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- PDB-8uky: Crystal structure of BAK in complex with inhibiting antibody 14G6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uky
タイトルCrystal structure of BAK in complex with inhibiting antibody 14G6
要素
  • 14G6 Fab heavy chain
  • 14G6 Fab light chain
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / BAK / APOPTOSIS-INHIBITOR complex / BCL2 / antibody
機能・相同性T-superfamily conotoxin / chi-Conotoxin or t superfamily / toxin activity / extracellular region / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / ACETONITRILE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chi-conotoxin PnID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Miller, M.S. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 米国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1016701 オーストラリア
Leukemia & Lymphoma Society 米国
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2024
タイトル: A novel inhibitory BAK antibody enables assessment of non-activated BAK in cancer cells.
著者: Subas Satish, H.P. / Iyer, S. / Shi, M.X. / Wong, A.W. / Fischer, K.C. / Wardak, A.Z. / Lio, D. / Brouwer, J.M. / Uren, R.T. / Czabotar, P.E. / Miller, M.S. / Kluck, R.M.
履歴
登録2023年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 14G6 Fab light chain
H: 14G6 Fab heavy chain
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
A: 14G6 Fab light chain
B: 14G6 Fab heavy chain
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,36228
ポリマ－131,0446
非ポリマー2,31822
水4,918273
1
L: 14G6 Fab light chain
H: 14G6 Fab heavy chain
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,48213
ポリマ－65,5223
非ポリマー96010
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
2
A: 14G6 Fab light chain
B: 14G6 Fab heavy chain
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,88015
ポリマ－65,5223
非ポリマー1,35712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.554, 72.622, 75.282
Angle α, β, γ (deg.)103.010, 103.980, 112.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 212)
21(chain L and (resid 1 through 211 or (resid 212...
12(chain B and (resid 1 through 133 or resid 139 through 219))
22chain H
13chain C
23(chain D and (resid 21 through 51 or resid 55 or resid 68 through 183))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLUGLU(chain A and resid 1 through 212)AD1 - 2121 - 212
211ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 211 or (resid 212...LA1 - 2121 - 212
112GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1 through 133 or resid 139 through 219))BE1 - 1331 - 133
122GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 1 through 133 or resid 139 through 219))BE139 - 219139 - 219
212GLUGLULYSLYSchain HHB1 - 2191 - 219
113SERSERLEULEUchain CCC21 - 1835 - 167
213SERSERGLYGLY(chain D and (resid 21 through 51 or resid 55 or resid 68 through 183))DF21 - 515 - 35
223PROPROPROPRO(chain D and (resid 21 through 51 or resid 55 or resid 68 through 183))DF5539
233SERSERLEULEU(chain D and (resid 21 through 51 or resid 55 or resid 68 through 183))DF68 - 18352 - 167

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 14G6 Fab light chain


分子量: 23441.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 14G6 Fab heavy chain


分子量: 23042.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 295分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09 M Bis-Tris chloride, pH 5.5, 22.5% PEG3350, 4% acetonitrile

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.398→45.379 Å / Num. obs: 48280 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.205 % / Biso Wilson estimate: 48.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.462.2580.4471.768046375335630.8240.58694.9
2.46-2.532.2450.372.117820359934840.8820.48396.8
2.53-2.62.1940.3392.397468352234040.8980.44496.6
2.6-2.682.150.2812.847126343433140.9120.3796.5
2.68-2.772.0610.2563.216503327031560.9170.33796.5
2.77-2.872.1420.1934.086588318630760.950.25496.5
2.87-2.972.2580.1714.916753312029910.960.22495.9
2.97-3.12.3050.1346.46524293428300.9760.17696.5
3.1-3.232.2680.117.876354288128020.9790.14597.3
3.23-3.392.2480.08410.025863269926080.9880.1196.6
3.39-3.572.2090.06312.735565259125190.9930.08497.2
3.57-3.792.1790.054145240247224050.9950.07197.3
3.79-4.052.0460.04515.684464228621820.9960.0695.5
4.05-4.382.1450.03719.454412212620570.9970.04996.8
4.38-4.82.3220.03223.214470199719250.9970.04296.4
4.8-5.362.2950.03122.683995179117410.9980.04197.2
5.36-6.192.2330.03621.063359155915040.9970.04796.5
6.19-7.582.0780.03420.722624133212630.9970.04594.8
7.58-10.722.2110.02328.66209410289470.9980.0392.1
10.72-45.3792.320.02133.4611815595090.9980.02891.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.627
最高解像度最低解像度
Rotation45.38 Å2.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2YV6 & 5W5Z

