PDB-8ugv: Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ugv

タイトル

Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 6IND

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD2 / BROMODOMAIN / BROMODOMAIN INHIBITOR / TRANSCRIPTION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Nithianantham, S. / Fischer, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Development of synthetic molecules for bromodomain-selective recruitment of transcriptional regulators to targeted genomic loci
著者: Chowdhury, N. / Nithianantham, S. / Lang, W. / Young, S. / Philips, S. / Das, S. / Shelat, A. / Fischer, M. / Ansari, A. / Jaisankar, P.

履歴

登録	2023年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ugv.cif.gz	110.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ugv.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ugv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uguC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

B: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.799, 117.799, 42.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13524.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-WNX / methyl [(4S,6P,10aM)-6-(1H-indol-6-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate 分子量: 415.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.93 % / 解説: Tetragonal prism
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5 and 28% (v/v) PEG 550 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月11日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 20923 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.876 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.99-2.03	12.2	1.782	1020	0.849	0.958	0.516	1.856	0.647	100
2.03-2.07	9.5	1.438	1018	0.67	0.896	0.508	1.53	0.976	99.8
2.07-2.11	9.6	1.204	1028	0.855	0.96	0.415	1.277	0.9	99.9
2.11-2.15	11.7	0.778	1022	0.94	0.984	0.233	0.813	0.696	98.9
2.15-2.2	10.9	0.738	1024	0.92	0.979	0.235	0.776	0.689	99.5
2.2-2.25	7.6	0.619	1007	0.893	0.971	0.242	0.667	1.595	96.9
2.25-2.31	10.4	0.506	1024	0.94	0.984	0.162	0.533	0.815	100
2.31-2.37	13	0.375	1048	0.983	0.996	0.106	0.39	0.703	100
2.37-2.44	13.3	0.342	1010	0.983	0.996	0.096	0.355	0.712	100
2.44-2.52	12.8	0.258	1061	0.991	0.998	0.073	0.268	0.722	100
2.52-2.61	12.8	0.214	1032	0.991	0.998	0.061	0.223	0.76	100
2.61-2.71	10.5	0.207	1035	0.991	0.998	0.067	0.218	1.29	100
2.71-2.84	12.5	0.117	1057	0.996	0.999	0.034	0.122	0.759	100
2.84-2.99	12	0.093	1042	0.997	0.999	0.027	0.097	0.776	100
2.99-3.17	10.9	0.075	1029	0.997	0.999	0.023	0.079	0.803	98.6
3.17-3.42	11.1	0.054	1061	0.998	0.999	0.017	0.056	0.857	99.7
3.42-3.76	9.9	0.048	1055	0.998	0.999	0.016	0.051	1.53	98.6
3.76-4.31	10.8	0.036	1087	0.998	0.999	0.011	0.038	1.06	99.6
4.31-5.43	11.8	0.033	1095	0.998	1	0.01	0.034	0.92	99.9
5.43-50	10.5	0.029	1168	0.999	1	0.01	0.031	0.837	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→40.03 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2065	981	5 %	Random
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1776	19627	93.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1796	0	62	181	2039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	2597
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.917	705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.1	0.2735	114	0.2424	1919	X-RAY DIFFRACTION	69
2.1-2.23	0.2394	129	0.2059	2544	X-RAY DIFFRACTION	90
2.23-2.4	0.2243	141	0.2014	2650	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4-2.64	0.244	155	0.1847	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-3.03	0.2505	158	0.1839	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.81	0.1895	129	0.1687	2867	X-RAY DIFFRACTION	99
3.81-40.03	0.1635	155	0.1537	3012	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7648	0.2354	-0.6489	2.9922	-0.9853	3.5686	-0.0027	-0.047	0.2583	0.3103	0.0706	-0.0516	-0.2817	0.0847	-0.0515	0.1882	0.0265	-0.0135	0.129	-0.0182	0.2195	29.8871	15.1435	7.4914
2	5.7276	-1.2514	-3.382	3.2545	1.0955	6.4408	-0.1113	0.0345	0.0161	0.156	0.1178	0.1235	0.0927	-0.341	-0.0067	0.1844	0.015	-0.0118	0.1432	0.0227	0.1643	24.9983	11.882	7.1558
3	6.9086	1.9375	-4.1433	6.2241	-3.6697	9.3198	-0.3129	-0.3746	-0.1505	0.3432	0.0478	-0.1888	0.4883	0.106	0.3144	0.2571	0.0526	-0.0239	0.1348	-0.0124	0.1795	31.9757	4.264	12.3286
4	7.2929	-1.5	2.1094	4.6441	-0.9927	4.6946	0.0611	0.8206	-0.2372	-0.6034	-0.0953	-0.1072	0.0292	-0.0068	0.0457	0.29	-0.0046	0.0116	0.1781	-0.0379	0.2047	31.0775	-9.5947	-2.2955
5	4.4509	-0.5708	-0.9902	4.4571	0.5057	6.1437	-0.029	-0.2881	-0.4157	0.4315	-0.0037	0.2719	0.0375	-0.3779	-0.069	0.2859	0.0268	-0.0103	0.2285	0.032	0.2967	26.2178	-16.1645	16.9669
6	3.1284	1.2684	2.1317	4.8374	0.211	7.0589	0.0216	0.0442	-0.1419	0.0342	0.2763	0.3564	0.0453	-0.461	-0.2404	0.2033	0.0278	-0.0126	0.193	0.0129	0.2225	24.3406	-8.7828	6.4921
7	4.0324	-1.3757	1.6982	6.6561	-4.2173	2.89	-0.2683	0.0881	0.1948	-0.0929	0.0632	-0.3386	-0.2817	-0.2219	0.1788	0.3186	0.0186	-0.0117	0.1881	-0.0162	0.197	32.7952	-1.9897	2.4885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 347 through 395 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 396 through 433 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 434 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 347 through 372 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 373 through 395 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 396 through 433 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 434 through 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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