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- PDB-8ukh: Crystal structure of Plasmodium falciparum CelTOS in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ukh
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum CelTOS in complex with antibody 4h12
要素
  • 4h12 heavy chain
  • 4h12 light chain
  • Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
キーワードCELL INVASION / transmission-blocking / membrane disruption
機能・相同性Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites / Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Tang, W.K. / Tolia, N.H. / Urusova, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Multistage protective anti-CelTOS monoclonal antibodies with cross-species sterile protection against malaria.
著者: Tang, W.K. / Salinas, N.D. / Kolli, S.K. / Xu, S. / Urusova, D.V. / Kumar, H. / Jimah, J.R. / Subramani, P.A. / Ogbondah, M.M. / Barnes, S.J. / Adams, J.H. / Tolia, N.H.
履歴
登録2023年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
B: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
C: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
D: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
H: 4h12 heavy chain
I: 4h12 heavy chain
J: 4h12 heavy chain
K: 4h12 heavy chain
L: 4h12 light chain
M: 4h12 light chain
N: 4h12 light chain
O: 4h12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,71212
ポリマ－259,71212
非ポリマー00
水19811
1
A: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
B: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
H: 4h12 heavy chain
I: 4h12 heavy chain
L: 4h12 light chain
M: 4h12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8566
ポリマ－129,8566
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
D: Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
J: 4h12 heavy chain
K: 4h12 heavy chain
N: 4h12 light chain
O: 4h12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8566
ポリマ－129,8566
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.689, 59.728, 153.445
Angle α, β, γ (deg.)82.070, 82.200, 72.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites


分子量: 18675.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1216600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5P1
#2: 抗体
4h12 heavy chain


分子量: 23029.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体
4h12 light chain


