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- PDB-8ugu: Crystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ugu
タイトルCrystal structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with 4IND
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / BRD2 / BROMODOMAIN / BROMODOMAIN INHIBITOR / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59E / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Fischer, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142772 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Development of synthetic molecules for bromodomain-selective recruitment of transcriptional regulators to targeted genomic loci
著者: Chowdhury, N. / Nithianantham, S. / Lang, W. / Young, S. / Philips, S. / Das, S. / Shelat, A. / Fischer, M. / Ansari, A. / Jaisankar, P.
履歴
登録2023年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
C: Bromodomain-containing protein 2
D: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24012
ポリマ－54,0984
非ポリマー2,1428
水4,972276
1
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0603
ポリマ－13,5241
非ポリマー5362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9402
ポリマ－13,5241
非ポリマー4151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1804
ポリマ－13,5241
非ポリマー6563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0603
ポリマ－13,5241
非ポリマー5362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.396, 99.604, 119.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13524.474 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-59E / methyl [(4S)-6-(1H-indol-4-yl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]acetate


分子量: 415.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 % / 解説: Rectangular
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium fluoride, and 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 32399 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.34-2.394.90.6813550.810.9460.3090.750.73582.2
2.39-2.4350.714310.7780.9360.310.7690.78286.4
2.43-2.485.30.65614470.8280.9520.2820.7160.77789.1
2.48-2.535.50.59114970.8830.9680.2510.6440.81690.2
2.53-2.595.70.56115360.9230.980.2330.6090.81492.8
2.59-2.655.90.55515730.8770.9670.2260.6010.83894.4
2.65-2.716.10.5116130.9460.9860.2040.550.86898
2.71-2.796.50.4816350.970.9920.1870.5170.86398.2
2.79-2.876.40.4116570.960.990.1640.4430.88899.8
2.87-2.966.70.38416540.9710.9930.1490.4130.876100
2.96-3.077.90.36216770.9820.9950.1310.3850.873100
3.07-3.1980.29716710.9830.9960.1080.3170.9199.9
3.19-3.337.80.23116690.980.9950.0850.2470.9399.9
3.33-3.517.50.17516770.980.9950.0670.1881.04799.8
3.51-3.737.20.13516690.9780.9950.0530.1451.03199.8
3.73-4.026.70.10416830.9920.9980.0430.1131.00599.4
4.02-4.4260.0816870.990.9980.0360.0881.03299.3
4.42-5.066.90.07317070.9930.9980.030.0791.04899.3
5.06-6.387.30.06817250.9950.9990.0270.0730.92599.7
6.38-506.50.05218360.9950.9990.0220.0570.89799.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→44.06 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 1849 6.39 %
Rwork0.165 --
obs0.1671 28923 86.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→44.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 156 277 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7325241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6771445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.40.2281880.21031259X-RAY DIFFRACTION54
2.4-2.470.32081050.20651502X-RAY DIFFRACTION63
2.48-2.550.22511140.19961629X-RAY DIFFRACTION69
2.55-2.650.24651210.1861765X-RAY DIFFRACTION74
2.65-2.750.22171280.19271901X-RAY DIFFRACTION80
2.75-2.880.21461440.18362069X-RAY DIFFRACTION87
2.88-3.030.22511550.19692301X-RAY DIFFRACTION96
3.03-3.220.21221650.19182400X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.470.20291620.17262397X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.820.19091640.1542425X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.370.18081620.13312417X-RAY DIFFRACTION99
4.37-5.50.15331650.13442449X-RAY DIFFRACTION99
5.5-44.060.17411760.16062560X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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