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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uki | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 04_A06 Fab | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab / broadly neutralizing antibody / HIV-1 / CD4 binding site | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DeLaitsch, A.T. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 04_A06 Fab 著者: DeLaitsch, A.T. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ngbS S: 精密化の開始モデル |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 26690.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23142.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 8% v/v Tacsimate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→38.7 Å / Num. obs: 52273 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2575 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.45 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3NGB 解像度: 1.75→38.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.7 Å
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