PDB-8uiw: yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with chelerythrine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uiw

タイトル

yjdF riboswitch from R. gauvreauii in complex with chelerythrine bound to Fab BL3-6 S97N

要素

(Fab BL3-6 S97N ...) x 2
yjdF RNA (R. gauvreauii)

キーワード

RNA / riboswitch / azaaromatic / translation / antibody

機能・相同性

Chem-CTI / : / OSMIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Ruminococcus gauvreauii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Krochmal, D. / Lewicka, A. / Piccirilli, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural basis for promiscuity in ligand recognition by yjdF riboswitch.
著者: Krochmal, D. / Roman, C. / Lewicka, A. / Shao, Y. / Piccirilli, J.A.

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uiw.cif.gz	713.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uiw.ent.gz	520.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uiw_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uiw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8uiw_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	8uiw_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiw	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

N: yjdF RNA (R. gauvreauii)

R: yjdF RNA (R. gauvreauii)

A: Fab BL3-6 S97N heavy chain

H: Fab BL3-6 S97N heavy chain

B: Fab BL3-6 S97N light chain

L: Fab BL3-6 S97N light chain

ヘテロ分子

181 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

N: yjdF RNA (R. gauvreauii)

H: Fab BL3-6 S97N heavy chain

L: Fab BL3-6 S97N light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
90.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

R: yjdF RNA (R. gauvreauii)

A: Fab BL3-6 S97N heavy chain

B: Fab BL3-6 S97N light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.792, 77.438, 95.848
Angle α, β, γ (deg.)	87.190, 88.430, 88.050
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "H"
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "L"
d_1	ens_3	chain "N"
d_2	ens_3	(chain "R" and (resid 1 through 75 or resid 82 through 128))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLU	GLU	CYS	CYS	A	C	4 - 228	4 - 228
d_2	1	ens_1	GLU	GLU	CYS	CYS	H	D	4 - 228	4 - 228
d_1	1	ens_2	SER	SER	CYS	CYS	B	E	1 - 215	1 - 215
d_2	1	ens_2	SER	SER	CYS	CYS	L	F	1 - 215	1 - 215
d_1	1	ens_3	GTP	GTP	GTP	GTP	N	A	1	1
d_1	2	ens_3	G	G	C	C	N	A	2 - 4	2 - 4
d_2	1	ens_3	GTP	GTP	GTP	GTP	R	B	1	1
d_2	2	ens_3	G	G	C	C	R	B	2 - 4	2 - 4

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.877447933612, 0.455935098991, -0.149024525864), (-0.463951728644, 0.885579142792, -0.0223243217275), (0.121794570033, 0.088728616354, 0.988581466218)	29.9529342821, 19.090083379, -41.4230407058
2	given	(0.91104738626, 0.36187255309, -0.197587740788), (-0.381207699839, 0.921888677415, -0.0692961473455), (0.157077527269, 0.138454042099, 0.97783287358)	32.8235117976, 23.8437372626, -41.0125474313
3	given	(0.98892950409, 0.0547832066202, -0.137902995665), (-0.0302219029477, 0.984234247802, 0.174268706415), (0.145275849759, -0.168171774462, 0.974993939341)	-36.0431266352, -28.4589768145, 55.8797099939

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 NR

#1: RNA鎖	yjdF RNA (R. gauvreauii) 分子量: 41274.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ruminococcus gauvreauii (バクテリア)

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#2: 抗体	Fab BL3-6 S97N heavy chain 分子量: 24766.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab BL3-6 S97N light chain 分子量: 23421.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CTI / 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium / chelerythrine 分子量: 348.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-OS / OSMIUM ION 分子量: 190.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→95.7 Å / Num. obs: 87020 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 99.15 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.77→2.86 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.748 / Num. unique obs: 8106 / CC_1/2: 0.524 / R_pim(I) all: 0.823 / R_rim(I) all: 1.935 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.77→95.7 Å / SU ML: 0.5952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.9319
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	3893	4.47 %
R_work	0.2111	83127	-
obs	0.212	87020	90.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 131.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→95.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6646	5336	62	7	12051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	12821
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3569	18610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1111	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4618	3969

