PDB-8uiv: H47Q NicC with bound FAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uiv

タイトル

H47Q NicC with bound FAD

要素

6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavin monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase activity / nicotinate catabolic process / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.511 Å

データ登録者

Hicks, K.A. / Perry, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: Ligand bound structure of a 6-hydroxynicotinic acid 3-monooxygenase provides mechanistic insights.
著者: Turlington, Z.R. / Vaz Ferreira de Macedo, S. / Perry, K. / Belsky, S.L. / Faust, J.A. / Snider, M.J. / Hicks, K.A.

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uiv.cif.gz	217.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uiv.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uiv_validation.pdf.gz	711.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uiv_full_validation.pdf.gz	714.8 KB	表示
XML形式データ	8uiv_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	8uiv_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uiqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.468, 69.735, 115.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase 分子量: 45420.066 Da / 分子数: 1 / 変異: H47Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: nicC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88FY2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 15-25% polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.2 M magnesium chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 183 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.511→57.82 Å / Num. obs: 60145 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04954 / Net I/σ(I): 15.69
反射シェル	解像度: 1.511→1.565 Å / R_merge(I) obs: 0.827 / Num. unique obs: 5943 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.511→57.82 Å / SU ML: 0.2123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.9103
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	5259	4.99 %
R_work	0.1764	100226	-
obs	0.178	60141	90.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.511→57.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2930	0	53	425	3408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0151	3078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3879	4192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0826	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0245	540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9994	423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.511-1.53	0.3919	154	0.3441	3306	X-RAY DIFFRACTION	89.31
1.53-1.55	0.3572	177	0.3252	3276	X-RAY DIFFRACTION	89.78
1.55-1.56	0.2945	195	0.3167	3285	X-RAY DIFFRACTION	89.67
1.56-1.58	0.3058	162	0.2927	3347	X-RAY DIFFRACTION	89.54
1.58-1.61	0.2849	174	0.2871	3284	X-RAY DIFFRACTION	90.41
1.61-1.63	0.3294	193	0.2764	3271	X-RAY DIFFRACTION	89.09
1.63-1.65	0.3231	157	0.2639	3369	X-RAY DIFFRACTION	90.16
1.65-1.68	0.313	176	0.252	3251	X-RAY DIFFRACTION	89.64
1.68-1.7	0.2467	157	0.2428	3377	X-RAY DIFFRACTION	90.25
1.7-1.73	0.2477	162	0.2289	3301	X-RAY DIFFRACTION	89.85
1.73-1.76	0.2477	176	0.2241	3375	X-RAY DIFFRACTION	90.45
1.76-1.79	0.2302	182	0.2154	3252	X-RAY DIFFRACTION	90.04
1.79-1.83	0.2255	135	0.2119	3389	X-RAY DIFFRACTION	90.22
1.83-1.86	0.2119	198	0.2054	3310	X-RAY DIFFRACTION	90.88
1.86-1.9	0.2139	209	0.2122	3344	X-RAY DIFFRACTION	91.2
1.9-1.95	0.2481	181	0.2117	3235	X-RAY DIFFRACTION	88.8
1.95-2	0.1951	173	0.1953	3259	X-RAY DIFFRACTION	88.16
2-2.05	0.2504	166	0.1863	3409	X-RAY DIFFRACTION	91.88
2.05-2.11	0.2194	160	0.1751	3421	X-RAY DIFFRACTION	92.1
2.11-2.18	0.2194	219	0.18	3374	X-RAY DIFFRACTION	92.6
2.18-2.26	0.2066	185	0.1666	3381	X-RAY DIFFRACTION	92.12
2.26-2.35	0.1966	202	0.1682	3361	X-RAY DIFFRACTION	92.69
2.35-2.45	0.1961	162	0.171	3401	X-RAY DIFFRACTION	92.35
2.45-2.58	0.1993	163	0.1712	3398	X-RAY DIFFRACTION	91.59
2.58-2.74	0.2203	177	0.1818	3399	X-RAY DIFFRACTION	91.83
2.74-2.96	0.2235	167	0.169	3366	X-RAY DIFFRACTION	91.55
2.96-3.25	0.2172	185	0.1556	3358	X-RAY DIFFRACTION	91.46
3.25-3.73	0.1764	179	0.143	3223	X-RAY DIFFRACTION	87.93
3.73-4.69	0.1569	176	0.1231	3475	X-RAY DIFFRACTION	93.76
4.69-57.82	0.1817	157	0.1647	3429	X-RAY DIFFRACTION	92.61

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.92310733742 Å / Origin y: -1.1871841697 Å / Origin z: 24.3229243854 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.101855572274 Å²	-0.0112629169894 Å²	0.00168121387095 Å²	-	0.107430345609 Å²	0.00155124617476 Å²	-	-	0.127052006648 Å²
L	0.535888534616 °²	-0.25730244554 °²	0.391091527726 °²	-	0.676373645773 °²	-0.165255362007 °²	-	-	1.13278962822 °²
S	-0.00729229846041 Å °	0.0215602545584 Å °	0.0302680107257 Å °	-0.0456128142837 Å °	-0.000270685466692 Å °	-0.00803149633904 Å °	0.0149156797755 Å °	0.0483554038461 Å °	0.00209942532998 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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