PDB-8umf: Structure of PsCas9 in complex with gRNA and DNA in product state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8umf

タイトル

Structure of PsCas9 in complex with gRNA and DNA in product state

要素

(DNA (80-MER)) x 2
Cas9
RNA (121-MER)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Cas9 / CRISPR

機能・相同性

DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Parasutterella secunda (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bravo, J.P.K. / Taylor, D.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-guided engineering of PsCas9 yields a high fidelity and activity enzyme for in vivo gene editing
著者: Bravo, J.P.K. / Taylor, D.W.

履歴

登録	2023年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8umf.cif.gz	348.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8umf.ent.gz	265.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8umf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8umf_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8umf_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8umf_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	8umf_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Cas9

B: RNA (121-MER)

C: DNA (80-MER)

D: DNA (80-MER)

E: DNA (80-MER)

ヘテロ分子

284 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Cas9 分子量: 168224.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parasutterella secunda (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖	RNA (121-MER) 分子量: 41934.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (80-MER) 分子量: 24816.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (80-MER) 分子量: 24530.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: PsCas9 in with gRNA and dsDNA, product state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 0.21154 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 80 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77059 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	15431
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.785	21629
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	19.021	3476
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	2510
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	2138

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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