[日本語] English
万見
- EMDB-42292: Structure of the Drosophila IntS11-CG7044(dBRAT1) complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42292
タイトルStructure of the Drosophila IntS11-CG7044(dBRAT1) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Drosophila IntS11 and CG7044
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: FI02071p
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / Chaperone / Nuclease / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / cell population proliferation / DNA damage response / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BRCA1-associated ATM activator 1 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain ...BRCA1-associated ATM activator 1 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / FI02071p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Lin M / Tong L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118093 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170593 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Cytoplasmic binding partners of the Integrator endonuclease INTS11 and its paralog CPSF73 are required for their nuclear function.
著者: Min-Han Lin / Madeline K Jensen / Nathan D Elrod / Hsu-Feng Chu / MaryClaire Haseley / Alissa C Beam / Kai-Lieh Huang / Wesley Chiang / William K Russell / Kelsey Williams / Christoph ...著者: Min-Han Lin / Madeline K Jensen / Nathan D Elrod / Hsu-Feng Chu / MaryClaire Haseley / Alissa C Beam / Kai-Lieh Huang / Wesley Chiang / William K Russell / Kelsey Williams / Christoph Pröschel / Eric J Wagner / Liang Tong /
要旨: INTS11 and CPSF73 are metal-dependent endonucleases for Integrator and pre-mRNA 3'-end processing, respectively. Here, we show that the INTS11 binding partner BRAT1/CG7044, a factor important for ...INTS11 and CPSF73 are metal-dependent endonucleases for Integrator and pre-mRNA 3'-end processing, respectively. Here, we show that the INTS11 binding partner BRAT1/CG7044, a factor important for neuronal fitness, stabilizes INTS11 in the cytoplasm and is required for Integrator function in the nucleus. Loss of BRAT1 in neural organoids leads to transcriptomic disruption and precocious expression of neurogenesis-driving transcription factors. The structures of the human INTS9-INTS11-BRAT1 and Drosophila dIntS11-CG7044 complexes reveal that the conserved C terminus of BRAT1/CG7044 is captured in the active site of INTS11, with a cysteine residue directly coordinating the metal ions. Inspired by these observations, we find that UBE3D is a binding partner for CPSF73, and UBE3D likely also uses a conserved cysteine residue to directly coordinate the active site metal ions. Our studies have revealed binding partners for INTS11 and CPSF73 that behave like cytoplasmic chaperones with a conserved impact on the nuclear functions of these enzymes.
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42292.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.82
最小 - 最大-3.3000658 - 4.507874
平均 (標準偏差)-0.00007382852 (±0.10851145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42292_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42292_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of Drosophila IntS11 and CG7044

全体名称: Complex of Drosophila IntS11 and CG7044
要素
  • 複合体: Complex of Drosophila IntS11 and CG7044
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: FI02071p
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: Complex of Drosophila IntS11 and CG7044

超分子名称: Complex of Drosophila IntS11 and CG7044 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 180 KDa

-
分子 #1: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 67.683922 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPDIKITPLG AGQDVGRSCL LLSMGGKNIM LDCGMHMGYN DERRFPDFSY IVPEGPITSH IDCVIISHFH LDHCGALPYM SEIVGYTGP IYMTHPTKAI APILLEDMRK VAVERKGESN FFTTQMIKDC MKKVIPVTLH QSMMVDTDLE IKAYYAGHVL G AAMFWIKV ...文字列:
MPDIKITPLG AGQDVGRSCL LLSMGGKNIM LDCGMHMGYN DERRFPDFSY IVPEGPITSH IDCVIISHFH LDHCGALPYM SEIVGYTGP IYMTHPTKAI APILLEDMRK VAVERKGESN FFTTQMIKDC MKKVIPVTLH QSMMVDTDLE IKAYYAGHVL G AAMFWIKV GSQSVVYTGD YNMTPDRHLG AAWIDKCRPD LLISESTYAT TIRDSKRCRE RDFLKKVHEC VAKGGKVLIP VF ALGRAQE LCILLETYWE RMNLKYPIYF ALGLTEKANT YYKMFITWTN QKIRKTFVHR NMFDFKHIKP FDKAYIDNPG AMV VFATPG MLHAGLSLQI FKKWAPNENN MVIMPGYCVQ GTVGNKILGG AKKVEFENRQ VVEVKMAVEY MSFSAHADAK GIMQ LIQNC EPKNVMLVHG EAGKMKFLRS KIKDEFNLET YMPANGETCV ISTPVKIPVD ASVSLLKAEA RSYNAQPPDP KRRRL IHGV LVMKDNRIML QNLTDALKEI GINRHVMRFT SKVKMDDSGP VIRTSERLKT LLEEKLAGWT VTMQENGSIA IESVEV KVE EDEKDPKQKN ILISWTNQDE DIGAYILNVL QNMC

