PDB-8uok: Crystal structure of human NUAK1-MARK3 (7 mutations) kinase domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uok

タイトル

Crystal structure of human NUAK1-MARK3 (7 mutations) kinase domain chimera bound with small molecule inhibitor #31

要素

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / NUAK1 / MARK3 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein localization to nucleus / tau-protein kinase activity / negative regulation of hippo signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / tau protein binding / Negative regulation of MAPK pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Delker, S.L. / Abendroth, J. / Fox III, D.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of UCB9386: A Potent, Selective, and Brain-Penetrant Nuak1 Inhibitor Suitable for In Vivo Pharmacological Studies.
著者: Poullennec, K.G. / Jnoff, E. / Abendroth, J. / Bhuma, N. / Calmiano, M. / Calmus, L. / Cardenas, A. / Courade, J.P. / Delatour, C. / Hall, A. / de Haro, T. / Delker, S.L. / Demaude, T. / ...

履歴

登録	2023年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uok.cif.gz	295.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uok.ent.gz	238.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8uok_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uok_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8uok_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	8uok_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uohC 8uoiC 8uojC 8uolC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

B: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.970, 106.190, 84.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3 / C-TAK1 / cTAK1 / Cdc25C-associated protein kinase 1 / ELKL motif kinase 2 / EMK-2 / Protein kinase ...C-TAK1 / cTAK1 / Cdc25C-associated protein kinase 1 / ELKL motif kinase 2 / EMK-2 / Protein kinase STK10 / Ser/Thr protein kinase PAR-1 / Par-1a / Serine/threonine-protein kinase p78 分子量: 37902.840 Da / 分子数: 2 / 変異: I62L, V116I, G137K, F141Y, A146E, L72/71R, V205K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK3, CTAK1, EMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P27448, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-X5N / (6P)-6-[(4R)-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-4-(piperidin-4-yl)-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one 分子量: 349.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 318327A2 (JCSG E10 FS), 100mM Bicine, pH 8.3, PEG 6000 10.6 %w/v with 2.5mM compound, 25% EG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.17 Å / Num. obs: 65874 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 4.2 / Net I/σ(I): 16.79
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 4196 / CC_1/2: 0.922

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	DEV_3374	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: UCB MODEL

解像度: 1.85→42.17 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	1933	2.94 %
R_work	0.159	-	-
obs	0.16	65860	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	5198	84	613	5895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0	5555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	7495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.42	3470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0	950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.3201	137	0.2657	3892	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8963-1.9475	0.2919	135	0.2156	4424	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9475-2.0049	0.2312	155	0.186	4558	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0049-2.0696	0.2383	130	0.1714	4594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0696-2.1435	0.1955	126	0.1607	4634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1435-2.2293	0.2077	137	0.1606	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2293-2.3308	0.1861	115	0.1575	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3308-2.4537	0.1992	120	0.1622	4620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4537-2.6074	0.2323	141	0.1669	4645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6074-2.8087	0.1727	153	0.1655	4641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8087-3.0912	0.1998	128	0.168	4679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0912-3.5383	0.1922	169	0.1549	4594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5383-4.4572	0.1732	145	0.1319	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4572-42.17	0.1522	142	0.1517	4690	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5762	0.1257	0.3045	2.8918	-0.8225	3.9099	0.1421	0.5153	0.3096	-0.5272	0.1374	-0.0414	-0.373	0.0145	-0.1174	0.3014	0.0693	0.0226	0.1714	0.0652	0.2447	2.6466	66.8819	22.4629
2	1.0288	-0.9197	-0.7943	1.8315	0.4861	1.6336	-0.0378	0.0502	0.134	-0.0454	-0.0021	0.1557	-0.0592	-0.1966	0.0201	0.1572	0.0096	-0.0077	0.1602	0.0133	0.176	7.6555	50.3138	25.484
3	3.2017	-0.0119	-0.3451	1.9176	0.5545	3.2908	-0.1159	0.1815	-0.2116	-0.0612	-0.0053	0.1957	0.1394	-0.2481	0.0652	0.1496	-0.0064	0.0294	0.1251	-0.0134	0.1796	14.2876	34.8138	17.8418
4	2.2281	-3.8418	-1.0141	7.3279	1.8958	0.1818	-0.4704	-0.3864	0.1014	0.8087	0.4699	-0.1219	0.1854	0.1836	0.0429	0.3753	0.0835	0.0136	0.2935	-0.0174	0.2007	5.8296	61.9323	42.8219
5	3.5109	-0.2388	0.1577	3.6146	-0.4598	5.8721	-0.3024	0.0669	-0.5082	0.0687	0.2089	0.6308	0.3578	-0.5802	-0.0152	0.2255	-0.0714	0.0028	0.1957	-0.0137	0.3154	22.1756	63.9969	1.3354
6	1.0562	-0.2466	-0.3369	2.4592	1.0952	1.2937	0.0552	0.1179	-0.0037	-0.0629	0.0559	0.1252	0.088	-0.0291	-0.1028	0.1536	-0.0052	0.0026	0.1546	0.0029	0.1674	24.8727	81.0367	5.6017
7	2.8574	-0.5507	0.0956	2.3341	-0.3045	3.6588	0.0458	0.1345	0.0785	-0.0964	0.0354	0.1136	-0.1085	-0.122	-0.0721	0.1871	-0.0078	0.0474	0.1162	-0.0055	0.1618	17.2393	96.5766	12.8157
8	0.423	-2.7224	-1.5052	7.4287	3.9841	2.3468	0.0084	-0.1782	0.279	-0.0326	0.4815	-0.8072	0.0202	0.2748	-0.4802	0.1806	0.0059	-0.0091	0.2888	-0.0718	0.3447	42.5017	69.8849	2.7831

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 94 THROUGH 209 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 313 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 314 THROUGH 369 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 51 THROUGH 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 94 THROUGH 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 210 THROUGH 313 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 314 THROUGH 369 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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