PDB-8uoj: Crystal structure of human NUAK1-MARK3 kinase domain chimera boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uoj

タイトル

Crystal structure of human NUAK1-MARK3 kinase domain chimera bound with azepane (R)-#50 small molecule inhibitor

要素

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / NUAK1 / MARK3 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of protein localization to nucleus / tau-protein kinase activity / negative regulation of hippo signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Delker, S.L. / Abendroth, J. / Mayclin, S.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of UCB9386: A Potent, Selective, and Brain-Penetrant Nuak1 Inhibitor Suitable for In Vivo Pharmacological Studies.
著者: Poullennec, K.G. / Jnoff, E. / Abendroth, J. / Bhuma, N. / Calmiano, M. / Calmus, L. / Cardenas, A. / Courade, J.P. / Delatour, C. / Hall, A. / de Haro, T. / Delker, S.L. / Demaude, T. / ...

履歴

登録	2023年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uoj.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uoj.ent.gz	126.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uoj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uohC 8uoiC 8uokC 8uolC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

ヘテロ分子

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.350, 115.490, 161.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- BEZ
2	1	A-408- BEZ
3	1	A-408- BEZ

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3 / C-TAK1 / cTAK1 / Cdc25C-associated protein kinase 1 / ELKL motif kinase 2 / EMK-2 / Protein kinase ...C-TAK1 / cTAK1 / Cdc25C-associated protein kinase 1 / ELKL motif kinase 2 / EMK-2 / Protein kinase STK10 / Ser/Thr protein kinase PAR-1 / Par-1a / Serine/threonine-protein kinase p78 分子量: 37948.910 Da / 分子数: 1 / 変異: I62L, V116I, G137K, F141Y, A146E, L72R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK3, CTAK1, EMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P27448, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3 / C-TAK1 / cTAK1 / Cdc25C-associated protein kinase 1 / ELKL motif kinase 2 / EMK-2 / Protein kinase ...

分子量: 37948.910 Da / 分子数: 1 / 変異: I62L, V116I, G137K, F141Y, A146E, L72R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK3, CTAK1, EMK2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27448, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物	ChemComp-X5I / (6M)-4-{[(2R)-azepan-2-yl]methyl}-6-[(4R)-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one 分子量: 377.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris base / HCl pH 7.5, 200mM Magnesium chloride, 10% (w/V) PEG8000; 2.5mM UCB1718758 (bsi109321)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9749 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 56580 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 17.16

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.6-1.64	0.511	4119	0.877	0.584	1
1.64-1.69	0.407	4017	0.938	0.451	1
1.69-1.74	0.332	3940	0.971	0.362	1
1.74-1.79	0.272	3804	0.977	0.296	1
1.79-1.85	0.209	3682	0.987	0.228	1
1.85-1.91	0.168	3600	0.99	0.183	1
1.91-1.98	0.13	3466	0.994	0.141	1
1.98-2.07	0.107	3339	0.995	0.116	1
2.07-2.16	0.086	3210	0.996	0.093	1
2.16-2.26	0.073	3055	0.997	0.079	1
2.26-2.39	0.066	2914	0.997	0.072	1
2.39-2.53	0.061	2760	0.997	0.067	1
2.53-2.7	0.056	2609	0.998	0.061	1
2.7-2.92	0.05	2433	0.998	0.055	1
2.92-3.2	0.046	2256	0.998	0.05	1
3.2-3.58	0.044	2040	0.998	0.047	1
3.58-4.13	0.04	1833	0.998	0.044	1
4.13-5.06	0.039	1554	0.999	0.042	1
5.06-7.16	0.041	1220	0.998	0.044	1
7.16-50	0.047	729	0.997	0.052	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_3409	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: UCB MODEL

解像度: 1.6→48.87 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	2068	3.66 %
R_work	0.159	-	-
obs	0.16	56557	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2616	62	416	3094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0	2839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	3836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4	1767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0	488

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6372	0.2673	146	0.2483	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6782	0.2555	150	0.2193	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7235	0.234	138	0.2012	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7235-1.7743	0.2308	133	0.184	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8315	0.2149	143	0.1834	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.897	0.202	126	0.1783	3616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.973	0.2073	137	0.1677	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.0627	0.2022	140	0.1659	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0627-2.1715	0.1848	134	0.1626	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.3075	0.2146	136	0.1602	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.4857	0.218	132	0.165	3657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4857-2.7358	0.1929	129	0.1663	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7358-3.1317	0.1716	136	0.1586	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1317-3.9453	0.1565	148	0.1408	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9453-48.87	0.1643	140	0.1457	3880	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9992	-1.1074	1.0628	2.7693	-0.9237	3.0924	-0.0695	-0.2918	-0.1625	0.1961	0.2637	0.3963	0.1825	-0.6255	-0.2028	0.1986	-0.045	0.003	0.3127	0.0649	0.2634	-16.3724	-44.0628	-14.4248
2	1.3521	-0.2499	0.222	1.8597	-0.3536	2.1398	0.0495	0.0759	-0.1555	-0.1147	0.0091	0.0705	0.2084	-0.2392	-0.0582	0.1722	-0.0162	-0.0125	0.1829	0.0139	0.1814	-8.2621	-43.1836	-22.2032
3	0.7881	0.2364	-0.0079	3.0167	-0.812	1.1052	0.0373	-0.0914	0.0758	0.1971	-0.0282	0.0755	-0.0766	-0.0651	0.0037	0.184	0.004	0.0019	0.2049	0.0092	0.1578	-6.9547	-25.0006	-21.1953
4	2.9046	0.6658	2.1421	4.392	-1.2418	4.2653	0.1332	0.1476	0.0172	-0.239	0.0036	0.3421	-0.0348	-0.1957	-0.1318	0.1795	0.0126	-0.0049	0.2134	0.0127	0.1793	-14.6502	-32.6698	-31.1856
5	5.7433	-0.6792	0.6084	4.3848	-2.1832	1.6392	-0.0361	0.5024	-0.1955	-0.3617	-0.0056	-0.0213	0.2961	0.004	0.0588	0.1967	-0.018	0.0029	0.1748	0.0179	0.1586	-9.1739	-20.3617	-35.9617
6	3.3125	2.6637	2.5457	4.1098	1.6876	4.4656	-0.0937	-0.046	0.3531	-0.2031	-0.0212	0.3623	-0.2028	-0.4482	0.1391	0.1818	0.0364	-0.0033	0.1809	0.0293	0.2092	-13.4904	-10.6663	-34.0135
7	0.2811	-0.7583	0.482	3.9002	-3.0825	2.4773	-0.0314	0.0207	0.1529	0.0678	-0.2472	-0.5523	-0.0115	0.2084	0.3145	0.1758	-0.0067	0.0116	0.2304	0.0107	0.2955	6.4337	-24.3256	-22.0431
8	3.0411	0.9787	0.9953	5.7641	-1.277	6.5582	0.0277	0.1258	-0.0435	-0.1951	0.0832	-0.1348	0.2341	0.0506	-0.052	0.1913	0.0048	-0.0248	0.2194	0.0096	0.1824	3.7162	-46.2285	-11.1214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 68 THROUGH 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 195 THROUGH 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 216 THROUGH 248 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 249 THROUGH 287 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 288 THROUGH 337 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 338 THROUGH 370 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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