UniProtKB: Integrator complex subunit 11

-
分子 #2: FI02071p

分子名称: FI02071p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 113.151703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQKQEETLSR LRTIFDIFLR ENFSTTNNVY FEKLLTHLQA KENAFVLQAP FVVEWVDRCI TAVTEDFKKI HPKVISFMLN LTSFLANNE WMIVRLRELD IVNRAVKLLQ REHNLSPSIK LGGIRLMKAI TVYSMGLAFL RMHRIWTLLI QYSNNDHTLY V VREARQVL ...文字列:
MQKQEETLSR LRTIFDIFLR ENFSTTNNVY FEKLLTHLQA KENAFVLQAP FVVEWVDRCI TAVTEDFKKI HPKVISFMLN LTSFLANNE WMIVRLRELD IVNRAVKLLQ REHNLSPSIK LGGIRLMKAI TVYSMGLAFL RMHRIWTLLI QYSNNDHTLY V VREARQVL YNMVYKSCDK LHDKAVTLEI LSEIMQPIHD NLYKNTDGVE RIHVKVDDNE MLHKISSTLD LLSYILQQTL VL EERTTLI ILLKEHHDFE ITVWKLIDMT HNPYFTEKIF TTLSSYNFAL LLHEKLLNPN ATEPSEEFTE FGLAFFNLMK FLI TRKDGL SFVKLAELNH VLWKKLGPRA PKEIVIQQER VTFENQLICF HMLPLLFSMK YAQKIADEES KIELFDAYVV KLLE ISCEQ TLRLCYTMRD NFFSADGMAV GLVTAGLANK CIHSLLALEN VLDREQAVTV CQALLYVLRE AVAMSVITNN GEDDC HSVS SAGSSYLKLY PRGTEQVVND PQVLHSVMVG LRTLIERFKI TWKESVETIG LVNCLAFVLE NTSMDARCTV QALKLV QLA VEHFLSPNMA LLVDNLQGSA LVCLGPIIVK RMHDTMWEVR DTTLELTTSI ASISRIKFPA FQRFLIDSKI PPIVYEM AK NDSEVYVRAS AFQCLSQMVS INLLWENGLS QLDLVDHLLF VMYRETNDIV RSEAVITLMK IYEHRKIHEK YKNTLFST L NYCVIGDHHT EVKLNALNFW RREFYRQFSN QGMIDGSFPT VTFSKEQKKI VTLTEKEIQT SIAKVFGEVQ QYGYFGILL KCLREETSME VLEFLIKGVK TMTEKFERYK GIMEEIEMRS PLSDRERPRF DFPSQPQPTP IPQQPPVNPT EADEVIESIL NSQDAQLLE KAFETQMQIN AQGKTAEKRH IDEFYYKQFA VPLRQFFEEL KTIDLDQLVK QHQEWFECKE NFTSLLDDIL G ALKRDDEN MISDCY

UniProtKB: FI02071p

-
分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.18 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2028174
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 406222
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る