2yv6

5w5z


解像度: 2.398→45.379 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 2413 5.01 %
Rwork0.2148 45796 -
obs0.2167 48209 96.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.12 Å2 / Biso mean: 54.8499 Å2 / Biso min: 20.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.398→45.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8914 0 150 273 9337
Biso mean--69.27 43.75 -
残基数----1157
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1922X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
12L1922X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
21B1895X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
22H1895X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
31C1363X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
32D1363X-RAY DIFFRACTION10.367TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.398-2.44680.3651400.3267265494
2.4468-2.50.32531430.3087270397
2.5-2.55810.29781430.2935271997
2.5581-2.62210.38921430.2837269497
2.6221-2.6930.36161430.2948272396
2.693-2.77220.35071410.2771267796
2.7722-2.86170.32511410.264268197
2.8617-2.96390.28981420.2522268296
2.9639-3.08260.25891410.2429268696
3.0826-3.22290.27551440.2434274097
3.2229-3.39270.26921410.2293269097
3.3927-3.60520.23881450.2027274297
3.6052-3.88340.2451400.2044266997
3.8834-4.2740.22391420.1882270696
4.274-4.89180.18051430.1593270697
4.8918-6.16070.22861430.1803271497
6.1607-45.3790.20181380.1758261094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09912.1263-0.64535.1397-4.65187.49040.0991-0.9261-0.05040.2042-0.385-0.122-0.03080.34110.38550.5653-0.0298-0.22970.62970.1670.6172-8.46427.77538.5076
21.0173-0.04460.48970.31390.40214.84270.1482-0.3965-0.21550.12160.0780.10970.4848-0.2862-0.18450.4611-0.1537-0.1870.47970.20860.6141-9.26772.4272.7428
33.91860.66240.57382.44120.09113.48740.0743-0.10170.00220.33430.1649-0.1052-0.303-0.1919-0.24690.5584-0.0721-0.08980.44710.1570.451614.51746.172330.0092
41.59391.72760.35891.56590.41712.38570.1532-0.1779-0.5264-0.2933-0.01060.06270.64930.0362-0.14350.6296-0.1267-0.25160.36540.13930.647614.5889-7.4184-5.0784
53.6893-0.3610.69671.1166-1.63874.14330.15650.191-0.2193-0.07690.09980.13450.16850.0111-0.20940.3911-0.0748-0.21420.30290.06740.52697.7323-1.3301-12.6531
60.1015-0.73370.34870.1181.11331.34850.4714-0.4677-0.4968-0.0147-0.0856-0.00890.4442-0.142-0.33980.4873-0.1541-0.24130.34750.20640.573410.2035-2.0746-2.8045
79.43732.405-2.97543.1498-2.38891.91650.4341-1.19570.02880.1023-0.3571-0.0931-0.40090.981-0.07820.4749-0.1022-0.13780.42240.1230.477818.422-5.376329.0504
82.0215-0.6982-0.82842.31340.25771.81120.20230.033-0.0212-0.03470.33550.2050.2839-0.6354-0.44860.5231-0.1963-0.29030.53940.21810.587513.9913-7.463423.2283
94.4122-0.1698-2.37964.5369-3.08638.49950.0448-0.2159-0.4521-0.4755-0.09250.03271.4299-0.58890.03150.6785-0.1047-0.3430.33090.15140.630719.8568-14.468226.4554
107.20730.71441.53074.02640.14424.48860.6171-0.189-0.63650.2945-0.0969-0.19820.4590.0525-0.38480.6681-0.2007-0.32380.44840.19830.6637-20.5547-5.6554-20.3868
116.79021.1713-4.63052.5325-0.86984.60020.1116-0.3403-1.5928-0.4437-0.0972-0.00771.6444-0.23820.35860.7051-0.2885-0.38520.59810.29821.1256-23.1925-11.9509-23.475
124.2546-0.8029-0.1576.03861.44386.85330.24180.933-0.4674-0.00350.0658-0.59830.61191.0745-0.34650.7379-0.0406-0.18460.93350.12390.5571-11.45652.3225-33.9538
135.47610.04092.44910.8057-0.57242.412-0.0320.26920.2614-0.3638-0.03210.0266-0.16880.21430.03120.5918-0.1791-0.23650.43170.20490.5572-17.74014.8399-26.0365
144.08091.90420.3617.98910.19324.2863-0.0113-0.4394-0.1131-0.1112-0.03571.57790.0162-0.80140.0440.5196-0.1714-0.30760.63770.27510.8979-33.4744-1.2232-25.5114
154.3087-3.77581.90417.1491-3.26653.7039-0.2109-0.5-0.07890.49590.08260.3002-0.0303-0.49850.13540.4324-0.1009-0.15430.5470.05270.3883-54.998631.989514.7406
163.5404-0.6680.93972.914-0.30652.7681-0.4926-0.09170.91710.1345-0.0492-0.3738-0.49280.12160.47030.4887-0.1011-0.2480.44340.06150.521-45.716836.645411.6097
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185.4629-0.43811.78913.35861.54431.7690.0523-0.1514-0.3363-0.01980.12730.26810.0312-0.1797-0.19820.3416-0.0727-0.05040.33760.16460.4684-78.43933.9627-11.2038
193.94751.39242.48413.53530.87834.51110.20610.1695-0.0660.22130.14410.20090.3435-0.2732-0.29840.3967-0.0581-0.08960.41140.17730.6061-77.634434.9671-10.8075
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213.17070.78990.97622.32220.01620.6626-0.07780.6038-0.0141-0.32420.0917-0.343-0.40370.84370.00730.4809-0.17-0.13230.54140.25350.512-43.517724.458-12.7423