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	O	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.84282705447
ens_2	d_2	M	R	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.15336962699
ens_3	d_2	I	R	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	4.45926785398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.77-2.8	0.6867	115	0.6318	2614	X-RAY DIFFRACTION	78.02
2.8-2.84	0.6024	136	0.6058	2716	X-RAY DIFFRACTION	84.83
2.84-2.87	0.5181	130	0.5012	2889	X-RAY DIFFRACTION	84.66
2.87-2.91	0.4892	128	0.4686	2809	X-RAY DIFFRACTION	88.3
2.91-2.95	0.4331	159	0.4086	3083	X-RAY DIFFRACTION	93.16
2.95-3	0.3606	136	0.3665	3072	X-RAY DIFFRACTION	91.92
3-3.04	0.3526	142	0.3255	2985	X-RAY DIFFRACTION	92.57
3.05-3.1	0.3335	147	0.2834	3083	X-RAY DIFFRACTION	92.34
3.1-3.15	0.3449	134	0.2774	3039	X-RAY DIFFRACTION	92.62
3.15-3.21	0.2977	122	0.2641	2989	X-RAY DIFFRACTION	91.23
3.21-3.27	0.2875	169	0.2756	3006	X-RAY DIFFRACTION	91.55
3.27-3.33	0.3184	136	0.2778	3060	X-RAY DIFFRACTION	91.84
3.33-3.41	0.3072	143	0.2962	2911	X-RAY DIFFRACTION	90.62
3.41-3.49	0.3695	136	0.2508	2906	X-RAY DIFFRACTION	87.92
3.49-3.57	0.2777	142	0.2496	2767	X-RAY DIFFRACTION	83.54
3.57-3.67	0.2372	128	0.228	3110	X-RAY DIFFRACTION	93.75
3.67-3.78	0.2694	141	0.2293	3035	X-RAY DIFFRACTION	94.58
3.78-3.9	0.2837	153	0.2205	3097	X-RAY DIFFRACTION	93.71
3.9-4.04	0.2252	122	0.2224	3085	X-RAY DIFFRACTION	92.74
4.04-4.2	0.275	142	0.2136	3005	X-RAY DIFFRACTION	92.34
4.2-4.39	0.1791	150	0.2026	2994	X-RAY DIFFRACTION	90.71
4.39-4.62	0.2341	133	0.1686	2862	X-RAY DIFFRACTION	87.52
4.62-4.91	0.1941	134	0.1752	2984	X-RAY DIFFRACTION	90.64
4.91-5.29	0.2055	147	0.1712	3079	X-RAY DIFFRACTION	93.89
5.29-5.82	0.1903	160	0.1905	3048	X-RAY DIFFRACTION	93.09
5.83-6.67	0.2056	138	0.2043	3002	X-RAY DIFFRACTION	90.54
6.67-8.4	0.2062	130	0.1867	2953	X-RAY DIFFRACTION	89.52
8.4-95.7	0.1514	140	0.1508	2944	X-RAY DIFFRACTION	89.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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23	3.87443389382	-1.83229814643	2.25617098608	6.24277498761	2.80903409019	7.97388136291	-0.233916105165	0.140677100785	-1.35881313987	0.0557864244028	1.63995064167	2.23268839634	2.37722641052	-1.09784455134	-0.598018308465	1.68521843468	0.139968703826	-0.635763567651	0.567626075749	-0.0594434853097	1.34146623386	-20.0738399623	-12.7998805101	62.4284146016
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27	3.17277394067	2.04098807425	-2.81984929916	2.84309001273	1.91083967842	9.34066126113	0.555869986057	-1.37047320323	-0.183472956656	0.361229641801	0.127343821005	-0.404429299308	0.2496545438	-0.798120922725	-0.662724166101	2.23600131419	0.662373521374	-0.378169822221	1.72115230609	0.242079287409	1.28799871257	-17.2728017478	-14.5335541806	72.0239725074
28	7.56580302131	-6.67789681029	3.13780828882	6.31681067844	-2.50194582164	7.58799184737	0.125982065024	-0.349118087486	-1.01304801924	0.295929892722	0.24637547622	0.367865566894	1.54883863586	-0.759145235774	-0.45155069884	1.23643289669	-0.273778049299	-0.144736227484	0.670230904557	0.0866666689623	0.984478721422	-0.106454335239	15.8826464096	-14.4077569504
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30	8.01413489741	2.15887749273	-7.70306236116	4.27075433957	-4.45361435436	8.85172128809	-0.0313848296844	-0.876443930702	-0.778658119167	0.822721225757	0.0434461582823	0.296033918285	2.22746226085	0.497010341786	0.0661876229598	1.39135886524	-0.0753437689823	-0.229250078981	0.865355636582	0.0352344645902	0.963402017173	8.66226762027	14.0468820675	1.18730368833
31	7.34210231317	-2.28489951445	-3.57519400825	9.4384232675	2.23969089162	9.87098551977	0.21868853272	-1.12168208769	-0.952646508924	0.158054412847	0.0352132575948	0.741368984211	0.843760360898	-0.179406150544	-0.189948519871	0.605096296428	-0.159418327755	-0.209923581641	1.02331258754	0.184635574876	0.959637807361	-2.75907837384	19.5493746025	19.1121048587
32	4.59876996466	0.562015123548	1.26909890369	5.79763349621	4.93774004137	4.28492948321	0.573501261894	0.189165333261	-1.31538559118	1.11805596306	-0.13342285429	0.7082761239	1.01351766617	-0.742762935118	-0.319876219577	1.07986644683	-0.308677490936	-0.237691411318	1.14621698301	0.32120995023	1.61952084208	-11.0093191171	16.3604329309	16.3693811845
33	7.81235575497	-2.33612143752	-5.18688277741	4.50006855851	3.09752797682	9.72614784914	0.451058830629	-0.128823234284	-0.0756786207502	0.101983148051	-0.0547332106055	0.261981477078	0.491732785317	-0.520265348102	-0.189773497031	1.1893232118	-0.123541145648	-0.225820587166	1.1219865926	0.254026559184	1.07001067524	-2.17004125526	21.5291386645	15.7176495209
34	8.10325993877	0.73376923286	-1.74119783685	2.7350835059	2.11517261877	6.0165852949	0.0524276514465	-0.472932419816	-1.13841668697	1.14575958221	0.936766876921	-1.36615061884	2.36528236286	0.117525402246	0.237275637827	1.4991472337	-0.242834073332	0.0592196616228	1.09961156122	0.557485573048	1.16404041087	-3.50239789176	11.3276844147	23.1758059466

