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- PDB-8uo5: Protein Phosphatase 2A B55 subunit in complex with IER5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uo5
タイトルProtein Phosphatase 2A B55 subunit in complex with IER5
要素
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 3
  • Immediate early response gene 5 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Phosphatase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to heat / regulation of chromosome segregation / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex ...positive regulation of cellular response to heat / regulation of chromosome segregation / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / peptidyl-threonine dephosphorylation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / protein antigen binding / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to morphine / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / protein serine/threonine phosphatase activity / mesoderm development / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / T cell homeostasis / regulation of cell differentiation / regulation of microtubule polymerization / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lateral plasma membrane / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of hippo signaling / protein dephosphorylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Mitotic Prometaphase / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / protein tyrosine phosphatase activity / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein phosphatase 2A binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / AURKA Activation by TPX2 / meiotic cell cycle / chromosome segregation / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / RHO GTPases Activate Formins / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / PKR-mediated signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / response to lead ion / tau protein binding / spindle pole / Negative regulation of MAPK pathway / Cyclin D associated events in G1 / Separation of Sister Chromatids / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
Immediate early response / Immediate early response protein (IER) / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat ...Immediate early response / Immediate early response protein (IER) / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / : / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Immediate early response gene 5 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Jones, D.T.D. / Cao, R. / Rawson, S.D. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA220340 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein Phosphatase 2A B55 subunit in complex with IER5
著者: Jones, D.T.D. / Cao, R. / Rawson, S.D. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
D: Immediate early response gene 5 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7416
ポリマ－166,6204
非ポリマー1212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform


分子量: 68065.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30153
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform


分子量: 51762.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63151
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform


分子量: 38259.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P67775

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Immediate early response gene 5 protein


分子量: 8532.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IER5, PP4583, SBBI48
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5VY09

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PP2A complex with B55 regulatory subunit bound by IER5
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 53.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66568 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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