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万見
- PDB-8unf: Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8unf
タイトルCryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA
要素
  • (Sliding-clamp-loader ...) x 2
  • Sliding clamp
  • primer DNA
  • template DNA
キーワードREPLICATION / active / DNA-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication factor C complex / DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair ...DNA replication factor C complex / DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal ...Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / : / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Sliding clamp / Sliding-clamp-loader large subunit / Sliding-clamp-loader small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Tequatrovirus T4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Huang, Y. / Marcus, K. / Subramanian, S. / Gee, L.C. / Gorday, K. / Ghaffari-Kashani, S. / Luo, X. / Zhang, L. / O'Donnell, M. / Subramanian, S. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Autoinhibition of a clamp-loader ATPase revealed by deep mutagenesis and cryo-EM.
著者: Kendra Marcus / Yongjian Huang / Subu Subramanian / Christine L Gee / Kent Gorday / Sam Ghaffari-Kashani / Xiao Ran Luo / Lisa Zheng / Michael O'Donnell / Sriram Subramaniam / John Kuriyan /
要旨: Clamp loaders are AAA+ ATPases that facilitate high-speed DNA replication. In eukaryotic and bacteriophage clamp loaders, ATP hydrolysis requires interactions between aspartate residues in one ...Clamp loaders are AAA+ ATPases that facilitate high-speed DNA replication. In eukaryotic and bacteriophage clamp loaders, ATP hydrolysis requires interactions between aspartate residues in one protomer, present in conserved 'DEAD-box' motifs, and arginine residues in adjacent protomers. We show that functional defects resulting from a DEAD-box mutation in the T4 bacteriophage clamp loader can be compensated by widely distributed single mutations in the ATPase domain. Using cryo-EM, we discovered an unsuspected inactive conformation of the clamp loader, in which DNA binding is blocked and the catalytic sites are disassembled. Mutations that restore function map to regions of conformational change upon activation, suggesting that these mutations may increase DNA affinity by altering the energetic balance between inactive and active states. Our results show that there are extensive opportunities for evolution to improve catalytic efficiency when an inactive intermediate is involved.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: primer DNA
I: template DNA
H: Sliding clamp
G: Sliding clamp
F: Sliding clamp
E: Sliding-clamp-loader large subunit
D: Sliding-clamp-loader large subunit
C: Sliding-clamp-loader large subunit
B: Sliding-clamp-loader large subunit
A: Sliding-clamp-loader small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,85718
ポリマ－252,85610
非ポリマー2,0018
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 JI

#1: DNA鎖 primer DNA


分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tequatrovirus T4 (ウイルス)
#2: DNA鎖 template DNA


分子量: 7347.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tequatrovirus T4 (ウイルス)

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タンパク質 , 1種, 3分子 HGF

#3: タンパク質 Sliding clamp / GP45


分子量: 24881.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: 45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04525

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Sliding-clamp-loader ... , 2種, 5分子 EDCBA

#4: タンパク質
Sliding-clamp-loader large subunit


分子量: 35834.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: 44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04526
#5: タンパク質 Sliding-clamp-loader small subunit / Clamp loader gp62 subunit / Gene product 62 / gp62


分子量: 21391.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) / 遺伝子: 62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04527

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非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA (gp44+gp62+gp45+DNA)COMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2T4 Bacteriophage Sliding Clamp (gp45)COMPLEX#31RECOMBINANT
3T4 Bacteriophage Clamp Loader (gp44 + gp62)COMPLEX#4-#51RECOMBINANT
4T4 Bacteriophage Clamp Loader subunit A (gp62)COMPLEX#53RECOMBINANT
5T4 Bacteriophage Clamp Loader subunits B,C,D,E(gp44)COMPLEX#43RECOMBINANT
6primed DNA duplexCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.24 MDaNO
21NO
31NO
41NO
54
61NO
76
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
32Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
43Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
54Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
65Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
76Tequatrovirus T4 (ウイルス)10665
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
54Escherichia coli (大腸菌)562
65Escherichia coli (大腸菌)562
76Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3粒子像選択template-free Blob_picker
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正Patch-Based CTF Estimation
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3初期オイラー角割当ab-initio reconstruction
11cryoSPARC3最終オイラー角割当heterogenous refinement
12cryoSPARC3分類heterogenous refinement
13cryoSPARC3３次元再構成Non-uniform refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4206415
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204448 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00418195
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57624794
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.4222754
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442816
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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