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- PDB-8uib: Structure of the human INTS9-INTS11-BRAT1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uib
タイトルStructure of the human INTS9-INTS11-BRAT1 complex
要素
  • BRCA1-associated ATM activator 1
  • Integrator complex subunit 11
  • Integrator complex subunit 9
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex / Chaperone / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


integrator complex assembly / ribonuclease inhibitor activity / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / mitochondrion localization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcription initiation surveillance ...integrator complex assembly / ribonuclease inhibitor activity / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / mitochondrion localization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein localization to nucleus / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell growth / blood microparticle / cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BRCA1-associated ATM activator 1 / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain ...BRCA1-associated ATM activator 1 / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / Integrator complex assembly factor BRAT1 / Integrator complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Lin, M. / Tong, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118093 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170593 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Cytoplasmic binding partners of the Integrator endonuclease INTS11 and its paralog CPSF73 are required for their nuclear function.
著者: Min-Han Lin / Madeline K Jensen / Nathan D Elrod / Hsu-Feng Chu / MaryClaire Haseley / Alissa C Beam / Kai-Lieh Huang / Wesley Chiang / William K Russell / Kelsey Williams / Christoph ...著者: Min-Han Lin / Madeline K Jensen / Nathan D Elrod / Hsu-Feng Chu / MaryClaire Haseley / Alissa C Beam / Kai-Lieh Huang / Wesley Chiang / William K Russell / Kelsey Williams / Christoph Pröschel / Eric J Wagner / Liang Tong /
要旨: INTS11 and CPSF73 are metal-dependent endonucleases for Integrator and pre-mRNA 3'-end processing, respectively. Here, we show that the INTS11 binding partner BRAT1/CG7044, a factor important for ...INTS11 and CPSF73 are metal-dependent endonucleases for Integrator and pre-mRNA 3'-end processing, respectively. Here, we show that the INTS11 binding partner BRAT1/CG7044, a factor important for neuronal fitness, stabilizes INTS11 in the cytoplasm and is required for Integrator function in the nucleus. Loss of BRAT1 in neural organoids leads to transcriptomic disruption and precocious expression of neurogenesis-driving transcription factors. The structures of the human INTS9-INTS11-BRAT1 and Drosophila dIntS11-CG7044 complexes reveal that the conserved C terminus of BRAT1/CG7044 is captured in the active site of INTS11, with a cysteine residue directly coordinating the metal ions. Inspired by these observations, we find that UBE3D is a binding partner for CPSF73, and UBE3D likely also uses a conserved cysteine residue to directly coordinate the active site metal ions. Our studies have revealed binding partners for INTS11 and CPSF73 that behave like cytoplasmic chaperones with a conserved impact on the nuclear functions of these enzymes.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Integrator complex subunit 9
K: Integrator complex subunit 11
T: BRCA1-associated ATM activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,9745
ポリマ－229,8443
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 9


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 11


分子量: 67756.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5TA45
#3: タンパク質 BRCA1-associated ATM activator 1


分子量: 88195.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PJG6
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of BRAT1-IntS9-IntS11 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.230 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 58.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1112411
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185172 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00612129
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84816467
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.8311616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511911
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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