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'N' and (resid 2 through 31 )	N	I	2 - 31
2	2	chain 'N' and (resid 32 through 51 )	N	I	32 - 51
3	3	chain 'N' and (resid 52 through 98 )	N	I	52 - 98
4	4	chain 'N' and (resid 99 through 128 )	N	I	99 - 128
5	5	chain 'R' and (resid 2 through 21 )	R	K	2 - 21
6	6	chain 'R' and (resid 22 through 41 )	R	K	22 - 41
7	7	chain 'R' and (resid 42 through 71 )	R	K	42 - 71
8	8	chain 'R' and (resid 72 through 128 )	R	K	72 - 128
9	9	chain 'A' and (resid 4 through 20 )	A	P	4 - 20	1 - 17
10	10	chain 'A' and (resid 21 through 102 )	A	P	21 - 102	18 - 99
11	11	chain 'A' and (resid 103 through 136 )	A	P	103 - 136	100 - 133
12	12	chain 'A' and (resid 137 through 157 )	A	P	137 - 157	134 - 154
13	13	chain 'A' and (resid 158 through 169 )	A	P	158 - 169	155 - 166
14	14	chain 'A' and (resid 170 through 228 )	A	P	170 - 228	167 - 225
15	15	chain 'H' and (resid 4 through 36 )	H	Q	4 - 36	1 - 33
16	16	chain 'H' and (resid 37 through 136 )	H	Q	37 - 136	34 - 133
17	17	chain 'H' and (resid 137 through 157 )	H	Q	137 - 157	134 - 154
18	18	chain 'H' and (resid 158 through 228 )	H	Q	158 - 228	155 - 225
19	19	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	R	1 - 26	1 - 26
20	20	chain 'B' and (resid 27 through 102 )	B	R	27 - 102	27 - 102
21	21	chain 'B' and (resid 103 through 114 )	B	R	103 - 114	103 - 114
22	22	chain 'B' and (resid 115 through 129 )	B	R	115 - 129	115 - 129
23	23	chain 'B' and (resid 130 through 151 )	B	R	130 - 151	130 - 151
24	24	chain 'B' and (resid 152 through 164 )	B	R	152 - 164	152 - 164
25	25	chain 'B' and (resid 165 through 175 )	B	R	165 - 175	165 - 175
26	26	chain 'B' and (resid 176 through 189 )	B	R	176 - 189	176 - 189
27	27	chain 'B' and (resid 190 through 215 )	B	R	190 - 215	190 - 215
28	28	chain 'L' and (resid 1 through 26 )	L	S	1 - 26	1 - 26
29	29	chain 'L' and (resid 27 through 102 )	L	S	27 - 102	27 - 102
30	30	chain 'L' and (resid 103 through 114 )	L	S	103 - 114	103 - 114
31	31	chain 'L' and (resid 115 through 151 )	L	S	115 - 151	115 - 151
32	32	chain 'L' and (resid 152 through 164 )	L	S	152 - 164	152 - 164
33	33	chain 'L' and (resid 165 through 189 )	L	S	165 - 189	165 - 189
34	34	chain 'L' and (resid 190 through 215 )	L	S	190 - 215	190 - 215

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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