222.1790.71041.67222.55880.44182.5609-0.03530.58740.11730.1574-0.1904-0.3604-0.29830.45570.24370.3454-0.1457-0.14170.50050.17740.4654-39.3624.8025-3.1623
231.9061-1.005-0.58752.11771.17233.6008-0.7765-0.03490.14610.16360.4333-0.1020.6230.08650.19160.3551-0.1269-0.16060.3030.14290.4623-38.750817.5361.8299
246.04190.95130.37754.44721.60873.0929-0.11740.3214-0.16010.20110.1033-0.01410.05620.0967-0.01610.3484-0.0765-0.15450.30190.08840.4167-39.089416.1624-5.0831
250.8274-0.1495-0.26210.1179-0.12430.07960.13510.65310.2867-0.2378-0.4606-0.1540.00110.6360.11110.4162-0.2245-0.20240.36420.21460.5624-47.236424.6929-6.5559
261.00950.75010.625.54932.8135.7430.0488-0.4986-0.3152-0.5106-0.70131.3194-0.3687-1.1560.81110.33940.0333-0.09210.71250.05720.7027-78.607842.7315-18.7958
273.1984-1.54080.17264.5577-0.03121.43530.11340.0530.00870.0479-0.2858-0.09930.06920.04290.17850.3721-0.1051-0.15610.33050.0960.3915-65.740838.0863-17.3018
282.6682-0.234-0.00235.5443-0.19052.8865-0.0802-0.02470.5698-0.1856-0.13910.0601-0.23220.16480.18390.446-0.1998-0.24330.35070.15480.5389-69.803346.0153-19.5741
296.2557-4.19291.61183.6546-0.86924.26570.26750.5660.6431-1.0016-0.419-0.54380.66140.06190.22710.6263-0.0037-0.09550.44060.25280.4763-66.524441.0966-27.0856
304.9297-0.0995-0.32973.37731.15393.7833-0.18930.75210.91470.33670.0848-0.4259-0.3615-0.29540.11190.6287-0.2095-0.33440.55750.28960.8403-24.581333.737919.5048
311.89940.08820.95230.98031.71794.49150.17650.28810.2126-0.0385-0.2954-0.8214-0.15111.0098-0.05640.5959-0.1785-0.33670.81830.31840.9764-16.851727.722116.0935
323.89650.60574.69111.24440.9977.11720.020.2373-0.32350.0263-0.056-0.04430.3140.3985-0.05660.5149-0.1168-0.22870.42590.16780.6042-24.312520.030923.1451
334.86760.13371.45824.01540.77876.1095-0.2327-0.93650.74340.7402-0.2346-0.0061-0.4703-0.31720.2530.6208-0.0631-0.26940.44640.1280.5812-26.299429.255127.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 19 through 112 )L19 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 113 through 212 )L113 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 18 through 83 )H18 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 84 through 124 )H84 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 125 through 150 )H125 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 151 through 195 )H151 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 196 through 219 )H196 - 219
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 21 through 50 )C21 - 50
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 51 through 83 )C51 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 84 through 106 )C84 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 107 through 164 )C107 - 164
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 165 through 183 )C165 - 183
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1 through 32 )A1 - 32
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 33 through 75 )A33 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 76 through 112 )A76 - 112
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 113 through 162 )A113 - 162
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 163 through 196 )A163 - 196
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 197 through 213 )A197 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 1 through 17 )B1 - 17
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 18 through 44 )B18 - 44
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 45 through 60 )B45 - 60
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 61 through 83 )B61 - 83
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 84 through 124 )B84 - 124
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 125 through 139 )B125 - 139
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 140 through 180 )B140 - 180
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 181 through 205 )B181 - 205
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 206 through 219 )B206 - 219
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 21 through 50 )D21 - 50
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 51 through 99 )D51 - 99
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 100 through 144 )D100 - 144
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 145 through 183 )D145 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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