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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ujm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CTDNEP1-NEP1R1 protein phosphatase complex with magnesium | ||||||
要素 | CTD nuclear envelope phosphatase 1,Nuclear envelope phosphatase-regulatory subunit 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / phosphatase / nuclear envelope | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nem1-Spo7 phosphatase complex / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / mitotic nuclear membrane disassembly / gamete generation / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / mesoderm development ...Nem1-Spo7 phosphatase complex / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / mitotic nuclear membrane disassembly / gamete generation / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / mesoderm development / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / : / protein dephosphorylation / lipid droplet / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.161 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, S. / Airola, M.V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Structure and mechanism of the human CTDNEP1-NEP1R1 membrane protein phosphatase complex necessary to maintain ER membrane morphology. 著者: Gao, S. / Carrasquillo Rodriguez, J.W. / Bahmanyar, S. / Airola, M.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ujm.cif.gz | 238.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ujm.ent.gz | 156.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ujm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ujm_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ujm_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ujm_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ujm_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ujlC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31697.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTDNEP1, CNEP1R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95476, UniProt: H3BUT5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate, 0.4% CHAPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月23日 / 詳細: KB bimorph mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.161→50.45 Å / Num. obs: 30755 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09156 / Rpim(I) all: 0.09156 / Rrim(I) all: 0.1295 / Net I/σ(I): 5.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.161→2.238 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7214 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 3010 / CC1/2: 0.385 / CC star: 0.746 / Rpim(I) all: 0.7214 / Rrim(I) all: 1.02 / % possible all: 98.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.161→50.45 Å / SU ML: 0.2389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3372 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.161→50.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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