分子量: 23222.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium acetate and 21% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 23861 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.98 % / Biso Wilson estimate: 38.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル解像度: 3.52→3.62 Å / Num. unique obs: 2292 / CC1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→19.86 Å / SU ML: 0.3544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.5628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2935 1212 5.08 %
Rwork0.2676 22645 -
obs0.269 23857 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14752 0 0 11 14763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002415080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.648820511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06252358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.63052042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.52-3.660.31121410.29792318X-RAY DIFFRACTION92.44
3.66-3.820.32631430.2932525X-RAY DIFFRACTION97.34
3.82-4.020.36621460.28432530X-RAY DIFFRACTION96.54
4.02-4.270.30341400.26912552X-RAY DIFFRACTION98.18
4.27-4.60.27331360.24532554X-RAY DIFFRACTION98.53
4.6-5.050.27531290.24772532X-RAY DIFFRACTION97.76
5.05-5.770.28861220.26582539X-RAY DIFFRACTION98.26
5.77-7.210.30091360.28952571X-RAY DIFFRACTION98.8
7.21-19.860.21841190.24412524X-RAY DIFFRACTION96.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03004570402460.00908996937691-0.03966673922170.0137769359845-0.02198061945850.06438332000610.06376267996840.00656135614716-0.0727434505206-0.107137647293-0.06527252664280.09728678137270.144322974477-0.09429483245220.0008325649230360.821428871699-0.06097239260520.03189407130491.035179486220.2042622968620.61576894714341.800618842226.6533389701-21.72333006
20.02461069865590.0120122863537-0.03472025399050.0273074625474-0.03723024889490.0647278628520.0234583456653-0.06073285856630.05723846881770.04012634304140.0378455088706-0.0501625768522-0.1235494070080.06936454409860.001371169289740.975472544110.001026877745630.03471266020161.02427652655-0.01221330229190.54516392680732.711446311720.2097158148-15.381522411
30.1971281266930.0367942211892-0.2554307370250.0145927557528-0.05808112767350.349710456061-0.1284164772230.20526534388-0.202098691475-0.166246363513-0.05759270397450.1281565867150.310095570964-0.134453975348-0.03758039592890.375773846988-0.0198094698709-0.09206996249580.2854590372160.08341587174740.873341842978-52.7585438813-29.4139512013-97.6316697327
40.04859116400330.0211069270813-0.1042245239850.0217820284233-0.0572736585210.230676777971-0.09908258088-0.1446553788050.07254168814960.121676195162-0.0575104621488-0.247222815508-0.1848285434480.349771257501-0.006267631094640.33343451745-0.02683845889640.0171187870530.29477481868-0.006171387330940.803055032311-61.3485791288-35.6794243393-90.7929665076
50.02941059361240.0127624398063-0.02700600688430.06685017527380.03101683816050.1077797878920.0202552179811-0.0335331784443-0.0573744192845-0.0298080578338-0.05631389217530.0213372845281-0.0200484548620.06229824434070.0005113811587560.909441715144-0.02880476690550.04679409038731.18665299966-0.03519733913710.26624390898471.078144631862.0853281079-3.09204240965
60.074068937188-0.0147778573153-0.0215977082710.100635343637-0.01131153849080.2128896617170.007409828534420.0309923627997-0.0117297984447-0.101848095291-0.0512612503337-0.06326726642940.08482147254970.111374201803-0.01118348571290.9432747133480.02701570417960.005575934867860.9999850295670.07043506866810.261447757913-9.473541912923.08808434931-33.9311089649
70.082228746191-0.0526265410259-0.03235152117550.2218949174020.02383224433530.06299053480770.03367026740110.0184870634997-0.04556902579740.0902679493333-0.01506107778170.09786250482680.01427377913290.07709888435290.1191729594670.138377012954-0.105440279458-0.114715488459-0.146191735066-0.1089667932181.04204956891-23.33435734185.62397767875-78.6451611725
80.313616202768-0.0483128336438-0.1408621556250.150187356547-0.1442694947810.2578976645220.06687872182660.3210993001960.0787126947623-0.09377221154710.0468678611317-0.100696693851-0.0741534245464-0.1793598511890.2384900456170.0278656986467-0.265538065946-0.143414544437-0.277295060808-0.07690656693171.06808966879-103.859024841-53.2022957184-109.741657578
90.05349114792630.03972576420450.004782648018440.108214603667-0.05021693138150.0113531190179-0.0895855640106-0.0393711257125-0.03537559413420.1448128539860.0326944986939-0.138771921159-0.02886314950440.1549699147290.007573898353111.124489781430.0790242292423-0.000900080749961.200528452760.03693237301630.23914297178381.842659317849.75806397453.42329093723
100.0314351264056-0.00106790826702-0.01309285669510.0369704031284-0.009413871202230.003765608327270.05021118917710.107624010514-0.0681898097772-0.0187737560732-0.07623490433830.02543177289260.137073884377-0.0285593891378-0.003871683232851.020803956120.06145064453810.026533449061.111764693450.01666235853980.243062815537-1.08803765195-11.0065589754-40.4876859289
110.172705649666-0.0603285248567-0.04052227354560.194083195241-0.09170866227990.05942839482840.0175432002238-0.154777093202-0.1420048067810.204831259370.015360683171-0.0735576847831-0.1174294416480.1032998118610.01211722702930.281494903676-0.121278587746-0.03669979176190.1456275787590.028701499890.887936339852-12.5824616463-6.65455552002-72.1955763308
120.268207048573-0.06632338255-0.2162154752050.239817479375-0.2110087997880.5428562662730.07332776262590.200655788647-0.172789743386-0.08347840188240.0375986754537-0.0372818135950.167103722404-0.2476687497570.1635358848110.195691082830.1013489756750.02547946733790.129485231778-0.08077248706581.04678889574-95.3081369128-67.160366984-116.067615369
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A'AA60 - 1161 - 57
22chain 'B'BB60 - 1151 - 56
33chain 'C'CC59 - 1161 - 58
44chain 'D'DD59 - 1161 - 58
55chain 'H'HE1 - 2171 - 217
66chain 'I'IF1 - 2171 - 217
77chain 'J'JG1 - 2171 - 217
88chain 'K'KH1 - 2181 - 218
99chain 'L'LI1 - 2101 - 210
1010chain 'M'MJ1 - 2101 - 210
1111chain 'N'NK1 - 2101 - 210
1212chain 'O'OL1 - 2101 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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