9
55.0 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-549
171.1 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-229
20 mMsodium chloridenatural abundance9
150 mMNa2HPO4natural abundance9
10.72 mMTPPnatural abundance9
0.72 mMEmrE[U-2H]10
0.43 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV10
34.9 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5410
108.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2210
20 mMsodium chloridenatural abundance10
150 mMNa2HPO4natural abundance10
9.2 mMTPPnatural abundance10
0.4 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV11
0.7 mMEmrE(E14Q)[U-2H]11
30.8 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5411
93.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2211
20 mMsodium chloridenatural abundance11
150 mMNa2HPO4natural abundance11
8.8 mMTPPnatural abundance11
0.3 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV12
0.5 mMEmrE(E14Q)[U-2H]12
22.2 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5412
67.2 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2212
20 mMsodium chloridenatural abundance12
150 mMNa2HPO4natural abundance12
6.4 mMTPPnatural abundance12
0.67 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV13
1.2 mMEmrE(E14Q)[U-2H]13
55.0 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5413
194.0 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2213
20 mMsodium chloridenatural abundance13
150 mMNa2HPO4natural abundance13
14.96 mMTPPnatural abundance13
0.87 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV16
1.57 mMEmrE(E14Q)[U-2H]16
72.4 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5416
225.5 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2216
20 mMsodium chloridenatural abundance16
150 mMNa2HPO4natural abundance16
19.5 mMTPPnatural abundance16
0.5 mMEmrEU-15N, U-2H, U-13C15
0.8 mMEmrE(E14Q)[U-2H]15
35.8 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5415
108.3 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2215
20 mMsodium chloridenatural abundance15
150 mMNa2HPO4natural abundance15
10.4 mMTPPnatural abundance15
0.8 mMEmrE[U-2H]17
0.5 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, U-13C17
35.8 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5417
108.3 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2217
20 mMsodium chloridenatural abundance17
150 mMNa2HPO4natural abundance17
10.4 mMTPPnatural abundance17
10.7 mMEmrEU-15N, U-13C18
16 mMEmrE(E14Q)natural abundance18
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance18
20 mMsodium chloridenatural abundance18
150 mMNa2HPO4natural abundance18
213.6 mMTPPnatural abundance18
16 mMEmrEnatural abundance19
10.7 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-13C19
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance19
20 mMsodium chloridenatural abundance19
150 mMNa2HPO4natural abundance19
213.6 mMTPPnatural abundance19
10.7 mMEmrEU-15N, 1,3-13C glycerol20
16 mMEmrE(E14Q)nature abundance20
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance20
20 mMsodium chloridenatural abundance20
150 mMNa2HPO4natural abundance20
213.6 mMTPPnatural abundance20
16 mMEmrEnature abundance21
10.7 mMEmrE(E14Q)U-15N, 1,3-13C glycerol21
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance21
20 mMsodium chloridenatural abundance21
150 mMNa2HPO4natural abundance21
213.6 mMTPPnatural abundance21
10.7 mMEmrEU-15N, 2-13C glycerol22
16 mMEmrE(E14Q)nature abundance22
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance22
20 mMsodium chloridenatural abundance22
150 mMNa2HPO4natural abundance22
213.6 mMTPPnatural abundance22
16 mMEmrEnature abundance23
10.7 mMEmrE(E14Q)U-15N, 2-13C glycerol23
491.7 mM1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenature abundance23
20 mMsodium chloridenatural abundance23
150 mMNa2HPO4natural abundance23
213.6 mMTPPnatural abundance23
1.47 mMEmrE[U-2H]24
0.89 mMEmrE(E14Q)U-15N, U-2H, 13CH3-ILV24
63.4 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5424
197.4 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2224
20 mMsodium chloridenatural abundance24
150 mMNa2HPO4natural abundance24
18.9 mMTPPnatural abundance24
0.74 mMEmrEU-15N, U-2H, 13CH3-ILV25
1.45 mMEmrE(E14Q)[U-2H]25
57.5 mM1,2-dimyristoyl-d54-sn-glycero-3-phosphocholine2H-5425
178.6 mM1,2-dihexanoyl-d22-sn-glycero-3-phosphocholine2H-2225
20 mMsodium chloridenatural abundance25
150 mMNa2HPO4natural abundance25
18.9 mMTPPnatural abundance25
2 mMEmrE[U-15N]-amino acid26
321 mM1,2-di-O-tetradecyl-sn-glycero-3-phosphocholinenatural abundance26
91.6 mM1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholinenatural abundance26
8 mMYbCl3natural abundance26
20 mMsodium chloridenatural abundance26
80 mMHEPESnatural abundance26
16 mMTPPnatural abundance26
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Solution NMR sample conditions.20 mMconditions_15.61 atm310 K
2The temperature listed is the set value plus 5 degrees K higher. The 5 degrees K is estimated from previous work which was performed under similar experimental MAS conditions.20 mMconditions_25.61 atm273 K
3Oriented sample NMR conditions.20 mMconditions_361 atm310 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001Solution NMR (NYU)
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002Solution NMR (NYSBC)
Agilent Direct DriveAgilentDirect Drive6003Solid-state NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
GROMACSLindahl, Abraham, Hess, van der Spoel精密化
SparkyGoddardpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing2The lowest energy and least violated structures were refined using molecular dynamics simulations.
molecular dynamics3The 10 structures in best agreement with experimental distance measurements were selected from the MD simulations for deposition.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NMR data
計算したコンフォーマーの数: 100000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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